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ubuntu16.04安裝caffe

  1. CUDA安裝(包括nvidia顯示卡驅動和cuda庫檔案)

    •  CUDA(Compute Unified Device Architecture),是顯示卡廠商NVIDIA推出的運算平臺CUDA™是一種由NVIDIA推出的通用平行計算架構,該架構使GPU能夠解決複雜的計算問題。開發人員現在可以使用C語言來為CUDA™架構編寫程式,C語言是應用最廣泛的一種高階程式語言。所編寫出的程式於是就可以在支援CUDA™的處理器上以超高效能執行。CUDA3.0已經開始支援C++FORTRAN

    • 通過英偉達安裝包來分別安裝庫的驅動程式而不是使用apt-get來安裝。如果只有CPU可以跳過這步。
    • 主機板BIOS裡面要選擇自由選擇顯示卡,這樣才能識別nvidia的顯示卡並進行驅動更新。
    • 快捷鍵ctrl+alt+T開啟命令終端,加入官方ppa源(ppa簡介)。
      $ sudo  add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa
      需要輸入密碼並按enter鍵確認。之後重新整理軟體庫並安裝最新驅動。
      $ sudo apt-get update
      $ sudo apt-get install nvidia-367 nvidia-settings nvidia-prime
      安裝完成後通過下面命令檢視是否安裝成功。
      $ nvidia-settings
      注意安裝完成後要重啟,有如下效果則安裝完成,否則就說明安裝有問題,嘗試關閉UEFI保護試試。

    • 從官網下載cuda7.5.run檔案
      cuda7.5下載
      ,進入該頁面選擇相應版本,如下圖

    • 可知當前cuda7.5還不支援ubuntu16.06,參考他人部落格可知主要是gcc版本問題,實際可通過編譯。下載完run檔案後,cd命令進入該檔案所在目錄,進行MD5檢驗,確保安裝包正常。
      sudo md5sum cuda_7.5.18_linux.run     檢驗結果與原始檔的md5sum比較。
    • 檢驗正確後,輸入如下程式碼安裝(第一行修改檔案許可權,第二行執行檔案安裝):
      $ chmod 777 cuda_7.5.18_linux.run
      $ sudo ./cuda_7.5.18_linux.run --override 
      執行程式碼後會跳出一個資訊,左下方出現more|0%這樣,此時直接按enter直到跳到100%結束退出,接下來要求輸入相關配置命令,如下圖,注意別弄錯了,第三行配置詢問是否要安裝nvidia圖形驅動器,一定要選n,因為之前已經安裝過了,如果再安裝則會報錯。仔細看如下配置,別看錯行。

    • 安裝後出現如下則說明安裝正確:
      ===========
      = Summary =
      ===========
      
      Driver:   Not Selected
      Toolkit:  Installed in /usr/local/cuda-7.5
      Samples:  Installed in /usr/local/cuda-7.5, but missing recommended librarie
    • 接下來安裝cudnn動態庫,可以獲得更快計算速率。cudnn5.0 ,初次進入需要註冊,然後問卷調查,之後進入如下頁面
    • 選擇cuDNN v5 Library for Linux進行下載。下載後名字為:cudnn-7.5-linux-x64-v5.0-ga.tgz,進入檔案所在目錄進行解壓:
      $ tar zxvf cudnn-7.5-linux-x64-v5.0-ga.tgz 
      
    • 解壓後有個cuda檔案,內有include和lib64兩個資料夾,進入include資料夾,執行如下命令:
      $ sudo cp cudnn.h /usr/local/cuda/include/     #複製標頭檔案
    • 再cd命令切換進lib64資料夾,執行如下命令:
      $ sudo cp lib* /usr/local/cuda/lib64/    #複製動態連結庫
    • 然後進入複製後的動態連結庫進行新的連結:
      $ cd /usr/local/cuda/lib64/      
      $ sudo rm -rf libcudnn.so libcudnn.so.5    #刪除原有動態檔案
      $ sudo ln -s libcudnn.so.5.0.5 libcudnn.so.5
      $ sudo ln -s libcudnn.so.5 libcudnn.so
    • 然後設定環境變數和動態連結庫:
      $ sudo gedit /etc/profile
    • 然後再開啟的檔案末尾加上(“=”前後不要有空格)
      export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
    • 儲存之後建立連結檔案:
      $ sudo vim /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
    • 按下鍵盤i進行編輯:
      /usr/local/cuda/lib64
    • 按下esc,按下:wq儲存退出。並在終端輸入以下命令使該連結生效:
      $ sudo ldconfig
    • 使用sample裡面的例子來測試還需要編譯。因為當前的cuda還不支援gcc5.0以上的版本,在編譯之前,我們需要修改配置檔案,否則無法編譯成功。
      $ cd /usr/local/cuda-7.5/include
      $ sudo cp host_config.h host_config.h.bak   #備份編譯標頭檔案
      $ sudo gedit host_config.h
    • 在113行將if後面的兩個4改成5,改成如下所示:
      #if __GNUC__ > 5 || (__GNUC__ == 5 && __GNUC_MINOR__ > 9)
      
