生信主管應該瞭解的十個Linux知識點
linux的發行版非常多,其實本質上差別不大,哪怕是mac的OS應該是也是同樣的管理操作模式。以下針對於ubuntu適用,當然ubuntu本身也有版本的區別,目前是16,我下面的操作是在12上進行的。
- java1.7.0_03的安裝
1、JDK官網上 http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html選擇
2、將開啟終端,建立目錄:
Sudo mkdir /usr/lib/java
3、將下載的jdk-7u3-linux-i586.tar.gz移到這個資料夾下面並進行解壓,改名字:
sudo mv jdk-7u3-linux-i586.tar.gz /usr/lib/javasudo tar –xvf jdk-7u3-linux-i586.tar.gzmv jdk1.7.0_03java-7-sun
4、修改環境變數:
在終端輸入: vim /etc/profile
然後新增以下程式碼:
export JAVA_HOME=/usr/lib/java/jdk1.8.0_45export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jreexport CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/libexport PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH
儲存之後,再執行下面命令更新電腦的配置檔案
source /etc/profile
5、在終端中輸入java –version,顯示:
jeydragon@jeydragon-VirtualBox:~$ java -versionjava version "1.7.0_03"Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_03-b04)Java HotSpot(TM) Client VM (build 22.1-b02, mixed mode)
表示安裝成功!
如果java本身更新了,那麼更換上面的下載地址即可。
- R的最新版本安裝
首先,刪除Linux Ubuntu系統中原有的R軟體包(如果有舊版本的R),程式碼如下:
sudo apt-get autoremove r-base-core # 刪除系統中原有的R軟體包
接下來,找到一個Ubuntu的軟體源映象(http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/ ),Linux Ubuntu 12.04對應的名字是precise,進入到precise/目錄,找到r-base-core相關的檔案,發現有多個R的版本。把這個軟體源,增加到apt的sources.list檔案中,程式碼如下:
deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu precise/ (PS:precise代表著ubuntu本身的版本,請注意修改合適你的) 在sources.list檔案最下面,新加一行 ~ sudo apt-get update # 更新源 ~ sudo apt-get install r-base-core # 再次安裝R語言軟體包 ~ R –version # 檢查R的版本
這時我們就安裝了最新的R語言版本—3.0.3版。
require(ggplot2)Loading required package: ggplot2Failed with error: ‘package ‘ggplot2’ was built before R 3.0.0: please re-install it’
這個失敗原因是怎麼回事?R 3.0.0 的問題嗎?怎麼解決?
R 2.x 升級3.x 需要重新(編譯)安裝所有包:
update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)
- linux 安裝perl模組
Linux/Unix下安裝Perl模組有兩種方法:手工安裝和自動安裝。
第一種方法是從CPAN網站上下載您需要的模組,手工編譯、安裝。
第二種方法是使用CPAN命令自動完成下載、編譯、安裝的全過程。
手工安裝的步驟:
從CPAN(http://search.cpan.org/)下載了Net-Server模組0.97版的壓縮檔案Net-Server-0.97.tar.gz,假設放在/usr/local/src/下。
cd /usr/local/srctar xvzf Net-Server-0.97.tar.gzcd Net-Server-0.97perl Makefile.PLmake test
如果測試結果報告“all test ok”,您就可以放心地安裝編譯好的模組了。
安裝模組前,先要確保您對perl5 安裝目錄有可寫許可權(通常以su 命令獲得),執行:
make install
現在,試試DBI 模組吧。如果下面的命令沒有給出任何輸出,那就沒問題。
$>perl -MNet::Server -e1
上述步驟適合於Linux/Unix下絕大多數的Perl模組。可能還有少數模組的安裝方法略有差別,所以最好先看看安裝目錄裡的README 或INSTALL。
有的時候如果是build.pl的需要以下安裝步驟:(需要Module::Build模組支援)
perl Build.PL ./Build ./Build test ./Build install
使用CPAN模組自動安裝方法一
安裝前需要先聯上網,如果不是root就會在你的本地home目錄新建一個perl5資料夾來存放自動下載的包。
perl -MCPAN -e shell
初次執行CPAN時需要做一些設定,如果您的機器是直接與因特網相聯(撥號上網、專線,etc.),那麼一路回車就行了,只需要在最後一步選一個離您最近的CPAN 映象站點。例如我選的是位於國內的http://www.cnblogs.com/itech/admin/ftp://www.perl87.cn/CPAN/ 。否則,如果您的機器位於防火牆之後,還需要設定ftp代理或http代理。
下面是常用cpan 命令。
cpan>helpcpan>mcpan>install Net::Servercpan>quit
使用CPAN模組自動安裝方法二
cpan -i 模組名
例如: cpan -i Net::Server
先下載tar.gz ...然後手動安裝..default 安裝到/usr/local/目錄下..
