群體遺傳學中衡量群體間分化程度的指標有很多種，最常用的就是Fst指數。

Fst指數，由F統計量演變而來。F統計量（FIS，FIF，FST）主要有三種。

Fst是針對一對等位基因，如果基因座上存在復等位基因，則需要用Gst衡量，基因差異分化系數（gene differentiation coefficient，Gst）。

假定有s個地方群體，第k個地方群體相對大小為wk，第k個地方群體中第i個等位基因頻率為qk(i)，雜合體頻率觀察值為hk，那麽整個群體中觀察到的雜合體頻率平均值HI，地方群體為理想群體的期望雜合體頻率平均值HS，整個群體為理想群體的期望雜合體頻率HT，分別為：

• FIS，是HI相對於HS減少量的比值，即地方群體的平均近交系數。
• FST，是HS相對於HT減少量的比值，即有親緣關系地方群體間的平均近交系數。
• FIT，是HI相對於HT減少量的比值，即整個群體的平均近交系數。

三者在數量上的關系

從配子間親緣關系角度分析，FST和FIT分別相當於地方群體和整個群體中攜帶的一對等位基因是同源的概率，而FST是從兩個地方群體中任意抽取的兩個配子是同源的概率。從兩個地方群體中任意抽取的兩個配子是同源的概率大，表明兩個地方群體的遺傳組成相似，分化程度低；反義，分化程度高。

FST取值範圍[0,1],最大值為1，表明等位基因在各地方群體中固定，完全分化；最小值為0，意味著不同地方群體遺傳結構完全一致，群體間沒有分化。

Fst值分析遺傳分化

Wright建議，實際研究中，FST為0～0.05:群體間遺傳分化很小，可以不考慮；
FST為0.05～0.15，群體間存在中等程度的遺傳分化；
FST為0.15~0.25，群體間遺傳分化較大；
FST為0.25以上，群體間有很大的遺傳分化。

遺傳分化一些基本概念