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MRI影象轉格式

1.資料來源及格式

西門子/GE:DICOM 
飛利浦: PAR/REC 

根據主流儀器西門子和GE產生的資料格式,因此DICOM格式比較多,本文只作此介紹:

如圖示,原始型別DICOM以及轉格式後的3D,4D檔案由標頭檔案和影像組成,其中4D是指一條時間軸上的所有3D影像

2.從DICOM格式轉NifTI格式(.nii)

根據轉換後的維度分為多張3D檔案和一張4D檔案,張數為掃描時間點的個數

SPM常用3D格式,而FSL常用4D格式:


3.轉格式工具

MRIcron:dcm2niigui


終端命令: dcm2nii -4 Y/N –g Y/N –k ? –o output_dir raw_data_dir 

## -4 Y/N:是否生成4D檔案

–g Y/N:是否壓縮

–k ? :是否刪除前?張

–o output_dir:生成檔案的儲存路徑
 
4.處理結果:
(1)功能像處理為4D.nii或多張3D.nii,.hdr/.img
(2)T1像處理後生成三個檔案: 壓縮後的原檔案、o開頭、co開頭的檔案。其中o開頭的檔案主要是進行了reorient的,而co是經過切割了neck的。使用字首為co的檔案進行空間normalize。