技術標籤：lammps建模

本例主要詳解使用lammps自帶的region命令在圓柱形Ni奈米柱中插入一層石墨烯。用到的關鍵命令是region cylinder。

#in檔案基本引數設定
units      metal
boundary    p p p
atom_style    atomic

#沿著Z軸方向生成一個圓柱形的Ni奈米柱，圓柱旋轉軸座標（0,0）
#半徑為30，圓柱上下底在z軸座標（-60,60），即圓柱高度為120
region      ni cylinder z 0 0 30 -60 60 units box
#以region ni為基準生成模擬盒子，注意：模擬盒子為長方體，而不是圓柱體
create_box    2 ni
#設定Ni晶格引數，在region ni內填充Ni原子
lattice      fcc 3.52
create_atoms  1 region ni

#刪除中間Ni層
region        Ni_del block INF INF INF INF 0 3 units box
delete_atoms    region Ni_del

#生成Graphen層
lattice custom 2.4768 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.732 0.0 a3 0.0 0.0 1.3727 &
basis 0.0 0.33333 0.0 &
basis 0.0 0.66667 0.0 &
basis 0.5 0.16667 0.0 &
basis 0.5 0.83333 0.0

#生成一個region，用以填充石墨烯原子
region          Gp cylinder z 0 0 30 0 3 units box
create_atoms    2 region Gp

#設定原子質量
mass        1 58.7
mass        2 12.0

write_data     ni.xyz
 

最終的模型如下圖所示，中間藍色層為石墨烯層：

在本例中，有兩種晶格（Ni和石墨烯），所以用到兩次lattice命令，需要注意的是，每次使用create_atoms命令填充原子之前，要確定最近的lattice命令是不是即將要填充的原子。
大家可以測試以下兩段程式碼，看看r1，r2內的晶格原子是否相同？

#程式碼1
lattice      fcc 3.52
region      r1 block 0 10 0 10 0 10

lattice      bcc 4.61
region      r2 block 0 10 0 10 10 20

create_atoms  1 region r1
create_atoms  2 region r2
 

程式碼2：
lattice      fcc 3.52
region      r1 block 0 10 0 10 0 10
create_atoms  1 region r1

lattice      bcc 4.61
region      r2 block 0 10 0 10 10 20
create_atoms  2 region r2