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通過一步步建立sharded cluster來認識mongodb

  mongodb是目前使用非常廣泛的nosql(not only sql)之一,在db engines上排名非常靠前,下圖是5月份的排名:

  

  可以看到前面四個都是傳統的關係型資料庫,而mongodb在nosql中拔得頭籌。本文會簡單介紹mongodb的一些特性,然後通過在Linux環境下一步步搭建sharded cluster來學習mongodb。本文實驗的mongodb是mongodb3.0,可能與最新的版本(mongodb3.4)在細節之處略有差異。

Mongodb特性

   官方一句話就能概括Mongodb的特點:
  MongoDB is an open-source document database that provides high performance, high availability, and automatic scaling.

  開源、基於文件(document oriented)、高效能、高可用、自動伸縮。

  開源

  這個好處就不用多說了,GitHub上有原始碼。

  面向文件:   文件(document)在很多程式語言都有類似的資料結構,各種table、map、dict,再也不用使用DAO(data access object)。比如在python中,document與dict對應,array與list對應。       document也支援巢狀的document和array,這樣的話也能部分解決關聯查詢(當然,雖然把相關資訊放在一個巢狀的document降低了關聯查詢的開銷,但在某些情況不得不需要關聯查詢的時候還是有點頭疼)   由於基於document,所以就schema free(模式自由)啦,使用關係型資料的同學都知道,線上修改表結構是多麼麻煩的一件事情。但在mongodb中,增該刪一個欄位太容易了,這個也是最後開發人員喜歡的一點,比如遊戲伺服器,玩家的持久化資料會不停的變化,每次更新都會增加一些功能,也就回增加一些需要持久化的欄位,用mongodb就很合適。      高效能
:   支援巢狀的document,在關係型資料庫中需要聯合查詢的耗時操作,在mongodb中一條查詢就能搞定   豐富的索引支援,而且索引還支援巢狀文件和陣列   在使用了sharding機制的情況下,讀寫操作可以路由到不同的shard,提到了叢集的併發效能   高可用:   要想mongodb高可用,那麼就得使用mongodb的複製機制:replica set   replica set通過非同步複製(Asynchronous replication)和自動Failover來保證可用性   後面會專門介紹replica set   自動擴充套件(水平拆分):   在關係型資料中,當單個表資料量過大的時候,一般會通過垂直分表或者水平分表的方式來提到資料庫吞吐量。在mongodb中,sharding是其核心功能之一,提供了自動的水平擴充套件(horizontal scalability)來對資料量比較大的集合進行拆分,sharding將同一個集合的不同子集資料放在不同的機器上,當應用程式選擇好適當的sharding key,可以將讀寫操作路由到某一個shard上,大大提高了叢集吞吐效能。   後面會專門介紹sharding cluster的組成

預備知識

  本文並不涵蓋mongodb的基礎知識,但是為了後面介紹sharding知識,以及搭建sharded cluster,在這裡介紹一下_id這個特殊的欄位(field)   預設情況下,mongodb會在集合的_id欄位上建立unique index。如果沒有在持久化的文件中包含_id,那麼mongodb會自動新增這個欄位,其value是一個ObjectId。   mongodb官方建議_id使用ObjectId、或者自然唯一標示(unique identifier)、說著自增的數字、或者UUID。_id在sharding相關的CRUD中有特殊性,具體使用的時候可以參加文件。   另外,為了後文描述方便,這裡宣告幾個在mongodb中的概念   DB:與mysql的DB對應   collection、集合: 與mysql的table對應   document:與mysql的record對應

replica set

  MongoDB中通過replica set(複製集)來提供高可用性:冗餘與自動failover。   複製集是說將同一份資料的多分拷貝放在不同的機器(甚至不同的資料中心)來提高容錯。一個典型的replica set由一組mongod例項組成,其中有且僅有一個節點提供寫操作,稱之為primary,primary也是預設的讀節點。同時,replica set中可包含一個到多個secondary節點,secondary節點只提供讀操作。如下圖所示:   

  應用程式通過驅動與Primary連線,所有的寫操作都在Primary上進行,同時primary會將這些操作寫到oplog(operation log)中,secondary通過非同步複製oplog,然後在本地資料集上執行oplog中的操作,這樣就達到了資料的一致性。從這裡可以看到,雖然secondary和primary維護的上同一份資料,但是其變更是要遲於primary的。

