文獻管理軟體 Zotero 安裝、配置與使用
簡介
Zotero優缺點
使用Zotero作為主力文獻管理工具的原因：
- 軟體本身完全免費並且開源，不存在盜版問題
- 註冊後本身只包括 300M 空間同步，但支援 WebDAV 同步，例如 Dropbox 和堅果雲等
- 官方的反饋論壇比較活躍，有問題可以快速得到反饋
- 從網站和期刊文章等提取儲存出版物資料檢索
- 拖入 PDF 的出版物資料準確率高
- 可以和 Word，LibreOffice 整合，方便文獻進一步的使用管理強大的第三方外掛系統
- 每個條目下可以新增任意數量和格式的附件
使用一個工具首先要了解其上限和下限，Zotero 同樣有著比較明顯的短板：
- 因為強大所以上手時略顯複雜
- 並不是一個完全基於 Web 的工具
- 沒有內建的 PDF 閱讀工具
- 沒有適配於 iOS 和 Android 的官方應用程式
學習路徑
最權威和最新的學習資料一定是 官方文件。不過官方文件只有英文版，目前有針對 Zotero 4 舊版本的 中文說明，如果英文吃力可以參考。接下來將參考 博文 給出的 Zotero 的使用和學習路徑(如下圖)進行學習。
軟體與外掛安裝
使用將所有檔案存放至堅果雲同步資料夾的方式實現多平臺同步。
Zotero安裝
從官網下載Zotero安裝包，我是Windows平臺，所以選擇“Zotero 5.0 for Windows”。
下載完成後，執行exe一路下一步安裝即可，安裝完成後介面如下圖所示。
ZotFile 外掛安裝
進入官網，點選左側下載按鈕，即可下載到需要的xpi檔案。下載完成後，開啟Zotero，點選“選單欄-工具-外掛”，在新彈出的“Add-ons Manager”視窗中點選右側齒輪按鈕-選擇“Install Add-on From File”，選擇剛才下載的xpi檔案，確認即可。
Zotero 設定
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安裝完ZotFile後，重啟Zotero，在Zotero中單擊“選單欄-編輯-首選項”，進入設定。
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設定同步，首先登陸賬號
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登陸後，關閉檔案同步，具體設定如下
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高階中設定資料儲存位置，預設在C盤，我調整為E盤中
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開始設定 ZotFile ，在 Zotero 中點選“選單欄-工具-ZotFile Preferences”，開啟 ZotFile 設定視窗。
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設定General Settings。
- “source folder for attaching new files”：監測的資料夾，設定為瀏覽器下載PDF的預設儲存位置
- “location of files”：需要本地儲存PDF的位置，我這裡設定在堅果雲同步資料夾下，以便同步
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設定Tablet Setting。該功能主要用於在平板或手機上檢視文獻，沒有需要可以不設定。
外掛安裝
外掛系統是 Zotero 作為開源軟體的獨特優勢，可以通過 官方外掛網站 進行檢視。推薦安裝的外掛包括如下幾個
Markdown Here 安裝
Markdown Here 外掛可以使 Zotero 筆記支援 Markdown 語法。
安裝可參考部落格Zotero匯入Markdown here外掛
使用時，使用Ctrl+Alt+M快捷鍵進行切換。注意，修改必須在原始碼模式而非預覽模式下進行，否則可能會出現資料丟失。
Zotero Scholar Citations