      #error -- unsupported GNU version! gcc versions later than 4.9 are not supported!
      
      #endif /* __GNUC__ > 4 || (__GNUC__ == 4 && __GNUC_MINOR__ > 9) */
    • 然後進入用例檔案進行編譯(注意執行第二步命令時候需要較長時間是正常現象):
      $ cd /usr/local/cuda/samples
      $ sudo make all -j4
      $ cd /usr/local/cuda/samples/bin/x86_64/linux/release
      $ sudo ./deviceQuery
    • 執行命令後出現如下資訊則說明顯示卡驅動和cuda安裝成功。

  2. BLAS安裝與配置

    • BLAS,即基礎線性代數子程式庫,裡面擁有大量已經編寫好的關於線性代數運算的程式,是一個應用程式介面的標準。caffe官網上推薦了三種實現:ATLAS, MKL, or OpenBLAS。其中atlas可以直接通過命令列安裝.在此,採用intel的MKL庫。intel官網下載MKL ,該連結進入後,申請學生版本的Parallel Studio XE Cluster Edition,這裡註冊要學校的郵箱拿去註冊。該檔案有3.9GB,下載完成後切換進檔案所在目錄解壓縮該檔案。

      $ cd ~/Downloads/
      $ tar zxvf parallel_studio_xe_2016_update3.tgz   #解壓下載檔案
      $ chmod 777 parallel_studio_xe_2016_update3 -R   #獲取檔案許可權
      $ cd parallel_studio_xe_2016_update3/
      $ sudo ./install_GUI.sh
    • 上述命令後會跳出一個安裝介面,其中需要輸入license,從網站上獲取: license ,進入該網站後如下圖點選信封那裡就會給你之前註冊過的郵箱傳送含有license的郵件,輸入即可正常安裝如下圖二所示。

    • 安裝完成後進行相關檔案連結
      $ sudo gedit /etc/ld.so.conf.d/intel_mkl.conf
    • 在開啟的檔案中新增庫檔案
      /opt/intel/lib/intel64
      /opt/intel/mkl/lib/intel64
    • 新增完成後編譯生效
      $ sudo ldconfig
  3. OpenCV3.1.0安裝與配置(感覺有問題)

    • 首先安裝一些必要的依賴庫:
      sudo apt-get install build-essential
      sudo apt-get install cmake git libgtk2.0-dev pkg-config libavcodec-dev libavformat-dev libswscale-dev
      sudo apt-get install python-dev python-numpy libtbb2 libtbb-dev libjpeg-dev libpng-dev libtiff-dev libjasper-dev libdc1394-22-dev
    • OpenCV 進入該網站下載OpenCV3.1.0並解壓縮,然後進入解壓縮後的檔案,建立build檔案。
      $ unzip opencv-3.1.0.zip
      $ cd opencv-3.1.0
      $ mkdir build
      $ cd build
      $ cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=Release -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..
      生成的檔案在bulid中,而生成的CMakeLists.txt檔案在上一級檔案中。在配置過程會出現– ICV: Downloading ippicv_linux_20151201.tgz…錯誤。可以到 ippicv_linux_20151201.tgz 下載。
    • 將下載的檔案替換掉 opencv-3.1.0/3rdparty/ippicv/downloads/linux-8b449a536a2157bcad08a2b9f266828b下的同名檔案,同時在opencv-3.1.0目錄下的CMakeList.txt 檔案的開頭加入一行,然後再次cmake即可,如下:
      $ cd ~/Downloads/
      $ mv ippicv_linux_20151201.tgz opencv-3.1.0/3rdparty/ippicv/downloads/linux-808b791a6eac9ed78d32a7666804320e/ 
      $ vim opencv-3.1.0/CMakeLists.txt 
      
