伺服器有網路限制，必須用離線方式去安裝

HDF指一種為儲存和處理大容量科學資料設計的檔案格式及相應庫檔案。HDF最早由NCSA開發，在氣象資料，高頻資料儲存方面應用較多。當前流行的版本是HDF5。 HDF5檔案資料結構包括Datagroup和DataSet。 DataGroup：類似資料夾，可以包含多個數據集或下級群組。DataSet：類似字典，儲存內容。

有什麼包

R有些包可以處理hdf5,有的已經從cran倉庫移除了。rhdf5可以線上安裝。離線安裝最後選擇cran倉庫的h5 package

Packages on CRAN and Bioconductor supporting the HDF5 fileformat.

Package Repository First Release Status

h5r CRAN 2011-10-23 Archived

ncdf4 CRAN 2010-02-24 Active

rgdal CRAN 2003-11-24 Active

hdf5(即h5) CRAN 2000-02-02 Archived

rhdf5 BioC > 10.5 Years Active

手動安裝

依賴Rcpp和libhdf5（≥1.8.12）

• install.pakages("Rcpp.tar.gz",repos=NULL)

或者直接用命令列裝 R CMD INSTALL Rcpp.tar.gz

2.安裝libhdf5

For CentOS

yum -y install hdf5-devel

The current version is (which will get installed) 1.8.12

For Ubuntu:

sudo apt-get install libhdf5-dev

檢視版本 h5cc -showconfig

3.手動安裝h5

遇到問題，libhdf5映象安裝的版本比較老，是1.8.5,所以選擇比較早的h5版本安裝，試下來h5_0.9.1是可以的

R CMD INSTALL h5_0.9.1.tar.gz —enable-cxx=yes

用法

網上資料已經沒有了，h5_0.9.1和線上文件用法有差異，用R命令檢視文件

?h5close

看到H5File建立和dataset的賦值方式與新版本相比略有差異。