AmiGO2:線上瀏覽和查詢GO資訊的利器
GO資料庫的資訊是非常龐大的,為了有效的檢索和瀏覽GO資料庫的資訊,官方提供了AmiGO, 可以方便的瀏覽,查詢和下載對應資訊,官網如下
http://amigo.geneontology.org/amigo/landing
Broswer
功能,採用樹狀結構,提供了GO的層級分類資訊,示意圖如下
滑鼠單擊某個對應的分類,會彈出如下對話方塊
點選Term
的連結,可以檢視該層級下,所有的Gene Ontology 資訊,而且可以下載,示意圖如下
通過樹狀瀏覽器,可以方便的根據功能對GO資料庫進行篩選。
search
功能,提供了3種資料的查詢方法
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Annotations
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Ontology
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Genes and gene products
在檢索時,支援不同的篩選條件,而且可以自定義的下載資料。
1. Annotations
該頁面提供了物種的GO註釋資訊,頁面如下
在頁面右側的選單欄, 可以根據如下條件對結果進行過濾
通過Download
按鈕可以下載資料。
2. Ontology
該頁面可以對所有Go Tems進行查詢和篩選,示意圖如下
目前共有44997個Go Tems, 在頁面右側的選單欄,可以根據Ontology source和SubSet進行篩選。
Ontology source 指的是GO的三大型別,通過+
將對應的條件新增到篩選條件中,目前,BP共有29682個Go Tems;MF共有11120個GO Terms;CC 共有4195個Go Tems。
Subset 代表Go slim, 指的是Go 資料庫的子集,可以根據研究物種的範圍篩選合適的Go skim。
篩選完成後,可以通過Custom DL
下載對應結果,一次最多下載100000條記錄。點選下載按鈕,首先選擇需要下載的列,這裡我選擇如下3列
得到的資料如下
GO:0015009 corrin metabolic process biological_process GO:0015010 tetrahydrocorphin metabolic process biological_process
第一列GO編號,第二列描述資訊,第三列分類,通過這種方式可以方便的得到所有Go Terms的資訊。
3. Genes and gene products
該頁面提供了基因產物和GO之間的對應關係,示意如下
在頁面右側的選單欄, 可以根據如下條件對結果進行過濾
除了以上基本功能外,AmiGO2 還提供了很多實用的小工具,比如Visuzlize
功能,視覺化的展示某個Go Terms 在整個GO 資料庫中的位置。
在輸入框輸入GO編號就行了,示意結果如下
會畫出輸入的Go Terms到根節點的結構,更多的功能請移步官網