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gaussian 和gaussview_談談Gaussian軟體中的guess=mix

技術標籤:gaussian 和gaussview

筆者經常碰到小夥伴在用Gaussian軟體計算涉及自由基的反應時,不清楚何時該加關鍵詞guess=mix,何時不該加;也可能會有師兄/老師這樣告訴新手:碰到自由基一律用guess(mix,always)。前者可能量化基礎不紮實,碰到這類問題不懂;後者則可能缺乏實際計算經驗。趁假期有空,正好寫上一篇,詳細解釋一下。當然,筆者寫的絕對不是標準答案,只能力求合理性和正確性,僅供對這個問題不清楚的小夥伴們參考。

為方便起見,本文僅討論RHF和UHF,所有內容對DFT同樣適用。對UHF計算不熟悉的新手可以閱讀本公眾號發過的軟體教程《用Gaussian做UHF計算》。本文中所涉及計算皆使用G16 A.03。

首先給出簡單的結論:(1)guess=mix只在自旋極化單重態(即使用UHF方法在單重態下做計算,發現有嚴重自旋汙染)時需要考慮加,其他情況(如二重態、三重態)等無需考慮這個問題;(2)always表示在結構優化的每一步中都執行guess=mix。顧名思義,這隻在結構優化中可能有用,而在單點計算中無需加、加了也沒用。

接下來我們一一解釋。關於自旋極化單重態和guess=mix的含義,Sob老師的博文《談談片段組合波函式與自旋極化單重態》(http://sobereva.com/82)講得十分詳細,強烈推薦經常做此類計算、但又還沒看過博文的小夥伴仔細閱讀。這裡再舉一個簡單的單點計算例項:在UHF/STO-3G水平下計算鍵長為2.0 Å的H2

分子,對於如下三種關鍵詞寫法:

(1) #p RHF/STO-3G nosymm(2) #p UHF/STO-3G nosymm(3)#pUHF/STO-3Gnosymmguess=mix
其中,寫法(1)和(2)得到的電子能量是一樣的,均為 −0.783792 a.u., = 0,SCF迭代圈數均為1圈。開啟(2)的log檔案搜尋Initial guess,會發現其波函式初猜是自旋純態 = 0。這說明UHF預設的初始軌道與RHF的初始軌道是一樣的,alpha、beta兩列軌道一模一樣。另外,由於是單重態,alpha、beta兩列軌道里的電子數也是一樣的。這些因素導致了迭代過程和結果也一樣。

這樣的UHF計算和結果顯然沒有太大價值,多花了計算時間卻得到與RHF一樣的解。而guess=mix的作用就是混合HOMO與LUMO軌道,使UHF的初始軌道與RHF不同,這樣迭代就有可能收斂到更低的解上。

寫法(3)得到的結果為−0.937213 a.u., = 0.946,能量明顯低許多,代價是自旋不嚴格等於零,即不再是純態。開啟其log檔案搜尋Initial guess,會發現波函式初猜就已經不是純態 = 1.0。

mix具體的做法並沒有統一規定,可以是隻混合alpha列的HOMO與LUMO軌道,也可以是alpha、beta兩列的HOMO與LUMO軌道各自混合、但混合方式不一樣。從Sob博文中展示的例子可以看出高斯是採用後者。當然,我們也可以自己手動操作一番,加深理解。例如,將下列計算產生的fchk檔案開啟

h2_uhf_only.gjf檔案內容:

%chk=h2_uhf_only.chk#p UHF/STO-3G nosymm guess=(only,save)Title Card0 1H   0.0   0.0   0.0H   0.0   0.0   2.0

h2_uhf_only.fchk檔案部分內容(修改前):

Alpha MO coefficients                      R   N=           4  6.68386924E-01  6.68386924E-01  7.53443037E-01 -7.53443037E-01Beta MO coefficients                       R   N=           46.68386924E-016.68386924E-017.53443037E-01-7.53443037E-01

h2_uhf_only.fchk檔案部分內容(修改後)

Alpha MO coefficients                      R   N=           4  1.00538561E+00 -6.01437543E-02 -6.01437543E-02  1.00538561E+00Beta MO coefficients                       R   N=           46.68386924E-016.68386924E-017.53443037E-01-7.53443037E-01