然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl
- Perl 安裝最新版
linux下升級系統預設安裝的perl版本,不建議先rm
先下載tar.gz ...然後手動安裝..default 安裝到/usr/local/目錄下..
然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl
下載方式不用說了吧,各顯神通,筆者習慣用wget.
所以wget "http://www.cpan.org/src/perl-5.10.0.tar.gz" .現在最新是5.20
下載完以後解壓安裝
#tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz#cd perl-5.10.0#./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl
引數-Dprefix指定安裝目錄為/usr/local/perl
#make#make test#make install
如果這個過程沒有錯誤的話,那麼恭喜你安裝完成了.是不是很簡單?
接下來替換系統原有的perl,有最新的了咱就用嘛.
#mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak#ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl#perl –v
然後就可以了用它來安裝一些其它你需要的perl模組了
#perl -MCPAN-e shell
第一次執行的話,會提示安裝cpan並要求連線網路下載最新的模組列表.然後就可以安裝東西了
cpan[1]> install DBI
- linux新增環境變數
新增PATH環境變數,第1種方法
[root@lx_web_s1 ~]# export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH
再次檢視:
[root@lx_web_s1 ~]# echo $PATH /usr/local/webserver/mysql/bin:/usr/local/webserver/mysql/bin/:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin
說明新增PATH成功。
上述方法的PATH 在終端關閉後就會消失。所以還是建議通過編輯/etc/profile來改PATH,也可以修改家目錄下的.bashrc(即:~/.bashrc)。
第2種方法:
# vim /etc/profile
在最後,新增:
export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"
儲存,退出,然後執行:
#source /etc/profile,不報錯則成功。
- Linux增加中文(ubuntu)
Ubuntu上的輸入法主要有小小輸入平臺(支援拼音/二筆/五筆等),Fcitx,Ibus,Scim等。其中Scim和Ibus是輸入法框架。
在Ubuntu的中文系統中自帶了中文輸入法,通過Ctrl+Space可切換中英文輸入法。這裡我們主要說下Ubuntu英文系統中,中文輸入法的安裝。
安裝輸入法的第一步是安裝語言包
我們選擇System Settings-->Language Support-->Install/Remove Languages,這裡面可以選擇簡體中文,輸入密碼後,系統會安裝簡體中文語言包。
第二步,安裝完畢後切換到終端,安裝IBus框架,在終端輸入以下命令:
sudo apt-get install ibus ibus-clutter ibus-gtk ibus-gtk3 ibus-qt4
啟動IBus框架,在終端輸入:
im-switch -s ibus
安裝完IBus框架後登出系統,保證更改立即生效。
第三步:安裝拼音引擎
有下面幾種常用選擇:
- IBus拼音:sudo apt-get install ibus-pinyin
- IBUS五筆:sudo apt-get install ibus-table-wubi
