function checkEndTime(){
	var startTime=$("#startTime").val();
	var start=new Date(startTime.replace("-", "/").replace("-", "/"));
	var endTime=$("#endTime").val();
	var end=new Date(endTime.replace("-", "/").replace("-", "/"));
	if(end<start){
	 	return false;
	}
	return true;
}

<tr>
	<td class="category">
		開始時間：
	</td>
	<td>
	 <input id="startTime" name="startTime" type="text" style="width:150px"  value="<fmt:formatDate value="${startTime }" pattern="yyyy-MM-dd HH:mm:ss"/>"
                  onClick="WdatePicker({startDate:'當前時間',dateFmt:'yyyy-MM-dd HH:mm:ss'})" onchange="addHours(this.value)"/>
		<font color="#FF0000">*</font>
	</td>
	<td class="category">
		結束時間：
	</td>
	<td>
	 <input id="endTime" name="endTime" type="text" style="width:150px"  value="<fmt:formatDate value="${endTime }" pattern="yyyy-MM-dd HH:mm:ss"/>"
                  onClick="WdatePicker({startDate:'當前時間',dateFmt:'yyyy-MM-dd HH:mm:ss'})"/>
		<font color="#FF0000">*</font>
	</td>
</tr>
 

if($("#startTime").val()==""){
	alert("請輸入考試時間！");
	return;
}
if($("#endTime").val()==""){
	alert("請輸入考試結束時間！");
	return;
}
if(!checkEndTime()){
	alert("結束時間必須晚於開始時間！");
	return;
}