容易看出,上述改動僅是將alpha一列軌道的HOMO與LUMO軌道混合了一下。更具體地說,就是按照如下公式進行混合(此即等比例混合):

413a9c9e836a85cbf46805249842bb1c.png

再使用命令

unfchk h2_uhf_only.fchk h2_uhf_only.chk

將修改後的fchk轉回chk檔案。將gjf檔案內關鍵詞guess=(only,save)改為guess=read,重新提交計算,即可得出較低的UHF能量−0.937213 a.u.。當然,等比例混合只是一種做法,也可以用 (根號3)/2、1/2這種搭配,保持軌道的正交歸一性即可。高斯內部原始碼實現的就是這種功能,只不過我們舉了個最簡單的例子,用計算器就能算。

但若混合比例很離譜,比如在這個例子裡直接把HOMO、LUMO軌道互換(這相當於把波函式直接置於鞍點上)

h2_uhf_only.fchk檔案部分內容(再一次修改):

Alpha MO coefficients                      R   N=           4  7.53443037E-01 -7.53443037E-01  6.68386924E-01  6.68386924E-01Beta MO coefficients                       R   N=           46.68386924E-016.68386924E-017.53443037E-01-7.53443037E-01

再轉化為chk檔案,使用guess=read提交計算,也能立即收斂出一個能量−0.665399 a.u.,但明顯高很多,說明這種混合不合理。

我們還可以舉出很多guess=mix有效的例子,如單重態O2分子、單重態卡賓、並苯體系(並的環越多,自旋汙染越大)等等。

d42aa8be67424d31e469b0485ac7d7c7.png

高斯的guess=mix雖然很傻瓜、黑箱化,很多時候很好用,但它不能保證沒有其他更低的UHF解,也不能保證收斂到一個穩定的UHF波函式,少數時候甚至連對稱性破缺波函式都得不到。這些情況筆者在平時計算中也見過幾例:

(1)O2在鍵長1.25 Å時,僅使用

#p UHF/cc-pVDZ nosymm guess=mix

得到的電子能量為−149.589479 a.u.,對應=0.627,確實是對稱破缺的,有自旋汙染。然而如果加上關鍵詞stable=opt算,會發現輸出檔案內提示內部不穩定性

The wave function has an internal instability

並自動使用二階優化方法繼續優化至穩定,能量為−149.596725 a.u.,對應=1.015,能量更低,自旋偏離純態更多。實際上在這個例子裡,O-O鍵長大於1.16 Å的幾乎所有點都會有這個問題。

(2)自由基引發劑tBuOOH(叔丁基過氧化氫)分子,在M062X/6-31G(d)水平下優化得平衡幾何結構,然後將O-O鍵長拉至1.90 Å,僅使用關鍵詞

#p UM062X/6-31G(d) nosymm guess=mix

算單點得到的電子能量為−308.590951 a.u.,對應 = 0,顯然是收斂到了RM062X的解上。但是一旦加上stable=opt,會發現能量降為−308.594232 a.u., = 0.439。

所以筆者的建議是,用guess=mix時總是加上stable=opt,即檢驗波函式穩定性,若發現不穩定則優化至穩定。

如果僅寫stable,表示只檢驗波函式穩定性,若穩定則結束;若不穩定只會輸出不穩定資訊然後結束,不會繼續優化至穩定。這時候還要手動補交guess=read stable=opt任務,相當於波函式穩定性檢驗了兩次,多費了些時間,因此不如直接用stable=opt簡單。

有三點要注意:(1)高斯中stable=opt不能與結構優化,限制性優化或IRC等一起使用(除非自己寫指令碼實現,但可以預見計算量會很大);(2)stable=opt只能保證得到穩定的波函式,對一些極特殊情況仍不能保證沒有其他更低的UHF解,這一點以後再展開;(3)沒有opt=stable這種東西。

諸如二重態、三重態這些情況,alpha、beta兩列初始軌道可以一模一樣,但由於兩列軌道中的電子數不一樣,對應的密度矩陣也不一樣,因此不存在上述問題,無需guess=mix。

Reference

1. 《談談片段組合波函式與自旋極化單重態》http://sobereva.com/82

2. https://chemistry.stackexchange.com/questions/42005/initial-guess-for-unrestricted-hartree-fock-calculation