一、在任意資料夾下面建立形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的資料夾系列。

二、在建立好的資料夾下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，裡面建立文字檔案 me.txt

三、在文字檔案 me.txt 裡面輸入內容:

Go to: http://www.biotrainee.com/I love bioinfomatics.And you ?

前三題效果如下：

前三題效果

四、刪除上面建立的資料夾 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文字檔案 me.txt

五、在任意資料夾下面建立 folder 1~5這5個資料夾，然後每個資料夾下面繼續建立 folder 1~5這5個資料夾，效果如下：

第五題效果

六、在第五題建立的每一個資料夾下面都 建立第二題文字檔案 me.txt ，內容也要一樣。

七，再次刪除掉前面幾個步驟建立的資料夾及檔案

八、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed 檔案，後在裡面選擇含有 H3K4me3 的那一行是第幾行，該檔案總共有幾行。

九、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip 檔案，並且解壓，檢視裡面的資料夾結構

十、開啟第九題解壓的檔案，進入 rmDuplicate/samtools/single 資料夾裡面，檢視字尾為 .sam 的檔案，搞清楚 生物資訊學裡面的 SAM/BAM

十一、安裝 samtools 軟體

十二、開啟 字尾為 BAM 的檔案，找到產生該檔案的命令。 提示一下命令是：

/home/jianmingzeng/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 20 -x /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 -S /home/jianmingzeng/data/public/allMouse/alignment/WT_rep2_Input.sam -U /tmp/41440.unp

十三題、根據上面的命令，找到我使用的參考基因組 /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38

十四題、上面的字尾為 BAM 的檔案的第二列，只有 0 和 16 兩個數字，用 cut/sort/uniq等命令統計它們的個數。

十五題、重新開啟 rmDuplicate/samtools/paired 資料夾下面的字尾為 BAM 的檔案，再次檢視第二列，並且統計

十六題、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip 檔案，並且解壓，檢視裡面的資料夾結構， 這個檔案有2.3M，注意留心下載時間及下載速度。

十七題、解壓 sickle-results/single_tmp_fastqc.zip 檔案，並且進入解壓後的資料夾，找到 fastqc_data.txt 檔案，並且搜尋該文字檔案以 >>開頭的有多少行？

十八題、下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss 檔案，去NCBI找到 TP53/BRCA1等自己感興趣的基因對應的 refseq資料庫 ID，然後找到它們的 hg38.tss 檔案的哪一行。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7157

十九題、解析 hg38.tss 檔案，統計每條染色體的基因個數。

二十題、解析 hg38.tss 檔案，統計 NM和 NR開頭的熟練，瞭解 NM和 NR開頭的含義。

另外，本練習題應該會持續更新，歡迎點選 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html 我部落格 繼續關注。

又被某些變態舉報了我們誘導粉絲點選廣告，這次實在是太意外了，感覺總是有刁民要害朕，唉，本來準備再罵一番，想了想，作為生信界第一大號，不能丟了風度，反正一天的廣告費才幾十塊錢。（你相信嗎？）

咱不要了。

一口老血都噴出來了

未來兩個星期大家都看不到廣告了，恭喜咯，也恭喜那個刁民。