- 谷歌拼音輸入法:sudo apt-get install ibus-googlepinyin
- Sun拼音輸入法:sudo apt-get install ibus-sunpinyin
第四步:設定IBus框架
終端輸入ibus-setup 此時,IBus Preference設定被開啟。我們在Input Method選項卡中,選擇自己喜歡的輸入方式,並配置自己喜歡的快捷鍵即可。
第五步:通常情況下,IBus圖示(一個小鍵盤)會出現在桌面右上角的工作列中。有時候這個圖示會自行消失,可使用以下命令,找回消失的IBus圖示:
ibus-daemon –drx
- ubuntu上安裝mysql
非常簡單隻需要幾條命令就可以完成。
sudo apt-get install mysql-serversudo apt-get install mysql-clientsudo apt-get install libmysqlclient-dev
安裝過程中會提示設定密碼什麼的,注意設定了不要忘了,安裝完成之後可以使用如下命令來檢查是否安裝成功:
sudo netstat -tap | grep mysql
通過上述命令檢查之後,如果看到有mysql 的socket處於listen 狀態則表示安裝成功。
登陸mysql資料庫可以通過如下命令:
mysql -u root -p
-u 表示選擇登陸的使用者名稱,-p 表示登陸的使用者密碼,上面命令輸入之後會提示輸入密碼,此時輸入密碼就可以登入到mysql。
- 防火牆設定命令iptables
如果我們想新開一個埠給別人訪問,我們就需要設定防火牆,比如我想開3838埠給shiny程式使用,下面我重點講解這個例項,其餘開放埠,關閉埠大家繼續學習就好。
如果你使用的是ssh遠端,而又不能直接操作本機,那麼建議你慎重,慎重,再慎重!(一旦你把22埠給搞死了,你就無法登陸你的伺服器了!)
通過iptables我們可以為我們的Linux伺服器配置有動態的防火牆,能夠指定並記住為傳送或接收資訊包所建立的連線的狀態,是一套用來設定、維護和檢查Linux核心的IP包過濾規則的命令包。
首先配置好防火牆 sudo vim /etc/sysconfig/iptables
讓該埠可以被訪問
然後進去修改即可,上面紅圈出來的那句話就是我新增的,意思是開放3838埠給使用者使用。
修改之後並不是防火牆規則馬上生效,還需要一個步驟,我搜索了一些資料,裡面是這樣講的,我發現它的教程太舊了
這裡很多人會想到 /etc/rc.d/init.d/iptables save
指令
但是一旦你這麼幹了你剛才的修改內容就白做了。
只修改/etc/sysconfig/iptables 使其生效的辦法是修改好後先 service iptables restart
然後才呼叫 /etc/rc.d/init.d/iptables save
因為 /etc/rc.d/init.d/iptables save
會在iptables服務啟動時重新載入,要是在重啟之前直接先呼叫了 /etc/rc.d/init.d/iptables save
那麼你的/etc/sysconfig/iptables 配置就回滾到上次啟動服務的配置了,這點必須注意!
因為我是新的系統(RedHat 7, Ubuntu 15.04+, SLES 12+) ,結合我對該教程的理解。所以我用的是 sudo systemctl restart iptables
命令。
果然,馬上3838埠就可以被訪問了,我的shiny程式也可以完整的使用啦。
再簡單解釋一下剛才修改的防火牆配置檔案 /etc/sysconfig/iptables 的那句話的意義:
- A:指定鏈名- p:指定協議型別- d:指定目標地址- dport:指定目標埠(destination port 目的埠)- sport:指定源埠(source port 源埠)- j:指定動作型別
還有幾個,懶得寫了,其實這是我部落格早期內容:
- ubuntu伺服器解決方案第五講-配置ssh供遠端登入
- ubuntu伺服器解決方案第八講–網路伺服器配置lamp
- ubuntu伺服器解決方案第十講–虛擬機器螢幕及聯網設定
- ubuntu伺服器配置shiny,shiny-server,R-studio