Linux系統建立可執行檔案軟連結
技術背景
由於建立軟連結這個事情，在演算法開發的日常中使用到的並不是很多，因此本文也是做一個簡單的回顧。這裡我們使用的案例是通過TMalign這個蛋白質打分檔案，在編譯好可執行檔案之後，可以使用建立軟連結的方法快捷的使用該可執行檔案。
TMalign的下載與安裝
TMalign可以給兩個給定的蛋白質pdb檔案進行評分：
$ TMalign out.pdb origin.pdb ********************************************************************* * TM-align (Version 20220412): protein structure alignment * * References: Y Zhang, J Skolnick. Nucl Acids Res 33, 2302-9 (2005) * * Please email comments and suggestions to [email protected] * ********************************************************************* Name of Chain_1: out.pdb (to be superimposed onto Chain_2) Name of Chain_2: origin.pdb Length of Chain_1: 207 residues Length of Chain_2: 207 residues Aligned length= 207, RMSD= 0.00, Seq_ID=n_identical/n_aligned= 1.000 TM-score= 1.00000 (if normalized by length of Chain_1, i.e., LN=207, d0=5.35) TM-score= 1.00000 (if normalized by length of Chain_2, i.e., LN=207, d0=5.35)
那麼如果要使用該評分軟體，需要從該連結中下載相關的檔案，比如cpp檔案和readme檔案。下載到本地目錄下之後，可以執行如下指令進行編譯（如果是Mac可能需要去掉static）：
$ g++ -static -O3 -ffast-math -lm -o TMalign TMalign.cpp
編譯之後就會在當前路徑下生成一個名為TMalign的可執行檔案：
$ ll 總用量 3036 drwxrwxr-x 2 dechin dechin 4096 5月 6 13:58 ./ drwxrwxr-x 11 dechin dechin 4096 5月 6 13:57 ../ -rw-rw-r-- 1 dechin dechin 7387 5月 6 13:58 readme.c++.txt -rwxrwxr-x 1 dechin dechin 2904224 5月 6 13:59 TMalign* -rw-rw-r-- 1 dechin dechin 182097 5月 6 13:57 TMalign.cpp
建立軟連結
雖然這條指令很簡單，但是需要注意的是一定要使用絕對路徑，如果使用相對路徑，會出現符號連線的層數過多的報錯資訊。另外如果要建立的軟連結在/usr/bin之類的目錄下的話，需要使用到sudo許可權。具體執行指令如下：
$ sudo ln -s /home/dechin/tools/TMalign/TMalign /usr/bin/TMalign
一般/usr/bin是使用者的系統路徑，相比於不斷的補充系統路徑，這種建立軟連結的方式會顯得更加簡潔。建立完軟連結之後，就可以在系統的任一位置直接執行TMalign的指令了：
$ TMalign ********************************************************************* * TM-align (Version 20220412): protein structure alignment * * References: Y Zhang, J Skolnick. Nucl Acids Res 33, 2302-9 (2005) * * Please email comments and suggestions to [email protected] * ********************************************************************* Usage: TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb [Options] Options: -u TM-score normalized by user assigned length (the same as -L) warning: it should be >= minimum length of the two structures otherwise, TM-score may be >1 -a TM-score normalized by the average length of two structures T or F, (default F) -i Start with an alignment specified in fasta file 'align.txt' -I Stick to the alignment specified in 'align.txt' -m Output TM-align rotation matrix -d TM-score scaled by an assigned d0, e.g. 5 Angstroms -o Output the superposition to 'TM_sup*' $ TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -o TM_sup View superposed C-alpha traces of aligned regions by RasMol or PyMOL: $ rasmol -script TM_sup $ pymol -d @TM_sup.pml View superposed C-alpha traces of all regions: $ rasmol -script TM_sup_all $ pymol -d @TM_sup_all.pml View superposed full-atom structures of aligned regions: $ rasmol -script TM_sup_atm $ pymol -d @TM_sup_atm.pml View superposed full-atom structures of all regions: $ rasmol -script TM_sup_all_atm $ pymol -d @TM_sup_all_atm.pml View superposed full-atom structures and ligands of all regions $ rasmol -script TM_sup_all_atm_lig $ pymol -d @TM_sup_all_atm_lig.pml -fast Fast but slightly inaccurate alignment by fTM-align algorithm -cp Alignment with circular permutation -v Print the version of TM-align -h Print the full help message, including additional options (Options -u, -a, -d, -o will not change the final structure alignment) Example usages: TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -u 100 -d 5.0 TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -a T -o PDB1.sup TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -i align.txt TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -m matrix.txt TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -fast TMalign PDB1.pdb PDB2.pdb -cp
總結概要
編譯安裝原始碼為可執行檔案時，有時候會遇到想把可執行檔案放在特定的路徑下的問題，比如放到/usr/bin目錄下，這樣可以全域性可呼叫，又不需要手動新增各種亂七八糟的系統路徑。這就需要使用到Linux中的軟連結的功能，通常使用ln -s的指令即可。本文順帶介紹了蛋白質結構評分軟體TMalign的原始碼下載和安裝使用的基本方法，編譯成一個可執行檔案後，可以建立一個軟連結，在系統各處都可以使用，是一個比較基礎的操作。
版權宣告
本文首發連結為：https://www.cnblogs.com/dechinphy/p/ln.html
作者ID：DechinPhy
更多原著文章請參考：https://www.cnblogs.com/dechinphy/
打賞專用連結：https://www.cnblogs.com/dechinphy/gallery/image/379634.html
騰訊雲專欄同步：https://cloud.tencent.com/developer/column/91958
CSDN同步連結：https://blog.csdn.net/baidu_37157624?spm=1008.2028.3001.5343
51CTO同步連結：https://blog.51cto.com/u_15561675