植物微生物組文章目錄(181123)
阿新 • • 發佈：2018-11-26
文章目錄
本文“植物微生物組”公眾號原創，ID: plantmicrobiome
作者：植物微生物組
原文連結：植物微生物組公眾號
植物微生物組文章目錄
組內文章
- 中科院遺傳發育所揭示水稻全生育期根系微生物組的變化規律
- Nature Methods: 史上最權威巨集基因組軟體評估—人工重組巨集基因組基準資料集
- Giga Sciences: 植物MWAS研究—穀子產量與微生物組關聯分析
- 中科院院刊：中國微生物組計劃—農作物微生物組綜述 導讀版 完整版
- Annu. Rev. Genet：植物微生物組綜述—系統性見解與展望
- Nature：植物微生物組功能研究 評論 導讀 技術解讀 1培養組學 2細菌基因組測序 3人工重組微生物群落
- Plant J：細菌揮發性物質和光合訊號啟用低鐵響應途徑
文獻精讀
- FEMS Microbiology Reviews:如何從微生物網路中的“毛線球”理出頭緒上 中 下
- PNAS: 乾旱延緩高粱根系微生物組的建成並富集革蘭氏陽性菌
- Nature綜述：人類微生物培養以及培養組學
- Nature：全球表層土微生物組群落結構和功能
- 微生物的社交網路 - 營養缺陷型如何塑造複雜群落
系列教程
統計
- R語言資料處理和變換——dplyr（1）
- 生物科學中的資料分析Data Analysis for the Life Sciences
- 零假設和概率分佈Null Hypothesis and Probability Distribution
- 群體、樣本、估計和統計功效Populations, Samples, Estimates and Power
- 中心極限定理和t分佈Central Limit Theorem and t-distribution
- 置信區間和效應大小Confidence Intervals and Effect Size
- 功效計算Power calculation
繪圖
- GraphPad Prism —— 簡單又好用的生物資料統計繪圖軟體
- AI科研繪圖（一）：零基礎入門和基本圖形繪製
- AI科研繪圖（二）：模式圖的基本畫法
- AI科研繪圖（三）：排版
- 使用ggpubr包新增p值和顯著性標記
巨集基因組
- 巨集基因組入門理論以及分析環境的部署
- KneadData質控巨集基因組資料
- HUMAnN2 - 巨集基因組代謝通路分析
- Megahit巨集基因組測序資料的拼接
- 基因註釋Prokka、Prodigal
- 非冗餘基因集構建——cd-hit對註釋的基因進行聚類
- Salmon進行基因組定量
文章泛讀
組會文獻
- PNAS-2018-玉米根際的大規模田間重複研究確定可遺傳的微生物
- Cell綜述：人類腸道菌群-從關聯到調控上 中 下
- PBio-2018：如何設計可預測植物表型的微生物組
- PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的轉錄組
- PNAS-2018-根系分泌物香豆素調控微生物群落結構並促進植物健康
- 水稻微生物組 PNAS 2015
- Nature：人類腸道微生物組的腸型
- Nature：腸道菌群代謝物調節腸道與免疫
- Microbiome：腸道菌群失衡促進高血壓
- Microbiome：HiSeq平臺16S擴增子方法
- Microbiome：重新定義“衛生”的概念
- Microbiome：微生物組研究中優化方法和規避誤區
- Microbiome：巨集蛋白質組揭示健康人腸道菌群功能
- Cell：大腸癌耐化療藥，細菌是幫凶
- Nature：FimH拮抗物選擇性抑制尿路致病性大腸桿菌
- Comment：研究微生物，只靠多組學根本不夠
- 1003個微生物基因組資料釋出
- Science：王二濤組發現植物-真菌互作新機制
- Gut-2018-早期肝癌腸道生物標誌物鑑定
- 中國微生物組計劃-香山科學會議
工作效率
實驗分析
組內新聞
- 2018年全國“遺傳·發育”研究生學術論壇
- 18年新年晚會節目成功衛冕 & 全所科普微生物改變世界
- 17年11月活動：巨集基因組技術專題、乒乓球賽、趣味運動會和健步走
- 博后王鑫在奧森10km計時賽成績位列Q1
- 新人歡迎貼(2)：向傑平,陳永森,趙學博,劉子軒
- 植物微生組33天受邀原創-誠邀同行分享經驗
- 新人歡迎貼(1)：王超博士、秦媛碩士
- 植物微生物組公眾號成立
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