translation of the paper sequence and structure conservation in a protein core
sequence and structure conservation in a protein core
將殘基結合的緊密程度作為判斷保守型的標準（從結構上定義殘基的保守性）
使用原子與原子之間的緊密標準來研究在殘基保守性上蛋白質結構的影響。原子與原子之間的聯系數值cont(t,s)由序列s和第t個殘基計算得到。計算原子與原子之間的聯系是基於範德華半徑。半徑的取值來源於參考文獻，對於碳原子，半徑等於1.7埃，氧原子1.5埃，氮原子1.6埃，硫原子1.8埃。當兩個原子之間的距離小於相關的範德華半徑加上截至準則delta的和時，假定兩原子是有聯系的。在兩原子之間，delta的值必須避免此空間中其他原子的滲透，同時在緊密數量的相關值中確保最大信息。從0.00到1.50以每步0.25掃描delta的值；delta等於0.75時，對於所有類型的殘基相關緊密數值向著最大標準差平均化。對於殘基的每第i個類型聯系的最大數值Cont_MX(i)可以可以說明給定類型殘基的最大緊密水平。
相關緊密數值（relative packing number）: Cont_p(t, s) = Cont(t, s) / Cont_MX(i)
對於位於第t個位置的任何類型的殘基，相關緊密數值與最大可能聯系數值比較得到殘基的緊密水平。平均聯系值AV_p(t)表明在一個家族中殘基的平均化結構環境，可以基於所有序列Sf平均化Cont(t, k)的值來計算
AV_p(t) = Cont(t, s) / Sf for k in range(Sf)
s與序列相關，t是在比對中殘基的位置，Cont(t, s)和AV_p(t)的聯系是在一個家族中在殘基的保守性上對殘基緊密的影響的測量
論文原文：Rodionov M A, Blundell T L. Sequence and structure conservation in a protein core[J]. Proteins Structure Function & Bioinformatics, 2015, 33(3):358-366.
參考文獻：
Bondi, A. Van der Waals volumes and radii. J. Phys. Chem. 68:441–447, 1964.
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