該外掛可以在條目的“其它”屬性下更新文獻的 Google Scholar 引用次數。匯入文獻的時候這個外掛會自動更新，也可以在右鍵選單中手動選擇更新。
在官網下載後安裝即可。
新增內容到文獻庫
使用瀏覽器外掛
不同於其他工具，通過給瀏覽器安裝 Zotero 外掛，可以實現檢測並儲存當前網頁所需文章的功能。
Zotero 的 瀏覽器外掛 稱得上可以「儲存一切」。當所在的網頁呈現出不同的內容時，Zotero 的外掛會呈現出不同的圖示。例如，如果在CNKI開啟期刊論文，Zotero外掛就會顯示期刊圖示；如果開啟碩博士論文，Zotero外掛就會顯示博士帽圖示。
若需要儲存該文獻，直接點選圖示即可。點選後，瀏覽器右上角會彈出如下對話方塊。此時，無需進行任何操作，文獻即儲存至預設文庫中。如果需要跳轉文獻儲存的文庫位置，或者為文獻新增標籤等，可以通過該對話方塊進行調整。調整完成後，無需進行任何確認，修改即實時完成。
對於支援的文獻，Zotero還將下載對應的PDF，重新命名後連結至文獻條目上，若瀏覽器頁面上顯示如下視窗即表示PDF儲存成功。
如果一個網頁內有多個文獻元資料，可以檢測到選擇需要儲存的一個或多個文獻。
即便是一篇部落格，也可以直接儲存。可以看到儲存部落格等網頁時，Zotero依然可以抓取摘要。
關於Zotero具體支援儲存的內容，可以在“選單欄-檔案-新增條目”中檢視所有支援的條目和摘要匹配格式。
使用各種識別符號在應用內新增
Zotero 不僅可以使用瀏覽器外掛新增條目，對於新增文獻或者書籍，如果我們知道了它對應的 ISBN，DOI 或 PubMed ID，就可以快速將條目通過識別符號新增到庫中。
點選工具欄上的“通過識別符號新增條目”按鈕，在彈出的視窗(如下圖所示)中輸入識別符號後，按下回車鍵即可。如果要一次輸入多個識別符號，在輸入第一個識別符號後按 Shift + Enter會進入多行模式，隨後輸入其餘識別符號（每行一個），並通過 Enter 換行。輸入完成符後，再按 Shift + Enter 即可一次匯入所有專案。
本地 PDF 檔案和各種附件直接拖入應用
如果有已經下載好的 PDF 版本文獻，只要直接拖入到應用中即可，Zotero 會自動識別 PDF 文件中的元資料。
和大多數文獻管理軟體相比，Zotero 有一個非常大的優勢就是支援將任意格式的附件新增到某個條目中，例如這裡的附件可以是 Excel 格式的電子表格，可以是文獻中提到的某一個網頁地址，也可以是你自己和文獻主題相關的電子實驗記錄，甚至你還可以將文章中提到的相關程式碼打包為壓縮檔案後進行新增。
結合 WebDAV 的同步功能，我們還可以將這些相關資料在多個裝置間進行同步，這樣就極大的方便了我們對文獻相關的各種資料進行整理
從剪貼簿快速匯入文獻元資料
可以將文獻資料複製到貼上板，然後點選快捷鍵Ctrl+Shift+Alt+I或者“選單欄-檔案-從剪貼簿匯入”即可。這個方法在匯入中國知網的文獻資料時特別有用，只要把 EndNote 格式的資料一鍵複製到剪貼簿，就可以直接匯入了
從其它工具匯入
Zotero 支援從多種工具的資料匯入，且支援的匯入格式非常豐富。例如 Mendeley 的資料庫，Endnote 的 XML 格式，以及常見的 RDF 和 RIS 格式等等。
文獻訂閱
通常，我們通過郵件訂閱或者RSS等方式追文獻，而 Zotero 本身也為我們提供了一種非常方便的方法。點選工具欄左側的“新建文獻庫”按鈕，選擇“新建訂閱-來自URL”，
點選 URL 後可以將一些雜誌主頁提供的 URL 地址直接新增到這裡，並且進行更多高階設定，比如更新訂閱時間和刪除時間等等。
文獻和筆記管理
集合與標籤
Zotero支援“資料夾”和“標籤”兩種方式對條目進行管理。Zotero中的集合即可以理解為支援多個層級的資料夾，其層次大致為“文庫-分類-子分類……”。文庫相當於一個數據庫，分類即為一級分類，其下可以建立多級子分類，如下圖在一個分類中新建一個子分類。
除了按照目錄分類以外，可以為每個文獻新增若干個標籤。建議標籤的使用維度不和集合重合，可以考慮應用維度或者重要性維度。如使用 P1、P2 和 P3 標註文獻的重要性，使用「中期」「答辯」等標註一個文獻的用途。
