首先我們知道MyISM和InnoDB索引都是由B+樹實現的，但在索引管理資料方式上卻有所不同。

　　InnoDB是聚集索引，資料檔案是和（主鍵）索引綁在一起的，即索引 + 資料 = 整個表資料檔案，通過主鍵索引到整個記錄，必須要有主鍵，通過主鍵索引效率很高。但是輔助索引需要兩次查詢，因為輔助索引是以建索引的欄位為關鍵字索引到主鍵，所以需要兩次，先查詢到主鍵，然後再通過主鍵查詢到資料。因此，主鍵不應該過大，因為主鍵太大，其他索引也都會很大。話不多說上圖：

　　主鍵索引：以主鍵索引到整條記錄

　　輔助索引：以另一欄位索引到主鍵

        MyISAM是非聚集索引，也是使用B+Tree作為索引結構，索引和資料檔案是分離的，索引儲存的是資料檔案的指標。主鍵索引和輔助索引是獨立的。也就是說：InnoDB的B+樹主鍵索引的葉子節點就是資料檔案，輔助索引的葉子節點是主鍵的值；而MyISAM的B+樹主鍵索引和輔助索引的葉子節點都是資料檔案的地址指標。

　　主鍵索引：以關鍵字索引到記錄的地址

　　輔助索引：以某欄位索引到記錄地址

　　從索引實現方面我們也可以看出來InnoDB表資料檔案本身就是索引檔案，他們是一個整體，而對於MyISAM來說資料檔案和索引檔案則是分開的。

鎖方面：

　　mysql支援三種鎖定級別，行級、頁級、表級;

　　MyISAM支援表級鎖定，提供與 Oracle 型別一致的不加鎖讀取(non-locking read in SELECTs)

　　InnoDB支援行級鎖，但值得注意的是InnoDB的行鎖是加到索引上的，所以在某次查詢時沒有用上索引，InnoDB表同樣會鎖全表。

事務方面：

　　InnoDB具有事務，支援4個事務隔離級別，回滾，崩潰修復能力和多版本併發的事務安全，包括ACID。如果應用中需要執行大量的INSERT或UPDATE操作，則應該使用InnoDB，以事務為單位操作可以提高多使用者併發操作的效能。
　　MyISAM管理非事務表。它提供高速儲存和檢索，以及全文搜尋能力。如果應用中需要執行大量的SELECT查詢，那麼MyISAM是更好的選擇

併發

　　MyISAM讀寫互相阻塞：不僅會在寫入的時候阻塞讀取，MyISAM還會在讀取的時候阻塞寫入，但讀本身並不會阻塞另外的讀。

　　InnoDB 讀寫阻塞與事務隔離級別相關。

 其他

　　InnoDB不儲存表的具體行數，執行select count(*) from table時需要全表掃描。而MyISAM用一個變數儲存了整個表的行數，執行上述語句時只需要讀出該變數即可，速度很快；

不使用到索引的情況：

　　用or分隔開的條件，如果or前的條件中的列有索引，而後面的列沒有索引，那麼涉及到的索引都不會被用到，例如：select * from table_name where key1='a' or key2='b';如果在key1上有索引而在key2上沒有索引，則該查詢也不會走索引

　　複合索引，如果索引列不是複合索引的第一部分，則不使用索引（即不符合最左字首），例如，複合索引為(key1,key2),則查詢select * from table_name where key2='b';將不會使用索引

　　如果like是以‘%’開始的，則該列上的索引不會被使用。例如select * from table_name where key1 like '%a'；該查詢即使key1上存在索引，也不會被使用

　　如果列為字串，則where條件中必須將字元常量值加引號，否則即使該列上存在索引，也不會被使用。例如,select * from table_name where key1=1;如果key1列儲存的是字串，即使key1上有索引，也不會被使用。

 　　where語句中使用 <>和 !=。

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