下載軟體包：

https://pcingola.github.io/SnpEff/ # 軟體網址

snpEff_latest_core.zip # 軟體名

解壓到指定資料夾：

unzipsnpEff_latest_core.zip # 於指定資料夾解壓

cd snpEff # 進入snpEff資料夾

vi snpEff.config # 開啟配置檔案，並新增一行：db1.genome : aaa，然後儲存

mkdir data # 新建資料資料夾

cd data # 進入資料資料夾

mkdir db1 # 新建物種名資料夾，db1為使用者命名

mkdir genomes # 新建genome 資料放置檔案

cp db1* db1 # 將所有db1相關的檔案拷貝進db1

cd db1 # 進入目錄，準備好註釋檔案：將gff等檔案重新命名為genes.gffprotein.faregulation.gff 等

mv db1.fa ../genomes/db1.fa # 準備好基因組序列檔案

cd ../.. # 進入snpEff資料夾

java -jar snpEff.jar build -gff3 -v db1 # 建庫

cd /abyss/soft/snpEff;java -Xmx8g -jar snpEff.jar db1 snp.vcf > snp.ann.vcf