JTAG下載方式：即生成sof檔案或者轉換的.jic可以通過JTAG方式下載。是直接將程式檔案下載到FPGA裡面，由於FPGA是SRAM結構，掉電後程序消失。

AS下載方式：   即生成pof檔案，通過Activeserial programming方式下載。是將程式下載到配置晶片裡面（一般使用EPCS4/EPCS16/EPCS64，我們EP4CE6開發板使用的是EPCS4，我們EP4CE10開發板使用的是EPCS16），然後配置晶片自動載入到FPGA裡面，掉電後程序不消失。一般使用JTAG做除錯和下載。另外AS下載完成後，需要掉電，然後拔掉AS下載器，然後重新上電，程式才能執行。

EPCS：序列儲存器，NiosII 不能直接從EPCS中執行程式，它實際上是執行EPCS控制器的片內ROM中的程式碼（即Bootloader），把EPCS中的程式搬到RAM中執行。FPGA配置資料和NiosII程式都存放在EPCS器件中。FPGA配置資料放在最前面，程式放在後面，程式可能有多個段，每個段前面都插有一個“程式記錄”。一個“程式記錄”由2個32位的資料構成，一個是32位的整數，另一個是32位的地址，分別用於表示程式段本身的長度和程式段的執行時地址。這個“程式記錄”用於幫助Bootloader把各個程式段搬到程式執行時真正的位置。

Nios II Cache

經常有人反映說自己寫的程式碼無法正常工作，然後晒出自己的程式碼來。經過對使用者程式碼的分析可以知道，他們都是參考了網路上流傳的比較系統的兩份資料的方式，採用直接地址對映，即用指標的方式來直接操作外設裡面的暫存器。這樣操作在不帶Cache的NIOS II版本中能夠很好的奏效，例如NIOS II的e版本和s版本，但是在f版本中，為了增強NIOS II處理器的效能，加入了資料cache和指令cache。如果使用者使用帶cache的CPU，卻還是像之前那樣，直接使用指標對映暫存器地址的方式，就會出現很多時候，我們希望寫入的資料並沒有直接寫入到外設IP的暫存器中，而是寫入到了cache中，即外設IP中並未立即寫入我們希望寫入的值，也就不會執行相應的操作了。（關於CACHE是個啥東西，這裡不做專門講解，有興趣的請自行查閱相關資料）。那麼為什麼明明是要寫入到外設IP暫存器中的資料，卻寫入到了cache中呢？這是因為，NIOS II e和s版有31位的地址線，f版本有32位地址線，但是這第32位地址線恰恰就是用來選擇cache的，當地32位地址線為0的時候，選擇cache，當第32位地址線為1的時候，就旁路/遮蔽cache，也就是說，當我們還是繼續使用指標對映的方式操作外設暫存器，假設暫存器的地址為0x00000001，那麼在帶有cache的系統中，該地址實際是對映到了cache中，而真正的暫存器地址應該是0x10000001，因為要想定址到實際的暫存器地址，必須遮蔽cache，即需要地址的最高位為1。所以，如果我們還是用指標直接操作0x00000001這個地址，當然資料不會傳入實際的暫存器中，所以無法生效。那麼怎麼解決呢，個人觀點還是使用Altera 官方提供的HAL庫，如io.h這個檔案裡，提供了很多讀寫函式：

這些函式在使用的時候，會自動遮蔽CACHE，另外，針對每個特定的IP，Altera也都提供了相應的驅動檔案，如PIO核，提供的驅動標頭檔案名叫“altera_avalon_pio_regs.h”，在這裡面定義了對PIO外設IP進行讀寫和控制的所有驅動函式，這些函式也都是自動遮蔽了CACHE的。而且，使用這個函式，能夠方便的在各種NIOS II 版本的CPU之間移植，而不用擔心CACHE的問題。所以，個人強烈推薦使用官方庫進行IP核的使用。如果使用者執意要堅持自己的觀點，使用指標直接對映，那麼請在定義指標的時候，將地址最高位置為1，例如， PIO_LED的地址為0x00000001，那麼使用者定義該地址指標時，請用#define PIO_LED （0x00000001 | 0x80000000），或者#define PIO_LED （PIO_LED_BASE | 0x80000000），其中PIO_LED_BASE在system.h標頭檔案中定義。這樣再操作就不會有問題了。