  如果應用程式對資料的實時性要求不太高,比如評論資料、聚合資料等,那麼可以從secondary讀取,這樣可以做到讀寫分離和高併發。如果拷貝放在不同的資料中心,能更好的提供資料區域性性(data locality)和分散式服務的可用性。   我們看到,如果一個Secondary不能正常工作了(可能是程序crash、物理損壞、網路故障),對應用程式來說影響並不大。但是如果primary不能工作了呢?這個時候mongodb的automatic failover就開始發揮作用了。   在replica set中的所用mongod節點之間都會有心跳(heartbeat)存在,如果超過一定時間其他節點沒有收到primary的心跳,那麼就認為primary掛掉了。可被選舉的secondary會投票選舉出新的primary。整個過程如下所示:

  自動的failover 雖然保證了mongodb的高可用性,但是在primary到secondary的切換過程中,這一段時間,mongodb是無法提供寫操作的。表現就是對於應用程式的資料庫操作請求會返回一些錯誤,這個時候應用程式需要識別這些錯誤,然後做重試。

  除了Primary和Secondary,在replica set中還可以存在存在另外一種節點:Arbiter。Arbiter與Secondary節點的區別在於,Arbiter不持久化資料(do not bearing data),  自然也不可能在Primary掛掉的時候被選舉。Arbiter的作用在於投票:為了選出新的primary,secondary投票規則是少數服從多數,如果replica set中的節點數目是偶數,那麼就可能出現“平局”的情況,所以加入一個Arbiter就可以以最小的代價解決這個問題。

   Arbiter不持久化資料,所以佔用的磁碟空間也很少,對硬體的要求也不高。官方建議,Arbiter不要和primary或者secondary放在同一個物理主機上。   在後面的演示中,也會在replica set中加入一個Arbiter,減少磁碟佔用。

sharded cluster

  所謂sharding就是將同一個集合的不同子集分發儲存到不同的機器(shard)上,Mongodb使用sharding機制來支援超大資料量,將不同的CRUD路由到不同的機器上執行,提到了資料庫的吞吐效能。由此可見,sharding是非常常見的scale out方法。

  

  如上圖所示,一個集合(Collection1)有1T的資料,原本放在一個單獨的資料庫中,通過sharding,將這個集合的資料放在四個獨立的shard中,每一個shard儲存這個集合256G的資料。每個shard物理上是獨立的資料庫,但邏輯上共同組成一個數據庫。

  一個sharded cluster由一下三部分組成:config server,shards,router。如圖所示:

  

  shards

  儲存資料,可以是單個的mongod,也可以是replica set。在生產環境中,為了提高高可用性,都會使用replica set。儲存在mongod上的資料以chunk為基本單位,預設的大小為64M,後面會介紹shard上資料的分裂(split)與遷移(migration)

  config server

  儲存叢集的元資料(metadata),即資料的哪一部分放在哪一個shard上,router將會利用這些元資料將請求分發到對應的shards上,shards上chunk的遷移也是config server來控制的。

  router:

  mongos例項,在一個叢集中直接為應用程式提供服務,利用config server上的元資料來制定最佳的查詢計劃。

  資料分割(data partition)

  從前文知道,MongoDB在collection這個級別進行資料的切塊,稱之為sharding。塊的最小粒度是chunk,其大小(chunkSize)預設為64M。

  當一個集合的資料量超過chunkSize的時候,就會被拆分成兩個chunk,這個過程稱為splitting。那麼按照什麼原則將一個chunk上的資料拆分成兩個chunk,這就是Sharding key的作用,Sharding key是被索引的欄位,通過sharding key,就可以把資料均分到兩個chunk,每一個document在哪一個chunk上,這就是元資料資訊。元資料資訊存放在config server上,方便router使用。

  如果sharding cluster中有多個shard,那麼不同shard上的chunk數目可能是不一致的,這個時候會有一個後臺程序(balancer)來遷移(migrate)chunk,從chunk數目最多的shard遷移到chunk數目最少的chunk,直到達到均衡的狀態。遷移的過程對應用程式來說是透明的。

  如下圖所示,遷移之前ShardA ShardB上都有3個chunk,而Shard C上只有一個Chunk。通過從ShardB上遷移一個chunk到ShardC,就達到了一個均衡的狀態。  

  splitting和migration 的目的是為了讓資料在shards之間均勻分佈,其根本目標是為了將對資料的CRUD操作均衡地分發到各個shard,提高叢集的併發效能。