    • 在彈出的檔案開頭加入一行(注意裡面的引號要英文狀態下的):
      set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -D_FORCE_INLINES") 
    • 然後按esc和:wq儲存退出。
      $ cd opencv-3.1.0/build
      $ cmake -D CMAKE_BUILD_TYPE=Release -D CMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local ..
      $ make -j4       #四核運算
      $ sudo make install
    • 以上最後兩步比較耗時,耐心等待。
  4. Python安裝與配置

    • 選擇的是anaconda linux64 2.7版本python2.7 。下載完成之後,最好也要進行md5sum的檢驗。完成之後,cd進入下載檔案所在的目錄,在命令列輸入:
      $ bash Anaconda2-4.0.0-Linux-x86_64.sh
    • 安裝完成之後,在~/.bashrc檔案末尾新增Anaconda的庫檔案(注意“=”兩邊不要有空格),具體如下:
      $ sudo gedit ~/.bashrc    
      export PATH="/home/jeson/anaconda2/bin:$PATH"
      export LD_LIBRARY_PATH="/home/jeson/anaconda2/lib:$LD_LIBRARY_PATH"
    • 重啟電腦之後,在命令列輸入:
      $ ipython
    • 就可以看到python的版本。
  5. matlab的安裝與配置

    • 在網盤上下載安裝包及Crack破解檔案之後 matlab2014 ,解壓兩個壓縮檔案(最後一步解壓時也會將part2一起合併解壓):
      $ cd matlab2014/
      $ unrar x MATHWORKS_R2014A.part1.rar
    • 然後在命令列cd進入matlab2014目錄,輸入:
      $ sudo ./install
    • 1、選擇“不聯網安裝”:“Use a File Installation Key”;
      2、當出現金鑰時,輸入20個數字12345-67890-12345-67890即可;
      3、安裝路徑預設為:/usr/local/MATLAB/R2014a,然後選擇自己需要安裝的工具(預設全選);符號連結也為預設:/usr/local/bin。
      4、需要啟用時選擇不要聯網啟用"Activate manually without the Internet",運用Crack目錄下的“license_405329_R2014a.lic”檔案作為啟用檔案。
      5安裝完成之後,還要將Crack/linux目錄下的libmwservices.so檔案拷貝到/usr/local/MATLAB/R2014a/bin/glnxa64,即:
      $ cd ~/matlab2014/Crack/Linux/
      $ sudo cp libmwservices.so /usr/local/MATLAB/R2014a/bin/glnxa64/
      安裝完成之後,直接在命令列輸入matlab,就能使用matlabR2014a了。

