JavaSE通常是指Java Standard Edition，Java標準版，就是一般Java程式的開發就可以(如桌面程式)，可以看作是JavaEE的子集。

Java是一問語言，J2EE是Java語言的一門使用技術，Java為J2EE提供了庫和語法，J2EE使用Java的庫和語法應用在WEB上。這是概念性的區別。

更詳細的解釋：

Java 平臺有三個版本，這使軟體開發人員、服務提供商和裝置生產商可以針對特定的市場進行開發： 
一、Java SE（Java Platform，Standard Edition）。Java SE 以前稱為 J2SE。它允許開發和部署在桌面、伺服器、嵌入式環境和實時環境中使用的 Java 應用程式。Java SE 包含了支援 Java Web 服務開發的類，併為 Java Platform，Enterprise Edition（Java EE）提供基礎。 
二、Java EE（Java Platform，Enterprise Edition）。這個版本以前稱為 J2EE。企業版本幫助開發和部署可移植、健壯、可伸縮且安全的伺服器端 Java 應用程式。Java EE 是在 Java SE 的基礎上構建的，它提供 Web 服務、元件模型、管理和通訊 API，可以用來實現企業級的面向服務體系結構（service-oriented architecture，SOA）和 Web 2.0 應用程式。