http://mp.weixin.qq.com/s/nK1Kkf9lfZStoX25Y7SzHQ

這篇文章主要適用於Linux平臺，當然MacOS也行，不過它有更好安裝方法。

此外網上也會許多更好的關於biconda的教程，這裏還是拋磚應用，提供一種除了編譯源碼和直接下載二進制文件外安裝生信軟件的一種思路

bioconda是什麽

官方介紹是:

Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software. Bioconda consists of:

• a repository of recipes hosted on GitHub

• a build system that turns these recipes into conda packages

• a repository of >1500 bioinformatics packagesready to use with conda install

• Over 130 contributors that add, modify, update and maintain the recipes

也就會說，它類似於Ubuntu和或RedHat的apt-get或yum，通過它你可以快捷安裝許多生物信息的軟件，而無需自己解決軟件之間的依賴關系。
目前已經有3000多個，包括bwa,tophat,fastqc，gatk等軟件。

如何安裝bioconda

安裝bioconda其實就是安裝anaconda的迷你版本,Miniconda。然後添加相應的channel，方法如下：

下載：

# download package 2.7 or 3.6， x64 or x86# 3.6 
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86.sh
# 2.7
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86.sh
 

安裝
以3.6 x64為例

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

Enter同意

按Q結束，然後yes

安裝路徑，默認就行了

安裝結束後，重啟終端或者source ~/.bashrc
然後在終端設置channel，用於讓conda尋找軟件所在位置。

conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels defaults
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda

推薦新建工作環境下安裝軟件：

conda create -n aligners bwa bowtie hisat star -y
# create -n aligner:新建一個名為alinger的工作環境
# bwa bowite hista star： 同時安裝這三個軟件
# -y yes：和Linux的選項一樣

安裝軟件後，使用source activate aligners進入虛擬環境進行操作,現在bwa就算裝好了。

一般而言，Biostar課程裏的大部分軟件都可以通過conda install xxxx 來安裝。

缺點：

bioconda鏡像在國外，所以下載速度可能會很慢，尤其對一些體積比較大的軟件就很容易中斷，而且不能重連

推薦閱讀：

1. bioconda項目網站：https://bioconda.github.io/

2. 一篇比我更好的教程：https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567

3. 什麽是虛擬環境：http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/39998317

生信軟件的好幫手-bioconda--轉載