一級目錄

/bin：包含普通使用者和系統管理員可以共享的各種通用程式，如bash、dd、gzip、grep、mv、mkdir等常用的基本命令。

/boot：包含系統載入程式GRUB及其配置檔案、linux核心檔案vmlinuz和磁碟記憶體映象檔案initrd.img等重要引導檔案。

/dev：包含系統支援的所有裝置檔案。具體來說，console表示控制檯，lp0表示印表機，mem表示系統的實體記憶體，sda表示連線到主控制器的第一個磁碟，ttyXX表示串列埠裝置。

/etc：包含系統管理和維護方面的所有配置檔案。

/home：包含所有普通使用者的主目錄。

/lost+found：用於儲存fsck命令在檢測與修復檔案系統時刪除的檔案和目錄。

/media：包含移動儲存介質的掛載點，插入U盤，系統會自動將U盤掛在到該目錄的某個子目錄。

/mnt：包含所有自定義的檔案系統的掛載點，可以掛在任何檔案系統，包含NFS或CIFS網路檔案系統。

/opt：應用程式等附加軟體的安裝目錄，類似於windows系統中的Program Files目錄。

/proc：虛擬檔案目錄，系統關閉時為空目錄，系統執行時程序檔案系統根目錄，其中的部分檔案系統分別對應當前正在執行的程序，可以 用於訪問當前程序的地址空間。

/root：超級使用者root的主目錄

/sbin：超級使用者管理員的常用工具，如管理和維護、系統引導和回覆命令集合。

/srv：分擔了var目錄的一些功能，儲存了一些網路服務所需的資料檔案。

/sys：和proc一樣的虛擬目錄，系統各種裝置資訊的根目錄，如block子目錄中包含有磁碟及磁碟分割槽的配置資訊。

/tmp：臨時檔案目錄，用於儲存系統執行過程生成的臨時檔案，也可以供使用者儲存自己的臨時檔案。需要注意的是，只是檔案的建立者才可以刪除響應檔案。

/usr：既可以作為根目錄下的一個子目錄，其中儲存系統提供的各種共享資料（使用者命令、庫函式、標頭檔案、文件等），又可以作為一個單獨的檔案系統，可以認為是對根木的一個遞迴目錄，是的檔案系統具有更大的靈活性。

/var：該目錄和usr類似，首先是根目錄下的子目錄，也可以作為單獨的檔案系統，用於儲存各種可變長的資料檔案（如日誌檔案）、暫存檔案或待處理的臨時檔案。

重要的二級目錄

/boot/grub：其中存有GRUB配置檔案，一級三種不同型別的初始載入程式。

/etc/apt：包含軟體管理工具使用的配置檔案，如sources.list。

/etc/cron.d：用於儲存cron程序排程執行後臺程序所用的配置檔案和控制檔案。其它有關目錄cron.hourly,cron.daily,cron.weekly,cron.monthly四個目錄。

/etc/init.d：用於儲存系統啟動引導過程中需要init排程執行的指令碼檔案。

/etc/network：包含網路介面的配置檔案interfaces，一級相關的配置檔案。

/etc/X11：包含X伺服器使用的各種配置檔案，如xorg.conf等。

/usr/bin 包含使用者經常使用的各種命令
/usr/include 用於儲存各種C語言標頭檔案。這個目錄及其子目錄是開發人員經常引用的檔案。其中sys、linux和bits等子目錄中定義的資料結構，對於深入學習、理解和掌握Linux系統具有極大的參考價值
/usr/lib 其中包含各種共享的庫函式，可供程式設計師已靜態或動態的方式連結自己開發的程式
/usr/sbin 包含系統引導完成之後系統管理員經常使用的各種系統管理和維護命令
/usr/share 共享目錄 包含man（聯機文件的根目錄）、info（GNU info文件的根目錄）、doc（各種軟體包特定的文件）、locale（語言環境）、vim(使用者指南)、zoneinfo（時區定義）等子目錄
/usr/src 存放linux系統核心的原始碼和文件等

/var/lib 儲存軟體包特定的動態連結共享庫、配置檔案、資料檔案和狀態資訊等
/var/log 系統守護程序日誌檔案的儲存目錄，其中包括lastlog（每個使用者最後一次登入的時間）、messages（由syslogd記錄的所有核心和系統程式的日誌訊息）及wtmp（所有使用者的系統註冊/登出記錄）等重要檔案。位於/var/log中的檔案會不斷地增長，因而要求定期備份或刪除，通常linux系統均採用日、周或月為時間週期，定期執行例程檢查，以迴圈擷取的方式，刪除過時的資料，保留一定時間範圍的最新資料，使檔案的大小保持一個適中的規模。在Ubuntu Linux系統中，每日將會執行一次logrotate程式，檢查並處理系統日誌檔案。
/var/lock 用於儲存各種服務程序或應用程式訪問特定的裝置或檔案時設定的封鎖檔案
/var/run 系統執行資訊檔案的根目錄，其中包括各種.pid檔案中存有守護程序的PID。另外一個最典型的檔案是/var/run/utmp,其中包含當前系統中使用者註冊資訊
/var/spool 用於快取各種等待處理的檔案，如列印服務等。通常每類待處理的快取檔案均位於各自的子目錄中，如/var/spool/cups等
/var/tmp 用於儲存各種臨時檔案