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共線性分析-MCscan - python (jcvi)

本來是不會再寫這個文件的,但是由於長時間沒有用這個模組,這個模組不知道是我自己弄掉了,還是別的同學誤刪了,於是我重新安裝一下。

首先下載conda,並下載好python

which pip

直接安裝

注意:

1. 請下載conda3版本,本模組由python3支援;

2. home目錄和電腦C盤一樣,如果home空間有限,請安裝在其他目錄下;

3. 將python執行路勁寫進bashrc(類似Windows的登錄檔)

等著就行了:

其他模組自己安裝就行了(Knet tools, Bedtools, EMBOSS),我這裡只作圖,不需要重新檢查之前的是否能用。

一切準備就緒之後,這裡是後續的多序列比對分析。

後期詳見github和微信公眾號,微信公眾號會提供指令碼和分析思路,從中可以學到程式設計的知識。

下載速度有點慢,去重新申請github號,之前的名字不好看,密碼忘了,先重置密碼。

重置了密碼還說不對,看看密碼是不是輸錯了,按F12

這裡改成text就能看到自己密碼了,確認沒錯。

好了,17分鐘之後,安裝完成;

然後繼續安裝拓展版本:

pip install git+git://github.com/tanghaibao/jcvi.git

安裝完後,可以去我的GitHub找指令碼了。

指令碼都未發表,使用請標明出處,謝謝!

https://github.com/Yuan-SW-F/Syntenic

以上,

文淵