macs2的輸出檔案解讀
阿新 • • 發佈：2018-11-08
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NAME_peaks.xls
包含peak資訊的tab分割的檔案，前幾行會顯示callpeak時的命令。輸出資訊包含：
- 染色體號
- peak起始位點
- peak結束位點
- peak區域長度
- peak的峰值位點（summit position）
- peak 峰值的高度（pileup height at peak summit, -log10(pvalue) for the peak summit）
- peak的富集倍數（相對於random Poisson distribution with local lambda
NAME_peaks.narrowPeak
*narrowPeak檔案是BED6+4格式，可以上傳到UCSC瀏覽。輸出檔案每列資訊分別包含：
- 1；染色體號
- 2：peak起始位點
- 3：結束位點
- 4：peak name
- 5：int(-10*log10qvalue)
- 6 ：正負鏈
- 7：fold change
- 8：-log10pvalue
- 9：-log10qvalue
-
10：relative summit position to peak start（？）
- NAME_summits.bed
BED格式的檔案，包含peak的summits位置，第5列是-log10pvalue。如果想找motif，推薦使用此檔案。
Remove the beginning track line if you want to analyze it by other tools.???
- .bdg
bedGraph格式，可以匯入UCSC或者轉換為bigwig格式。兩種bfg檔案：treat_pileup, and control_lambda. - NAME_peaks.broadPeak
BED6+3格式與narrowPeak類似，只是沒有第10列。
summits.bed，narrowPeak，bdg, xls四種類型輸出檔案的比較：
- xls檔案
檔案包含資訊還是比較多的，和narrowPeak唯一不同的是peak的起始位置需要減1才是bed格式的檔案，另外還包含fold_enrichment 和narrowPeak的fold change 對應，-log10pvalue,-log10qvalue,peak長度，peak 峰值位置等。 - narrowPeak檔案
和xls檔案資訊類似 - summits.bed檔案
包含峰的位置資訊和-log10pvalue - bdg檔案
bdg檔案適合匯入UCSC或IGV進行譜圖視覺化，或者轉換為bigwig格式再進行視覺化。
為什麼染色體號後面會出現其他的字串？？？？
作者：六六_ryx
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來源：簡書
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