每個標籤可以設定對應顏色，這個色塊也會自動顯示在每一個條目的開頭，方便檢視，一目瞭然。
對於有關鍵字的條目，Zotero會將每個關鍵字都識別為標籤。
搜尋
在 Zotero 工具類上有快捷搜尋控制元件，快速搜尋支援如下圖所示的三種粒度。值得注意的是，通過「所有內容」進行搜尋時是可以搜尋到PDF文件中的內容。
除了快速搜尋以外，Zotero 中還有一種高階搜尋方法。高階搜尋提供比快速搜尋更多更精細的篩選條件，並允許儲存搜尋內容方便下次使用。點選工具類中央「高階搜尋」按鈕進入高階搜尋介面，搜尋支援邏輯判斷且可搜尋的條目也非常之多。
排序和關聯
每個集合都支援顯示若干需要的內容並且按照某種方式進行排序，且支援二次排序。點選標題行上的按鈕可以設定顯示的列，在下拉選單中選擇二次排序即可設定二次排序依據。
另外，不同的文獻之間、文獻和筆記之間都可以進行關聯。我們可以方便地將關聯性強的內容結合到一起。在右側的條目面板中切換至關聯文獻，點選新增即可新增與當前條目關聯的文獻(可設定多個關聯文獻)。
筆記
每一篇文獻支援插入多個筆記。筆記支援的格式內容也非常豐富，例如引用和插入連結以及新增不同層級的標題都沒有問題，而且筆記還可以和多篇文獻進行關聯。
在條目面板中切換至筆記，點選新增即可新增一條筆記，介面如下圖所示。
預設筆記本是富文字編輯器，不支援 markdown 語法。但因為 Zotero 的外掛和 Firefox 的外掛格式相同，我們只需要把 Firefox 的 markdown here 外掛稍加修改打包就可以匯入 Zotero 中，從而使筆記支援 markdown。具體配置見軟體與外掛安裝節。外掛配置好後，使用快捷鍵Ctrl+Alt+M或者點選“選單欄-檔案-Markdown Here轉換”，即可實現Markdown文字和預覽的轉換。值得注意的是，對Markdown的修改必須在原始碼模式下進行，否則可能會發生錯誤導致內容丟失，不過好處是丟失了以後可以Ctrl+Z撤回。
生成引文和報告
使用文獻管理軟體，一個非常重要的需求就是在平時寫各種論文的過程中插入參考文獻。
在Word中插入引文
在Word中插入引文首先需要確保已安裝載入項，若未安裝請檢視Word載入項安裝。
查詢時，關鍵字輸入完成後再按一下空格才會開始搜尋；對於中文人名，姓和名是分隔開的，只能輸入其中一種進行搜尋，否則找不到結果，如“肖秀榮”，要麼搜尋“肖”，要麼搜尋“秀榮”，直接搜尋“肖秀榮”多半得不到結果；找到搜尋結果後，會在搜尋框下方彈出一個浮動條，從中選擇一條需要引用的引文即可；如果一個地方需要插入多條引文，在一條引文輸入完成後，點選空格，繼續查詢下一條引文即可。
文章中所有引文插入完成後，在需要顯示參考文獻的地方放置游標後，點選Zotero載入項上Add/Edit Bibliography按鈕，在此處新增參考文獻。完成後即會顯示文章中插入的所有引文。
文末三個以上英文作者後面也出現“等”的問題解決方法見：[Zotero+Word]Zotero+Word2016參考文獻中英文混排，解決et al和等的問題
快速複製
如果只是需要在自己的部落格或筆記中插入一些參考文獻而不嚴格的關注引用格式，那麼可以直接在Zotero中選中文獻後拖入需要插入參考文獻的地方即可。
多篇文獻右鍵多種匯出
Zotero也可以實現同時輸出多篇文獻。在Zotero中選中需要引用的多篇文獻，右鍵-由所選條目生成引文目錄，在彈出的視窗中設定引文格式、輸出模式和輸出方法即可。
生成報告
除了插入參考引文之外，Zotero 還給出了另一種匯出參考文獻的方式——生成報告。
報告是簡單的 HTML 頁面，概述了所選專案的專案元資料，註釋和附件。可以列印它們，也可以將它們釋出到網上並通過電子郵件傳送。
建立報告可以右鍵單擊中心窗格中的專案或選項，然後選擇「由所選條目生成報告」，也可以右鍵單擊左列中的集合，然後選擇「從集合生成報告」。
其他內容
協作
Zotero不止可以實現基本的文獻管理，也提供了相對完善的協作方式。如果需要和實驗室或者多人共享協作一個文獻庫，那麼可以建立一個私有庫。我沒有這方面的需求，沒有詳細研究。
Tips
- 在集合列表或專案列表中的鍵盤上按 +（加號）可以展開所有節點，按 -（減號）則可以摺疊
本文參考：