Sharded cluster搭建

  宣告,本章節只是演示Sharded Cluster的搭建過程,與生產環境還是有較大差異,不過我也會在文中儘量指出這些差異。首先需要注意的是,本文的演示不涉及到鑑權(--auth),但在生產環境中鑑權是非常重要的,相信大家都還記得春節期間Mongodb被劫持、被攻擊的事件。   前文已經提到,一個典型的Sharded Cluster包括router(mongos)、config server和shards,其中每個shard都可以是單點(standalone)或者複製集(replica set)。接下來的演示包括一個router, 三個config server,兩個shard。每一個shard都是有一個primary、一個secondary和一個arbiter組成的replica set。   在開始之前,首先預定義好所有需要用到的變數,如下所示:
 1 #!/bin/bash
 2 export BIN_HOME=/usr/local/mongodb/bin
 3 export DB_PATH=/home/mongo_db/data
 4 export LOG_PATH=/home/mongo_db/log
 5 
 6 LOCAL=127.0.0.1
 7 
 8 #config rs
 9 export RS1_1_DB_PATH=$DB_PATH/rs1_1
10 export RS1_2_DB_PATH=$DB_PATH/rs1_2
11 export RS1_3_DB_PATH=$DB_PATH/rs1_3
12 export RS2_1_DB_PATH=$DB_PATH/rs2_1
13 export RS2_2_DB_PATH=$DB_PATH/rs2_2
14 export RS2_3_DB_PATH=$DB_PATH/rs2_3
15 
16 export RS1_1_DB_LOG=$LOG_PATH/rs1_1.log
17 export RS1_2_DB_LOG=$LOG_PATH/rs1_2.log
18 export RS1_3_DB_LOG=$LOG_PATH/rs1_3.log
19 export RS2_1_DB_LOG=$LOG_PATH/rs2_1.log
20 export RS2_2_DB_LOG=$LOG_PATH/rs2_2.log
21 export RS2_3_DB_LOG=$LOG_PATH/rs2_3.log
22 
23 export RS1_1_PORT=27018
24 export RS1_2_PORT=27019
25 export RS1_3_PORT=27020
26 export RS2_1_PORT=27021
27 export RS2_2_PORT=27022
28 export RS2_3_PORT=27023
29 
30 export RS1=rs1
31 export RS2=rs2
32 
33 #config config_server
34 export CONF1_DB_PATH=$DB_PATH/db_conf1
35 export CONF2_DB_PATH=$DB_PATH/db_conf2
36 export CONF3_DB_PATH=$DB_PATH/db_conf3
37 
38 export CONF1_DB_LOG=$LOG_PATH/conf1.log
39 export CONF2_DB_LOG=$LOG_PATH/conf2.log
40 export CONF3_DB_LOG=$LOG_PATH/conf3.log
41 
42 export CONF1_PORT=40000
43 export CONF2_PORT=40001
44 export CONF3_PORT=40002
45 
46 export CONF1_HOST=$LOCAL:$CONF1_PORT
47 export CONF2_HOST=$LOCAL:$CONF2_PORT
48 export CONF3_HOST=$LOCAL:$CONF3_PORT
49 
50 #config route_server
51 export ROUTE_DB_LOG=$LOG_PATH/route.log
52 
53 export ROUTE_PORT=27017

   可以在會話視窗中將這些命令執行一遍,不過更好的方式是將其儲存在一個檔案中(如mongodb_define.sh),然後執行這個檔案就行了:source mongodb_define.sh

啟動shards(replica set)

  在這一部分,會建立兩個replica set,分別是rs1, rs2。每個replica set包含三個節點,且其中一個是arbiter。由於兩個replica set建立過程沒什麼區別,因此以rs1為例。關於replica set的搭建,可參見mongodb doc中deploy-replica-set-for-testing部分,講得比較清楚。   step1: 首先得建立好存放資料的目錄:   mkdir -p $RS1_1_DB_PATH   mkdir -p $RS1_2_DB_PATH mkdir -p $RS1_3_DB_PATH   PS: -p means "no error if existing, make parent directories as needed"   step2: 啟動組成rs1的三個mongod 

  $BIN_HOME/mongod --port $RS1_1_PORT --dbpath $RS1_1_DB_PATH --fork --logpath $RS1_1_DB_LOG --replSet $RS1 --smallfiles --nojournal
  $BIN_HOME/mongod --port $RS1_2_PORT --dbpath $RS1_2_DB_PATH --fork --logpath $RS1_2_DB_LOG --replSet $RS1 --smallfiles --nojournal
  $BIN_HOME/mongod --port $RS1_3_PORT --dbpath $RS1_3_DB_PATH --fork --logpath $RS1_3_DB_LOG --replSet $RS1 --smallfiles --nojournal

