環境

1. 阿里雲ECS伺服器
2. 系統：Ubuntu 20.04
3. 已經搭建好blast服務(如果還沒搭建，可以參考我的部落格:https://www.cnblogs.com/Coder-Photographer/p/13602442.html)

很多人都是選擇NCBI等網站的資料搭建，但是我需要用自己的FASTA檔案搭建資料庫

搭建資料庫

建立資料庫檔案

mkdir bio-db

移動要構建資料庫的FASTA檔案到檔案

cp xxxxx.fasta  bio-db
# 切換到bio-db 資料夾
cd bio-db

輸入命令來構建

# 更多makeblastdb命令，請用 makeblastdb -h 查詢，這裡只是舉例
makeblastdb -in  你的fasta檔案 -dbtype 資料庫型別   
例如
makeblastdb -in ./fasta_files/EPI_ISL_468719.fasta  -dbtype nucl
結果如下圖所示
 

測試

選取一個新的fasta檔案測試

blastn -query 新的fasta檔案 -db 資料庫存放的位置 -out 輸出的結果檔名 -outfmt 輸出格式
例如
blastn -query XXXX.fasta -db /root/bio-db/id_no_short_seqs.fas -out firstExample.txt -outfmt 6

如果 outfmt的引數是6

從左到右各列引數為
Query_id    Subject_id   %_identity alignment_length   mismatches   gap_openings  q. start  q. end   s. start   s. end   e-value  bit_score
 

輸出結果

注：本部落格基於官網文件和B站UP主的視訊完成 XiongdyMishika

在此也對UP主：XiongdyMishika 感謝！