linpack基準測試（HPL+MKL+IMPI）安裝

阿新 • • 發佈：2019-02-06

參考http://blog.csdn.net/icefromair/article/details/51524476

1、系統環境

ubuntu server 16.04

軟體：

hpl-2.2.tar.gz
l_mkl_2018.1.163.tgz
l_mpi_2018.1.163.tgz

2、解壓安裝mkl

tar命名解壓安裝即可，然後進入目錄，直接執行install.sh檔案，根據提示安裝即可。

[email protected]:~$ tar -zxvf l_mkl_2018.1.163.tgz
[email protected]:~$ cd l_mkl_2018.1.163/
 
[email protected]:~/l_mkl_2018.1.163$ ./install.sh#後面根據提示進行就可以了

3、解壓安裝mpi

同mkl一樣解壓安裝即可。

[email protected]:~$ tar -zxvf l_mpi_2018.1.163.tgz 
[email protected]:~$ cd l_mpi_2018.1.163/
[email protected]:~/l_mpi_2018.1.163$ ./install.sh #同樣根據提示進行就可以

4、編譯安裝hpl

4.1、解壓hpl檔案

[email protected] 
:~$ tar -zxvf hpl-2.2.tar.gz
[email protected]:~$ cd hpl-2.2/

[email protected]:~/hpl-2.2$ cp setup/Make.Linux_PII_CBLAS .

把setup目錄裡面的Make.Linux_PII_CBLAS檔案複製到top目錄也就是setup的上級目錄，hpl-2.2目錄下，然後命名一下

我的命名是Make.ubuntu_mkl_intel，檔案裡面arch=Make.ubuntu_mkl_intel，這兩個是一樣的。

修改後檔案主要有下面內容（去掉了註釋行）：

SHELL        = /bin/sh
CD           = cd
CP           = cp
LN_S         = ln -s
MKDIR        = mkdir
RM           = /bin/rm -f
TOUCH        = touch
ARCH         = ubuntu_mkl_intel
TOPdir       = $(HOME)/hpl-2.2
INCdir       = $(TOPdir)/include
BINdir       = $(TOPdir)/bin/$(ARCH)
LIBdir       = $(TOPdir)/lib/$(ARCH)
HPLlib       = $(LIBdir)/libhpl.a 
MPdir        = /usr/local/intel/impi/2018.1.163/intel64
MPinc        = -I$(MPdir)/include
MPlib        = $(MPdir)/lib/libmpi.a
LAdir        = -L/usr/local/intel/mkl/lib/intel64 -L/usr/local/intel/lib/intel64#這裡也可以通過匯入連結庫路徑也最好這樣，
LAinc        = -I/usr/local/intel/mkl/include #不然像我這樣，最後執行xhpl檔案會找不到連結庫，要新增到LD_LIBRARY_PATH中才可以
LAlib        = -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lm#
F2CDEFS      =
HPL_INCLUDES = -I$(INCdir) -I$(INCdir)/$(ARCH) $(LAdir) $(LAinc) $(MPinc) -lpthread
HPL_LIBS     = $(HPLlib) $(LAlib) $(MPlib) -lpthread
HPL_OPTS     = -DHPL_CALL_CBLAS
HPL_DEFS     = $(F2CDEFS) $(HPL_OPTS) $(HPL_INCLUDES)
CC           = /usr/local/intel/impi/2018.1.163/bin64/mpicc -lpthread
CCNOOPT      = $(HPL_DEFS)
CCFLAGS      = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops
LINKER       = /usr/local/intel/impi/2018.1.163/bin64/mpicc -lpthread
LINKFLAGS    = $(CCFLAGS)
ARCHIVER     = ar
ARFLAGS      = r
RANLIB       = echo

接下來編譯：

[email protected]:~/hpl-2.2$ make arch=ubuntu_mkl_intel
#如果沒有報錯，在當前目錄下有個bin目錄會看到ubuntu_mkl_intel目錄，裡面就有可以這行的檔案了

5、執行測試：

[email protected]:~/hpl-2.2/bin/ubuntu_mkl_intel$ mpirun -n 4 ./xhpl 
./xhpl: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory
./xhpl: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory
./xhpl: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory
./xhpl: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so: cannot open shared object file: No such file or directory

出現了我說上面說的問題，沒有新增沒有把共享庫路徑寫進LD_LIBRARY_PATH，因為這個共享庫沒有在預設搜尋路徑下，所以現在新增到LD_LIBRARY_PATH就可以。

[email protected]:/etc/profile.d$ sudo vim mkl.sh
#寫入export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/intel/mkl/lib/intel64:/usr/local/intel/lib/intel64
然後重新載入這個檔案
[email protected]:/etc/profile.d$ source mkl.sh
#你也可以不寫在這裡。能加入環境變數即可

重新執行檔案：

[email protected]:~/hpl-2.2/bin/ubuntu_mkl_intel$ ldd xhpl
#可以看到動態連結庫都找得到了
[email protected]:~/hpl-2.2/bin/ubuntu_mkl_intel$ mpirun -n 4 ./xhpl

#就可以看到一大堆的執行結果了，部分如下
--------------------------------------------------------------------------------
||Ax-b||_oo/(eps*(||A||_oo*||x||_oo+||b||_oo)*N)=        0.0167027 ...... PASSED
================================================================================
T/V                N    NB     P     Q               Time                 Gflops
--------------------------------------------------------------------------------
WR00R2R4          35     4     4     1               0.00              2.786e-01
HPL_pdgesv() start time Wed Mar  7 22:46:45 2018

HPL_pdgesv() end time   Wed Mar  7 22:46:45 2018

--------------------------------------------------------------------------------
||Ax-b||_oo/(eps*(||A||_oo*||x||_oo+||b||_oo)*N)=        0.0234356 ...... PASSED
================================================================================

