【視訊講解】-使用rmarkdown來製作html報表
第一步：安裝R語言及Rstudio
首先根據作業系統來安裝R語言軟體
最好是安裝最新版
- Download R for Windows from CRAN
- Download R for macOS from CRAN
- Download R for Linux from CRAN
Note for macOS: If you do not already have X11 installed in Applications > X11, download and install it.
這個很容易，就跟下載QQ微信一樣，不停的下一步即可，全部選擇預設的安裝配置。
然後安裝RStudio編輯器
RStudio is a graphical development environment you can use as an alternative to command line R. RStudio requires R to be installed.
- Download RStudio for your operating system
選擇免費版本即可，安裝成功之後就可以開啟RStudio，所有的操作均在裡面完成。
第二步：瞭解markdown語法
一般來說做筆記分享，需要用markdown語法，不熟悉的人可能會害怕，但是一旦你花15分鐘瞭解了它，你會愛上寫作，相信我。
學習markdown，可以先看看掃盲貼：http://kaopubear.top/2017-02-04-trymarkdown.html
至於語法本身，自己隨便搜尋學習吧，比如http://wowubuntu.com/markdown/
學習編輯器，推薦typora：https://vip.biotrainee.com/d/82-typora-markdown/10
第三步：安裝必備的R包
如果是普通的R包，用install.packages即可，如下：
install.packages("matrixStats",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/") install.packages("ape",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/") install.packages("DT",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/") install.packages("shiny",repos="https://mirror.lzu.edu.cn/CRAN/")
之所以設定後面的repos，主要是考慮到中國大陸的特色網路牆。
如果是bioconductor的包，使用biocLite即可，如下：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
biocLite("ALL")
biocLite("airway")同理，也是設定了映象。
如果是GitHub上面的R包，也可以使用biocLite，如下：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
# https://github.com/jmzeng1314/humanid
biocLite("jmzeng1314/humanid")第四步：新建rmarkdown檔案並且輸出html報表
進入Rstudio編輯器，新建
理解並且修改檔案內容
輸出html報表
實踐一下下面的例子
一個統計學裡面的邏輯分析的講解
http://www.bio-info-trainee.com/tmp/tutorial_for_logical_analysis.html
下面是一個表達矩陣的15個常見的視覺化圖形的製作：
http://bio-info-trainee.com/tmp/basic_visualization_for_expression_matrix.html
用deconstructSigs來做cosmic的mutation signature圖
http://biotrainee.com/jmzeng/markdown/deconstuctSigs.html