  6. caffe的安裝和配置

    • 安裝各種依賴包
      sudo apt-get update
      sudo apt-get upgrade
      sudo apt-get install -y build-essential cmake git pkg-config
      sudo apt-get install -y libprotobuf-dev libleveldb-dev libsnappy-dev libhdf5-serial-dev protobuf-compiler
      sudo apt-get install -y libatlas-base-dev
      sudo apt-get install -y --no-install-recommends libboost-all-dev
      sudo apt-get install -y libgflags-dev libgoogle-glog-dev liblmdb-dev
      sudo apt-get install -y python-pip
      sudo apt-get install -y python-dev
      sudo apt-get install -y python-numpy python-scipy
      sudo apt-get install -y libopencv-dev
    • 下載caffe:
      cd ~
      git clone https://github.com/BVLC/caffe.git    //從github上git caffe
    • 安裝配置caffe:
      cd caffe    //開啟到剛剛git下來的caffe
      cp Makefile.config.example Makefile.config //make指令只能make Makefile.config
      sudo gedit Makefile.config      //開啟Makefile.config檔案
    • 配置檔案修改(看英文提示根據具體修改):
      OPENCV_VERSION := 3    #取消註釋符號#,應用opencv3
      BLAS := mkl   #BLAS庫應用英特爾的mkl
      #註釋第66行自帶的python
      ANACONDA_HOME := /home/jeson/anaconda2  #將具體anaconda2路徑寫入
      PYTHON_INCLUDE := $(ANACONDA_HOME)/include \
      		  $(ANACONDA_HOME)/include/python2.7 \
      		  $(ANACONDA_HOME)/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include \   #PYTHON_INCLUDE之前的註釋#去掉,以及之後兩行前的#也去掉
      PYTHON_LIB := $(ANACONDA_HOME)/lib
      INCLUDE_DIRS := $(PYTHON_INCLUDE) /usr/local/include /usr/include/hdf5/serial
      LIBRARY_DIRS := $(PYTHON_LIB) /usr/local/lib /usr/lib /usr/lib/x86_64-linux-gnu /usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial
    • 為了之後編譯matlab,這裡提前在配置檔案中修改matlab路勁,改完後儲存退出:
      MATLAB_DIR := /usr/local/MATLAB/R2014a
    • CUDNN只支援CUDA Capability 3.0以上的GPU加速,而我的筆記本顯示卡GT630M才2.1的加速能力,在其他3.0以上的顯示卡執行正常,因此選擇不啟用cuDNN加速,所以Makefile.config中USE_CUDNN行是註釋狀態不改變。
    • 為hdf5之類的檔案建立新的連結
      \\首先執行下面兩句話:
      find . -type f -exec sed -i -e 's^"hdf5.h"^"hdf5/serial/hdf5.h"^g' -e 's^"hdf5_hl.h"^"hdf5/serial/hdf5_hl.h"^g' '{}' \;
      cd /usr/lib/x86_64-linux-gnu
      \\然後根據情況執行下面兩句:
      sudo ln -s libhdf5_serial.so.10.1.0 libhdf5.so
      sudo ln -s libhdf5_serial_hl.so.10.0.2 libhdf5_hl.so
      \\注意:這裡的10.1.0和10.0.2根據不同的系統可能對應的數字會不同,比如在ubuntu16.04中其數字就是10.1.0.
      \\具體的數字可以在輸入命令時候使用tab鍵補全檢視
    • 開啟makefile檔案搜尋並替換
      NVCCFLAGS += -ccbin=$(CXX) -Xcompiler -fPIC $(COMMON_FLAGS)
      NVCCFLAGS += -D_FORCE_INLINES -ccbin=$(CXX) -Xcompiler -fPIC $(COMMON_FLAGS)
    • $ sudo gedit ~/.bashrc
    • 在開啟的檔案末尾加上:
      export LD_LIBRARY_PATH="/lib/x86_64-linux-gnu:$LD_LIBRARY_PATH”
    • 在命令列輸入:
      sudo ldconfig #編譯立即生效
    • 然後進入caffe目錄:
      make all -j4
      make test -j4
      make runtest
      
    • 這裡runtest會報錯如下:
    • 解決方法是在~/.bashrc檔案末尾新增輸入一行,具體如下:
      sudo gedit ~/.bashrc
      export MKL_CBWR=AUTO     #開啟的檔案末尾加入該行,然後儲存退出。
      sudo ldconfig            #編譯立即生效 
      
    • 然後再來一遍
      make clean
      make all -j4
      make test -j4
      make runtest
    • 正確結果是如下:

    • 如果編譯沒有報錯,則基本沒問題。在運用anaconda和matlab時都需要修改相應的內容。
    • anaconda需要將caffe標頭檔案進行連結:
      $ sudo gedit ~/.bashrc
    • 輸入
      export PYTHONPATH="/home/jeson/caffe/python:$PYTHONPATH"
    • 儲存後在命令列輸入:
      sudo ldconfig
      make pycaffe
      make distribute
      ipython
      import caffe
    • 最後如果沒有跳出錯誤則說明編譯成功,即可呼叫caffe模組。
    • 將matlab下的libstdc++.so.6 更改名稱為libstd++.so.6_back(讓matlab找不到這個,但是為了安全還是備份一下吧),這樣在執行matlab編譯的時候會自動去找系統用的庫。具體為:
      cd /usr/local/MATLAB/R2014a/sys/os/glnxa64/
      sudo mv libstdc++.so.6 libstdc++.so.6_back
      sudo ldconfig
      cd ~/caffe/
      make matcaffe
      make mattest
    • 出現下圖說明編譯正確:

    • 測試matlab開啟./caffe/matlab/+caffe/private,看有沒有生成一個caffe的mex檔案,可以執行+test資料夾裡面的程式測試。
  7. 至此,暫時應該算是安裝完成。

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