Finished    864 tests with the following results:
            864 tests completed and passed residual checks,
              0 tests completed and failed residual checks,
              0 tests skipped because of illegal input values.
--------------------------------------------------------------------------------

End of Tests.
===============================================================================

6、總結

這幾天裝各種不同數學庫和mpi版本出現各種問題，希望藉此能幫助一些同樣裝hpl遇到困難的人。

7、附帶一些關於mpich+atlas、mpich+openblas、mpich+gotoblas2數學庫的配置檔案

MPICH + atlas

#MPICH+Atlas
SHELL        = /bin/sh
CD           = cd
CP           = cp
LN_S         = ln -s
MKDIR        = mkdir
RM           = /bin/rm -f
TOUCH        = touch
ARCH         = ubuntu_atlas_mpich
TOPdir       = $(HOME)/hpl-2.2
INCdir       = $(TOPdir)/include
BINdir       = $(TOPdir)/bin/$(ARCH)
LIBdir       = $(TOPdir)/lib/$(ARCH)
HPLlib       = $(LIBdir)/libhpl.a 
MPdir        = /usr/local/mpich
MPinc        = -I$(MPdir)/include
MPlib        = $(MPdir)/lib/libmpi.a
LAdir        = /usr/local/atlas/lib
LAinc        =
LAlib        = $(LAdir)/libcblas.a $(LAdir)/libatlas.a
F2CDEFS      =
HPL_INCLUDES = -I$(INCdir) -I$(INCdir)/$(ARCH) $(LAinc) $(MPinc) -lpthread
HPL_LIBS     = $(HPLlib) $(LAlib) $(MPlib) -lpthread
HPL_OPTS     = -DHPL_CALL_CBLAS
HPL_DEFS     = $(F2CDEFS) $(HPL_OPTS) $(HPL_INCLUDES)
CC           = /usr/local/mpich/bin/mpicc -lpthread
CCNOOPT      = $(HPL_DEFS)
CCFLAGS      = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops
LINKER       = /usr/local/mpich/bin/mpicc
LINKFLAGS    = $(CCFLAGS)
ARCHIVER     = ar
ARFLAGS      = r
RANLIB       = echo

MPICH + openblas

SHELL        = /bin/sh
CD           = cd
CP           = cp
LN_S         = ln -s
MKDIR        = mkdir
RM           = /bin/rm -f
TOUCH        = touch
ARCH         = ubuntu_open_mpich
TOPdir       = $(HOME)/hpl-2.2
INCdir       = $(TOPdir)/include
BINdir       = $(TOPdir)/bin/$(ARCH)
LIBdir       = $(TOPdir)/lib/$(ARCH)
HPLlib       = $(LIBdir)/libhpl.a 
MPdir        = /usr/local/mpich
MPinc        = -I$(MPdir)/include
MPlib        = $(MPdir)/lib/libmpi.a
LAdir        = /usr/local/openblas/lib
LAinc        =
LAlib        = $(LAdir)/libopenblas.a
F2CDEFS      =
HPL_INCLUDES = -I$(INCdir) -I$(INCdir)/$(ARCH) $(LAinc) $(MPinc) -lpthread
HPL_LIBS     = $(HPLlib) $(LAlib) $(MPlib) -lpthread
HPL_OPTS     = -DHPL_CALL_CBLAS
HPL_DEFS     = $(F2CDEFS) $(HPL_OPTS) $(HPL_INCLUDES)
CC           = /usr/local/mpich/bin/mpicc -lpthread
CCNOOPT      = $(HPL_DEFS)
CCFLAGS      = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops
LINKER       = /usr/local/mpich/bin/mpicc
LINKFLAGS    = $(CCFLAGS)
ARCHIVER     = ar
ARFLAGS      = r
RANLIB       = echo

MPI + GotoBlas2

SHELL        = /bin/sh
CD           = cd
CP           = cp
LN_S         = ln -s
MKDIR        = mkdir
RM           = /bin/rm -f
TOUCH        = touch
ARCH         = ubuntu_goto_mpich
TOPdir       = $(HOME)/hpl-2.2
INCdir       = $(TOPdir)/include
BINdir       = $(TOPdir)/bin/$(ARCH)
LIBdir       = $(TOPdir)/lib/$(ARCH)
HPLlib       = $(LIBdir)/libhpl.a 
MPdir        = /usr/local/mpich
MPinc        = -I$(MPdir)/include
MPlib        = $(MPdir)/lib/libmpi.a
LAdir        = $(HOME)/GotoBLAS2
LAinc        =
LAlib        = $(LAdir)/libgoto2.a
F2CDEFS      =
HPL_INCLUDES = -I$(INCdir) -I$(INCdir)/$(ARCH) $(LAinc) $(MPinc) -lpthread
HPL_LIBS     = $(HPLlib) $(LAlib) $(MPlib) -lpthread
HPL_OPTS     = -DHPL_CALL_CBLAS
HPL_DEFS     = $(F2CDEFS) $(HPL_OPTS) $(HPL_INCLUDES)
CC           = /usr/local/mpich/bin/mpicc -lpthread
CCNOOPT      = $(HPL_DEFS)
CCFLAGS      = $(HPL_DEFS) -fomit-frame-pointer -O3 -funroll-loops
LINKER       = /usr/local/mpich/bin/mpicc
LINKFLAGS    = $(CCFLAGS)
ARCHIVER     = ar
ARFLAGS      = r
RANLIB       = echo

linpack基準測試（HPL+MKL+IMPI）安裝

參考http://blog.csdn.net/icefromair/article/details/515244761、系統環境 ubuntu server 16.04 軟體： hpl-2.2.tar.gz l_mkl_2018.1.163.tgz l_mp

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