下載地址：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml

官方手冊：https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/manual.shtml#usage

基因組比對軟體常用bwa，轉錄組比對軟體常用bowtie2、hisat2等，其中有參考基因組的常用hisat2，沒有參考基因組的常用bowtie2。下面我們來介紹一下hisat2的使用方法～

一、建立索引

建立基因組索引

建立基因組+轉錄組+SNP索引：
bowtie2的索引只有基因組序列資訊，tophat2比對時，轉錄組資訊通過-G引數指定。HISAT2建立索引時，就應該把轉錄組資訊加進去。
HISAT2提供兩個Python指令碼將GTF檔案轉換成hisat2-build能使用的檔案：

此外，HISAT2還支援將SNP資訊加入到索引中，這樣比對的時候就可以考慮SNP的情況。這仍然需要將SNP檔案轉換成hisat2-build能使用的檔案：

最後，將基因組、轉錄組、SNP建立索引：

官網提供了人和小鼠的索引檔案下載，壓縮包有make_grch38_tran.sh檔案，詳細記錄了建立索引的過程。

執行HISAT2

-p 執行緒數

-x 指定基因組索引

-S 指定輸出的SAM檔案

官方操作手冊簡要版

用法：
hisat2 [options]* -x <hisat2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | –sra-acc <SRA accession number>} [-S <hit>]

主要引數：
-x <hisat2-idx>
參考基因組索引檔案的字首。
-1 <m1>
雙端測序結果的第一個檔案。若有多組資料，使用逗號將檔案分隔。Reads的長度可以不一致。
-2 <m2>
雙端測序結果的第二個檔案。若有多組資料，使用逗號將檔案分隔，並且檔案順序要和-1引數對應。Reads的長度可以不一致。
-U <r>
單端資料檔案。若有多組資料，使用逗號將檔案分隔。可以和-1、-2引數同時使用。Reads的長度可以不一致。
–sra-acc <SRA accession number>
輸入SRA登入號，比如SRR353653，SRR353654。多組資料之間使用逗號分隔。HISAT將自動下載並識別資料型別，進行比對。
-S <hit>
指定輸出的SAM檔案。

輸入選項：
-q
輸入檔案為FASTQ格式。FASTQ格式為預設引數。
-qseq
輸入檔案為QSEQ格式。
-f
輸入檔案為FASTA格式。
-r
輸入檔案中，每一行代表一條序列，沒有序列名和測序質量等。選擇此項時，–ignore-quals引數也會被選擇。
-c
此引數後是直接比對的序列，而不是包含序列的檔名。序列間用逗號隔開。選擇此項時，–ignore-quals引數也會被選擇。
-s/–skip <int>
跳過輸入檔案中前條序列進行比對。
-u/–qupto <int>
只使用輸入檔案中前條序列進行比對，預設是沒有限制。
-5/–trim5 <int>
比對前去除每條序列5’端個鹼基
-3/–trim3 <int>
比對前去除每條序列3’端個鹼基
–phred33
輸入的FASTQ檔案鹼基質量值編碼標準為phred33，phred33為預設引數。
–phred64
輸入的FASTQ檔案鹼基質量值編碼標準為phred64。
–solexa-quals
將Solexa的鹼基質量值編碼標準轉換為phred。
–int-quals