  關於mongod的啟動選項,可以通過mongod --help檢視,在上面的命令列中,--replSet 指定了replica set的名字, --smallfiles 宣告使用更小的預設檔案, --nojournal表明不開啟journaling機制。注意,在這個地方不開啟journaling是因為實驗環境磁碟空間有限,而所有的mongod例項都在這個機器上,在生成環境中,一定要開始journaling,這個是mongodb durability的保證。   step3:初始化複製集rs1   在這一步,需要通過mongdb的客戶端mongo連線到複製集的任何一個節點,對複製集初始化,這裡連線到RS1_1(埠為27018):   mongo --port $RS1_1_PORT   先來看一下現在複製集的狀態(PS:下面所有以 > 開頭的命令列都表示是在mongo這個互動式客戶端輸入的指令)   > rs.status()      可以看到這個複製集還沒有初始化   >config = {

    _id : "rs1",
    members : [
      {_id : 0, host : "127.0.0.1:27018"},
      {_id : 1, host : "127.0.0.1:27019"},
      {_id : 2, host : "127.0.0.1:27020", arbiterOnly: true},
    ]
  }

  >rs.initiate(config)

     從config和執行後的複製集狀態都可以看到,RS1_3(127.0.0.1:27020)這個mongod為一個Arbiter,即只參與投票,不持久化資料。另外RS1_1為Primary, RS1_2為Secondary。   到此為止,複製集rs1就啟動好了。   關於s2的啟動,下面也給出所有命令。方便讀者實踐

  mkdir -p $RS2_1_DB_PATH
  mkdir -p $RS2_2_DB_PATH
  mkdir -p $RS2_3_DB_PATH

  $BIN_HOME/mongod --port $RS1_1_PORT --dbpath $RS1_1_DB_PATH --fork --logpath $RS1_1_DB_LOG --replSet $RS1 --smallfiles --nojournal
  $BIN_HOME/mongod --port $RS1_2_PORT --dbpath $RS1_2_DB_PATH --fork --logpath $RS1_2_DB_LOG --replSet $RS1 --smallfiles --nojournal
  $BIN_HOME/mongod --port $RS1_3_PORT --dbpath $RS1_3_DB_PATH --fork --logpath $RS1_3_DB_LOG --replSet $RS1 --smallfiles --nojournal

  mongo --port $RS2_1_PORT
  >config = {
  _id : "rs2",
  members : [
  {_id : 0, host : "127.0.0.1:27021"},
  {_id : 1, host : "127.0.0.1:27022"},
  {_id : 2, host : "127.0.0.1:27023", arbiterOnly: true},
  ]
  }
  >rs.initiate(config)

啟動config servers

  mongodb官方建議config server需要三個mongod例項組成,每一個mongod最好部署在不同的物理機器上。這個三個mongod並不是複製集的關係,

  step1:建立db目錄

  mkdir -p $CONF1_DB_PATH
  mkdir -p $CONF2_DB_PATH
  mkdir -p $CONF3_DB_PATH

  step2:啟動三個mongod例項:

  $BIN_HOME/mongod --port $CONF1_PORT --dbpath $CONF1_DB_PATH --fork --logpath $CONF1_DB_LOG --configsvr --smallfiles --nojournal
  $BIN_HOME/mongod --port $CONF2_PORT --dbpath $CONF2_DB_PATH --fork --logpath $CONF2_DB_LOG --configsvr --smallfiles --nojournal
  $BIN_HOME/mongod --port $CONF3_PORT --dbpath $CONF3_DB_PATH --fork --logpath $CONF3_DB_LOG --configsvr --smallfiles --nojournal

  同樣啟動引數中nojournal只是為了節省儲存空間,在生產環境中一定要使用journaling。與建立replica set時mongod的啟動不同的是,這裡有一個configsvr 選項,表明這些節點都是作為config server存在。

