高階轉錄組分析和R語言資料視覺化第十二期 (線上線下同時開課)
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福利公告:為了響應學員的學習需求,經過易生信培訓團隊的討論籌備,現決定安排擴增子16S分析、巨集基因組、Python課程線上直播課。報名參加線上直播課的老師可在1年內選擇參加同課程的一次線下課 。期待和大家的線上線下相識。
轉錄組線上直播時間:2020/11/27-2020/11/29
巨集基因組線上直播時間:2021/01/22-2020/07/24
擴增子線上直播時間:2020/12/04-2020/12/06
報名連結:http://www.ehbio.com/Training/index.php/Home/Index/index.html
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常規轉錄組是我們最常接觸到的一種高通量測序資料型別,其實驗方法成熟,花費較低,是大部分CNS必備的技術,現在就如做個PCR一樣常見。而且分析思路簡潔清晰,是入門生信,學習生信分析思路和資料視覺化的首選。
資料分析是相通的,通過一個簡單的課程理解其中的原理,就可以推而廣之,延伸到其它型別的資料分析,如擴增子、巨集基因組、單細胞等。
第十一期高階轉錄組分析和R資料視覺化在於2020年11月27日線上開班,將系統講述基於和不基於比對的轉錄組分析流程,從原始資料到表達矩陣、差異基因、可變剪接、富集分析、加權共表達網路、通路分析、視覺化繪圖等一系列常見操作,理論和實踐兼備。
課程大綱
每節課1小時一個主題,理論結合實戰,學懂原理,實戰實操,全是老司機多年經驗和程式碼的無私分享。下面是課程安排,如11代表第一天第一節課,26代表第二天第六節課,41為兩週後的線上集中視訊答疑。
編號 | 內容 | 簡介 |
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01 | 預習Linux基礎 | 預付後提供學習視訊 |
02 | 預習R基礎 | 預付後提供學習視訊 |
03 | 軟體安裝 | 預付後提供安裝視訊 |
11 | 轉錄組概述 | 轉錄組設計、應用、批次效應等 |
12 | 轉錄組分析流程簡介 | 基於/不基於比對的分析流程講演 |
13 | Salmon定量實戰 | 不基於比對直接定量基因和轉錄本的表達 |
14 | 差異基因分析 | DESeq2多組差異基因分析和結果視覺化 |
15 | GO富集分析和視覺化 | 泡泡圖、熱圖、網圖 |
16 | GSEA富集分析和視覺化 | 分組和時間序列GSEA |
21 | 二代三代測序原理介紹 | 建庫測序過程及注意事項 |
22 | R基礎 | 資料讀寫、處理、轉換 |
23 | R資料視覺化 | 16種常見圖形繪製實戰 |
24 | Linux基礎 | 詳細解釋Linux程式碼和檔案格式轉換 |
25 | 轉錄組環境配置 | Linux下軟體安裝、配置 |
26 | 文章常見圖表繪製和解讀 | Illustrator製作CNS標準圖版 |
31 | 可變剪接分析 | STAR,StringTie,rMATS,IGV |
32 | 可變剪接分析 | STAR,StringTie,rMATS,IGV |
33 | WGCNA基因加權共表達 | 網路分析和性狀關聯 |
34 | Cytoscape繪製 | 共表達網路和調控通路網路圖 |
35 | 每人一個問題環節 | 自評學習效果、知識點回顧 |
41 | 答疑-線上 | 答疑、考試內容串講 |
該課程為第12期,整個過程都比較成熟,可以在最短時間學習最多知識。
往期評價
教程內容簡介如下:
轉錄組的應用、設計和案例分享
轉錄組學研究技術介紹
轉錄組學實驗設計和測序原則、注意事項
二代、三代測序過程和原理解析
轉錄組學文章案例分析
線上基因表達資源資料庫
轉錄組分析流程實戰
不基於比對的差異基因分析
基於比對的差異基因分析
轉錄本組裝和選擇性剪接分析
轉錄組高階分析
WGCNA基因、表型關聯分析
轉錄組常見圖形線上繪製
KEGG/Reactome通路圖繪製,表達對映
常見圖表解讀和圖形編輯排版
在培訓上,結合發表高水平文章,進一步講解16種常用分析圖的原理和使用範圍,讓你不僅讀懂圖,更知道如何應用於自己的研究,並親自輕鬆完成繪圖。
針對大家使用R語言繪圖學習時間成本較高的問題,易生信團隊針對常用16種圖開發了免費繪圖網站,一鍵出圖,更可滑鼠點選引數修改圖形的個性樣式。
成果發表是科研過程中不可缺的一部分,發表成果又少不了圖形展示。文章圖表排版是否整齊規範、協調一致、重點突出對一篇文章的發表也是有不少貢獻的。之前推出的文章發表圖的修改和排版講演了部分圖形編輯和排版操作,本次培訓也會實踐從原始圖形、到細節修飾再到排版發表的整個過程和注意事項。基因組瀏覽器用於多組學資料的視覺化和關聯分析,本地有IGV,線上有UCSC genome Browser和Epigenomebrowser,各有特色。
生信基礎知識
Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用
Linux/Windows下轉錄組分析流程的搭建
(如果基礎薄弱,報名付款成功後,可免費領取基礎程式課,做好準備工作,讓程式成為我們的得力工具而不是學習新知識的絆腳石。)
定製內容
如果您看到文章中有哪些圖或分析工作需要重現,也請提出,一起講述。
如果您有其它關注的問題,也請報名時提出,把這次課程變成您的定製講解。
授課模式
本課程以講解流程和實際操作為主,採用獨創四段式教學,封裝好的程式碼全部分享,隨處可用:
第一階段 3天集中授課;
第二階段 自行練習2周;
第三階段 線上直播答疑;
第四階段 培訓視訊繼續學習;
實現教-練-答-用四個環節的統一協調。
培訓時間
每天早9點到晚5點
授課地點 (暫定,鼓樓附近)
北京市西城區鼓樓附近(鼓樓地鐵站周邊1公里)。
課程價格
開課兩週前報名4500元/人 (報名官網檢視更多優惠)
名額有限,每次課程報名滿40人後自動關閉報名通道
提供易漢博基因科技實習機會或工作機會
課程福利
座位按報名並繳費或預付款成功順序從前到後龍擺尾式排序
贈送價值99元程式基礎課一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)
多人 (N,10>N>1) 組團報名並同時繳費,每人還可減免N-1百元 (最高500)
贈送金士頓U盤一個(32G含培訓資料和指令碼)
附推薦與分享對應的招生資訊到朋友圈,截圖發到[email protected] 可獲得200元生信寶典騰訊課堂課程優惠券(可拆分供多個課程使用)
易生信同時推出多門相關課程,連報優惠——同時選2門課,95折;三門課9折,4門及以上85折。還可與團購同時優惠!擴增子(專案初探)+巨集基因組(高精尖),祝你分析水平更上一層樓。
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