使用Python Pandas處理億級資料
原文：http://www.justinablog.com/archives/1357?utm_source=tuicool&utm_medium=referral
在資料分析領域，最熱門的莫過於Python和R語言，此前有一篇文章《別老扯什麼Hadoop了，你的資料根本不夠大》指出：只有在超過5TB資料量的規模下，Hadoop才是一個合理的技術選擇。這次拿到近億條日誌資料，千萬級資料已經是關係型資料庫的查詢分析瓶頸，之前使用過Hadoop對大量文字進行分類，這次決定採用Python來處理資料：
- 硬體環境
- CPU：3.5 GHz Intel Core i7
- 記憶體：32 GB HDDR 3 1600 MHz
- 硬碟：3 TB Fusion Drive
- 資料分析工具
- Python：2.7.6
- Pandas：0.15.0
- IPython notebook：2.0.0
源資料如下表所示：
Table |
Size |
Desc |
|
|---|---|---|---|
ServiceLogs |
98,706,832 rows x 14 columns |
8.77 GB |
交易日誌資料，每個交易會話可以有多條交易 |
ServiceCodes |
286 rows × 8 columns |
20 KB |
交易分類的字典表 |
資料讀取
啟動IPython notebook，載入pylab環境：
ipython notebook --pylab=inline
Pandas提供了IO工具可以將大檔案分塊讀取，測試了一下效能，完整載入9800萬條資料也只需要263秒左右，還是相當不錯了。
import pandas as pd
reader = pd.read_csv('data/servicelogs', iterator=True)try:
df = reader.get_chunk(100000000)except StopIteration:
print "Iteration is stopped."1百萬條 |
1千萬條 |
1億條 |
|
|---|---|---|---|
ServiceLogs |
1 s |
17 s |
263 s |
使用不同分塊大小來讀取再呼叫 pandas.concat
loop = TruechunkSize = 100000chunks = []while loop:
try:
chunk = reader.get_chunk(chunkSize)
chunks.append(chunk)
except StopIteration:
loop = False
print "Iteration is stopped."df = pd.concat(chunks, ignore_index=True)下面是統計資料，Read Time是資料讀取時間，Total Time是讀取和Pandas進行concat操作的時間，根據資料總量來看，對5~50個DataFrame物件進行合併，效能表現比較好。
Chunk Size |
Read Time (s) |
Total Time (s) |
Performance |
|---|---|---|---|
100,000 |
224.418173 |
261.358521 |
|
200,000 |
232.076794 |
256.674154 |
|
1,000,000 |
213.128481 |
234.934142 |
√ √ |
2,000,000 |
208.410618 |
230.006299 |
√ √ √ |
5,000,000 |
209.460829 |
230.939319 |
√ √ √ |
10,000,000 |
207.082081 |
228.135672 |
√ √ √ √ |
20,000,000 |
209.628596 |
230.775713 |
√ √ √ |
50,000,000 |
222.910643 |
242.405967 |
|
100,000,000 |
263.574246 |
263.574246 |
如果使用Spark提供的Python Shell，同樣編寫Pandas載入資料，時間會短25秒左右，看來Spark對Python的記憶體使用都有優化。
資料清洗
Pandas提供了 DataFrame.describe 方法檢視資料摘要，包括資料檢視（預設共輸出首尾60行資料）和行列統計。由於源資料通常包含一些空值甚至空列，會影響資料分析的時間和效率，在預覽了資料摘要後，需要對這些無效資料進行處理。
首先呼叫 DataFrame.isnull() 方法檢視資料表中哪些為空值，與它相反的方法是 DataFrame.notnull() ，Pandas會將表中所有資料進行null計算，以True/False作為結果進行填充，如下圖所示：
Pandas的非空計算速度很快，9800萬資料也只需要28.7秒。得到初步資訊之後，可以對錶中空列進行移除操作。嘗試了按列名依次計算獲取非空列，和 DataFrame.dropna() 兩種方式，時間分別為367.0秒和345.3秒，但檢查時發現 dropna() 之後所有的行都沒有了，查了Pandas手冊，原來不加引數的情況下， dropna() 會移除所有包含空值的行。如果只想移除全部為空值的列，需要加上 axis 和 how 兩個引數：
df.dropna(axis=1, how='all')共移除了14列中的6列，時間也只消耗了85.9秒。
接下來是處理剩餘行中的空值，經過測試，在 DataFrame.replace() 中使用空字串，要比預設的空值NaN節省一些空間；但對整個CSV檔案來說，空列只是多存了一個“,”，所以移除的9800萬 x 6列也只省下了200M的空間。進一步的資料清洗還是在移除無用資料和合並上。
對資料列的丟棄，除無效值和需求規定之外，一些表自身的冗餘列也需要在這個環節清理，比如說表中的流水號是某兩個欄位拼接、型別描述等，通過對這些資料的丟棄，新的資料檔案大小為4.73GB，足足減少了4.04G！
資料處理
使用 DataFrame.dtypes 可以檢視每列的資料型別，Pandas預設可以讀出int和float64，其它的都處理為object，需要轉換格式的一般為日期時間。DataFrame.astype() 方法可對整個DataFrame或某一列進行資料格式轉換，支援Python和NumPy的資料型別。
df['Name'] = df['Name'].astype(np.datetime64)對資料聚合，我測試了 DataFrame.groupby 和 DataFrame.pivot_table 以及 pandas.merge ，groupby 9800萬行 x 3列的時間為99秒，連線表為26秒，生成透視表的速度更快，僅需5秒。
df.groupby(['NO','TIME','SVID']).count() # 分組fullData = pd.merge(df, trancodeData)[['NO','SVID','TIME','CLASS','TYPE']] # 連線actions = fullData.pivot_table('SVID', columns='TYPE', aggfunc='count') # 透視表根據透視表生成的交易/查詢比例餅圖：
將日誌時間加入透視表並輸出每天的交易/查詢比例圖：
total_actions = fullData.pivot_table('SVID', index='TIME', columns='TYPE', aggfunc='count')total_actions.plot(subplots=False, figsize=(18,6), kind='area')
除此之外，Pandas提供的DataFrame查詢統計功能速度表現也非常優秀，7秒以內就可以查詢生成所有型別為交易的資料子表：
tranData = fullData[fullData['Type'] == 'Transaction']該子表的大小為 [10250666 rows x 5 columns]。在此已經完成了資料處理的一些基本場景。實驗結果足以說明，在非“>5TB”資料的情況下，Python的表現已經能讓擅長使用統計分析語言的資料分析師遊刃有餘。