Therefore, in order to use the EPCS Configuration Controller the pins must be assigned manually, and the following settings must be made the Quartus? II software. 
Please follow these steps: 

   1. Choose Settings from the Assignments menu 
   2. Click Device and Pin Options from the Device category 
   3. Click Dual-Purpose Pins and then make the following changes: 

Data[0] -> Use as regular I/O 
Data[1] -> Use as regularr I/O 
DCLK -> Use as regular I/O 
FLASH_nCE/nCS0 -> Use as regular I/O