經過整整兩天的R包安裝，終於體會到R包安裝的複雜（特別是裝一個老版本的R包） 如果是單純地想重現文獻的結果，那麼切記選用sessionInfo()裡面的一模一樣R語言版本，因為不同版本的package會有許多差別。 1、安裝好相同版本的R語言 2、自動裝包 首先是用install.packages()安裝CRAN上面的包，以及bioc()安裝bioconductor上面的包 注意，此時就是bioconductor的好處就是，你用的R語言不同，他給你裝的R包版本也不同。 3、手動裝包 接下來，會有一些包裝不上，用cat nohup.out|grep "ERROR"，看看哪兒些包沒有裝好，然後手動編譯裝包。 這個時候要看清楚文獻用的包是哪兒個版本 CRAN 進入CRAN（https://cran.r-project.org/web/packages/）找到需要的包，點進去有Old sources，找到對應的版本，下載tar.gz檔案，然後用以下命令，原始碼編譯安裝 bin/R CMD INSTALL ***.tar.gz bioconductor 如果是bioconductor上面的包，可以直接在bioconductor裡面搜尋，不過要注意對應的R語言版本號（見下面），像R3.1這樣對應bioconductor的2.14和3.0，2.14版本會舊一些，然後再用於以下命令，原始碼編譯安裝 bin/R CMD INSTALL ***.tar.gz Release    R 3.5    3.4 3.4    3.3 3.3    3.3 3.2, 3.1    3.2 2.14, 3.0    3.1 2.12, 2.13    3.0 2.10, 2.11    2.15 2.9    2.14 2.8    2.13 2.7    2.12 2.6    2.11 2.5    2.10 2.4    2.9 2.3    2.8 2.2    2.7 2.1    2.6 2.0    2.5 1.9    2.4 1.8    2.3 1.7    2.2 1.6    2.1 github github上面的包就有點麻煩，雖然有devtools，但是那個一般不太靠譜。可以下載出來zip檔案， 然後解壓，再壓縮成tar.gz，同上述步驟，原始碼編譯安裝 4、實在裝不上的包 有一些實在太老的包，老版本編譯一直出錯，也不再維護。可以直接source原始碼裡面的方法，再把這個包import的包給手動library一下即可。 dir.files<-list.files(path = "C:/Users/f/Documents/R/win-library/3.3/aaRon/R") dir.files<- paste("C:/Users/f/Documents/R/win-library/3.3/aaRon/R",dir.files,sep = "/") for(i in 1:length(dir.files)){   source(dir.files[i]) }