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AmiGO2:線上瀏覽和查詢GO資訊的利器

GO資料庫的資訊是非常龐大的,為了有效的檢索和瀏覽GO資料庫的資訊,官方提供了AmiGO, 可以方便的瀏覽,查詢和下載對應資訊,官網如下

http://amigo.geneontology.org/amigo/landing

Broswer功能,採用樹狀結構,提供了GO的層級分類資訊,示意圖如下

滑鼠單擊某個對應的分類,會彈出如下對話方塊

點選Term的連結,可以檢視該層級下,所有的Gene Ontology 資訊,而且可以下載,示意圖如下

通過樹狀瀏覽器,可以方便的根據功能對GO資料庫進行篩選。

search功能,提供了3種資料的查詢方法

  1. Annotations

  2. Ontology

  3. Genes and gene products

     

在檢索時,支援不同的篩選條件,而且可以自定義的下載資料。

1. Annotations

該頁面提供了物種的GO註釋資訊,頁面如下

在頁面右側的選單欄, 可以根據如下條件對結果進行過濾

通過Download按鈕可以下載資料。

2. Ontology

該頁面可以對所有Go Tems進行查詢和篩選,示意圖如下

目前共有44997個Go Tems, 在頁面右側的選單欄,可以根據Ontology source和SubSet進行篩選。

Ontology source 指的是GO的三大型別,通過+將對應的條件新增到篩選條件中,目前,BP共有29682個Go Tems;MF共有11120個GO Terms;CC 共有4195個Go Tems。


Subset 代表Go slim, 指的是Go 資料庫的子集,可以根據研究物種的範圍篩選合適的Go skim。

篩選完成後,可以通過Custom DL下載對應結果,一次最多下載100000條記錄。點選下載按鈕,首先選擇需要下載的列,這裡我選擇如下3列

得到的資料如下

GO:0015009 corrin metabolic process biological_process GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process

第一列GO編號,第二列描述資訊,第三列分類,通過這種方式可以方便的得到所有Go Terms的資訊。

3. Genes and gene products

該頁面提供了基因產物和GO之間的對應關係,示意如下

在頁面右側的選單欄, 可以根據如下條件對結果進行過濾

除了以上基本功能外,AmiGO2 還提供了很多實用的小工具,比如Visuzlize功能,視覺化的展示某個Go Terms 在整個GO 資料庫中的位置。

在輸入框輸入GO編號就行了,示意結果如下

會畫出輸入的Go Terms到根節點的結構,更多的功能請移步官網