1. 第一種方法：將程式或其快捷方式新增到StartUp目錄：
首先新增程式和快捷方式到核心，其新增方式可以看上一篇文章《WinCE建立快捷方式》。
在PB的ParameterView檢視，選擇並開啟project.dat檔案，增加如下內容：
Directory("/Windows/StartUp"):-file("HelloJoe.lnk", "/Windows/HelloJoe.lnk")
然後Make Runtime Image。
同理，如果想以後的所有工程都有這個應用程式開機自啟動，修改的檔案就應該是對應BSP的platform.dat了。
這種方法是先啟動winCE的桌面，再啟動我們的應用程式。

2.第二種方法：替換掉explorer.exe。
同樣，先新增程式到核心。
再在工程的輸出目錄下找到並修改shell.reg檔案。在shell.reg檔案中找到如下內容：
[HKEY_LOCAL_MACHINE/init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00
將explorer.exe修改為自己的應用程式MyApp.exe。注意是修改為程式的絕對路徑，如果是將MyApp.exe新增到核心中的Windows目錄下，則不需要加路徑。
然後Make Runtime Image。（這裡不能sysgen或build and sysgen，因為修改的是輸出目錄下的shell.reg，sysgen會導致修改被覆蓋）
同理，如果希望以後所有工程都有這個應用程式開機自啟動，修改的檔案就是${WinCE的安裝目錄}/PUBLIC/SHELL/OAK/FILES下的shell.reg檔案了。

3. 第三種方法：增加註冊表項（其實跟第二種原理一樣，只是保留explorer.exe）
同樣，先新增程式到核心。
再在工程的輸出目錄下找到並修改shell.reg檔案。在shell.reg檔案中找到如下內容：
[HKEY_LOCAL_MACHINE/init]
"Launch50"="explorer.exe"
"Depend50"=hex:14,00, 1e,00
增加自己的項和值：
"LaunchXXX"="MyApp.exe"
"DependXXX"=hex:32,00
hex:後填依賴項的值。如上hex:32,00代表依賴explorer.exe。其序號50的16進位制編碼為32。
同理，如果希望以後所有工程都有這個應用程式開機自啟動，修改的檔案就是${WinCE的安裝目錄}/PUBLIC/SHELL/OAK/FILES下的shell.reg檔案了。

4. 第四種方法：這一方式轉自CSDN部落格，轉載請標明出處：http://blog.csdn.net/91program/archive/2008/05/08/2415352.aspx  多謝這位高人的好點子。
以上方法都可行，但是都存在一個問題，就是應用程式是整合到NK裡面的，也就是說每次升級應用程式都要重新編譯下載核心，很麻煩，尤其在程式除錯階段，大家都希望把應用程式放在SD卡上，這樣更新起來比較容易；據說通過第三種方法可以實現，即修改"Launch80"="MyApp.exe"為"Launch80"="/STDCard/MyApp.exe"( STDCard為SD卡目錄)，但是我試了一下沒有成功，因為Launch80執行時SD卡的檔案驅動還沒有載入，找不到MyApp.exe檔案。同樣，採用快捷方式載入SD卡里的應用程式也不可行。
所以我採用了另一種方法，自己編了一個小程式，比如叫ShellExe.exe，將此程式加入到映像裡，通過StartUp快捷方式呼叫ShellExe，ShellExe再去呼叫SD卡里的應用程式，具體實現步驟如下：
1) 在eVC下編譯如下程式碼： 
int WINAPI WinMain(HINSTANCE hInstance,
HINSTANCE hPrevInstance,
LPTSTR    lpCmdLine,
int       nCmdShow)
{
WIN32_FIND_DATA fd;
HANDLE hd=INVALID_HANDLE_VALUE;
int iCount = 20;
while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}
if(0==iCount) return 0;
FindClose(hd);
SHELLEXECUTEINFO ShExeInfo={0};
ShExeInfo.cbSize=sizeof(SHELLEXECUTEINFO);
ShExeInfo.fMask=SEE_MASK_NOCLOSEPROCESS;
ShExeInfo.hwnd=NULL;
ShExeInfo.lpVerb=NULL;
ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;
ShExeInfo.lpParameters=L"";
ShExeInfo.lpDirectory=NULL;
ShExeInfo.nShow=SW_SHOW;
ShExeInfo.hInstApp=NULL;
ShellExecuteEx(&ShExeInfo);
return 0;
}
生成ShellExe.exe的可執行檔案，此段程式碼主要功能是查詢指定的應用程式，然後執行；下面這段程式碼可以保證在SD卡檔案系統正確載入後才去執行應用程式； 
while(iCount--)
{
hd=::FindFirstFile(lpCmdLine,&fd);
Sleep(500);
if(INVALID_HANDLE_VALUE!=hd) break;
}
檔案的名稱和路徑由命令列引數指定： 
ShExeInfo.lpFile=lpCmdLine;
2) 新建一個快捷方式，如Autorun.lnk，按如下方式編輯其內容：
21#/windows/shellexe.exe /stdcard/MyApp.exe其中/stdcard/MyApp.exe應用程式的絕對路徑；
3) 將MyApp.exe和Autorun.lnk新增到NK裡，方法是在project.bib檔案內加入如下內容：
ShellExe.exe f:/WINCE420/PBWORKSPACES/LioetEnTer/RelDir/ShellExe.exe NK S
Autorun.lnk f:/WINCE420/PBWORKSPACES/LioetEnTer/RelDir/Autorun.lnk NK S注意：ShellExe.exe的屬性不能帶H（隱藏）.
4) 在project.dat里加入如下內容：
Directory("/Windows/Startup"):-File("Autorun.lnk","/Windows/Autorun.lnk")
5) 選擇Make Image生成映像（當然Build也可以，就是慢點兒），燒到FLASH裡，開機執行，可以看到SD卡里的MyApp.exe被正確執行。

總結
　　這種方法用起來比較方便，ShellExe.exe不用每次都重新編譯，只要根據應用程式路徑修改Autorun.lnk即可，可以載入Flash、U盤、SD卡里的應用程式。除錯及升級應用程式就不用重新燒寫核心了。