在構建完binmap之後，往往需要統計各親本佔群體的基因型比例。比如玉米中的B73-teosinte群體，我們假設B73的基因型為A，teosinte的基因型為B，如果我們需要統計在整個群體中teosinte所佔的基因型比例，這時候我們需要先將群體中所有B基因型的bin的區間都提取出來，生成一個bed檔案，如下圖，該bed檔案共有三列，第一列為染色體名稱，第二列為其中一個基因型為B的bin的起始物理位置，第三列為同一個bin的終止物理位置。

bedtools merge可以對bed檔案的區間進行取並集操作，但是如果我們直接使用bedtools merge對bed檔案經常操作，往往會出現如下報錯：

該報錯的意思是bed檔案的各個區間沒有進行sort處理，很顯然我們的第一反應是用linux 下的sort進行操作，如下：

結果表明，linux下自帶的sort命令並不能勝任，於是我們嘗試第二種策略，使用bedtools自帶的bedtools sort進行排序：

這樣我們就得到了在群體範圍chr2中teosinte所佔基因型的全部總長，累加10條chr的teosinte的全部長度，然後處以參考基因組的總長，就是在整個群體中teosinte所佔基因型的比例，也就是該群體中teosinte在參考基因組中的覆蓋度。

總結如下：

統計binmap中某一親本基因型的比例，先將包含該親本基因型的所有bin的起始和終止的物理位置生成一個bed檔案，然後先使用Linux下的sort和bedtools sort同時對該bed檔案進行排序，再使用bedtools merge進行取並集，就可以得到該親本基因型在參考基因組上的覆蓋長度，最後用該親本的基因型全部總長處以參考基因組的總長度，即可以得到該親本在群體中所佔的比例（該親本基因型在參考基因組上的覆蓋度）