  再啟動這三個mongod之後,不會有類似replica set那樣講三個mongod繫結之類的操作,也說明了config server之間是相互獨立的

啟動router

  在Sharded Cluster中,router(mongos)是應用程式連線的物件,一切對mongodb的操作都通過router來路由   step1:啟動mongos   $BIN_HOME/mongos --port $ROUTE_PORT --configdb $CONF1_HOST,$CONF2_HOST,$CONF3_HOST --fork --logpath $ROUTE_DB_LOG --chunkSize 32   注意這裡的可執行程式是mongos,而不是之前的mongod,關於引數,也是可以通過mongos --help檢視的。在上面的命令中,--configdb選項指定了三個config server,--chunkSize指定了chunk的大小,單位為M。關於chunksize,預設是64M,雖然可以在初次啟動的時候指定chunksize,但mongodb官方推薦按照以下方式修改。 在本文中將chunkSize改小的目的,是為了以後實驗的時候更方便觀察資料的拆分和遷移。   chunkSize事實上會持久化到config.setting中,連線到mongos可檢視:   mongo --port $ROUTE_PORT    

  在上面截圖藍色框中可以看出,現在還沒有任何shard的資訊,原因是到現在為止,config servers與replica set還沒有任何關係

  step2:將在前面建立的兩個replica set(rs1 rs2)加入到Sharded Cluster中   mongo --port $ROUTE_PORT 

  mongos> sh.addShard('rs1/127.0.0.1:27018')
  mongos> sh.addShard('rs2/127.0.0.1:27021')

  PS:為什麼需要在rs1後面指定一個mongod的ip port,這個是用來找到對應的mongod,繼而找到相應rs

  再次檢視結果:

     可以看到已經添加了兩個shard,每一個都是一個replica set。有意思的是Arbiter(比如RS1_3)並沒有顯示在查詢結果中,可能的原因是Arbiter並不持久化資料,顯示在這裡也沒有什麼意義。   到此為止,整個Sharded Cluster就算搭建好了,但是還未進入真正使用階段,要發揮Sharded Cluster的作用,我們得指定哪些collection可以被sharding,以及如何sharding

建立sharding key

  為了演示,我們假設新增一個db叫test_db, 其中有兩個collection,一個是需要sharding的,叫sharded_col;另一個暫時不用sharding,叫non_sharded_col, 當然之後也可以增加新的集合,或者把原來沒有sharding的集合改成sharding。

  一下操作都需要登入到router進行: mongo --port $ROUTE_PORT 

  step1:首先得告知mongodb test_db這個資料庫支援sharding

  mongos> sh.enableSharding("test_db")
  { "ok" : 1 }

  這個時候可以檢視資料庫的狀態,注意,是在config這個db下面的databases集合

  mongos> use config

  mongos> db.databases.find()   { "_id" : "admin", "partitioned" : false, "primary" : "config" }   { "_id" : "test_db", "partitioned" : true, "primary" : "rs1" }   從查詢結果可以看到,test_db是支援sharding的("partitioned" : true)。另外上面加粗部分primary: rs1,這個primary與replica set裡面的primary不是一回事,這裡的primary是primary shard的意思,我們知道即使在sharded cluster環境中,一些資料量比較小的db也是無需分片的,這些db預設就存放在primary shard上面   step2:為需要的collection(即這裡的sharded_col)指定sharding key   前面已經提到了sharding key的作用,關於sharding key的選擇,是一個比較複雜的問題,sharding key對索引,對CRUD語句的操作都有諸多限制,這一部分以後再細講,在這裡預設使用_id做sharding key(_id是mongodb預設為每個集合增加的索引)   mongos> sh.shardCollection('test_db.sharded_col', {'_id': 1})   接下來看看整個sharded cluster的狀態:

  

  sh.status()反應的內容事實上也是來自config整個資料庫的內容,只不過做了一定程度的整合。從上面可以看到,有兩個shard,rs1, rs2;test_db允許sharding,test_db.sharded_col整個collection的sharding key為{"_id": 1},且目前只有一個chunk在rs1整個shard上。

總結:

  到目前為止,我們已經搭建了一個有三個config server,兩個shard的sharded cluster,其中每一個shard包含三個節點的replica set,且都包含一個Arbiter。我們可以檢視一下剛建立好之後各個mongod例項持久化的資料大小:

  

  可以看到,兩個Arbiter(rs1_3, rs2_3)所佔的空間要小得多。

  對於應用程式來說,叢集(sharded cluster)和單點(standalone)是有一定差異的,如果需要發揮sharded cluster高效能、高可用的特點,需要根據應用場景精心選擇好sharding key,而sharding key的選擇跟索引的建立以及CRUD語句息息相關,這一部分以後再聊。對於目前搭建的這個例項,簡單測試的話,往sharded_col插入足夠多條document就能看到chunks的拆分和遷移。

references: