R安裝，R包安裝
阿新 • • 發佈：2019-01-25
系統：除了windows
R安裝
方法一：
./configure; make; make test; make install
./configure --prefix=你想安裝路徑 ; make; make test; make install （非root ）方法二：
Linux下也可以通過相應的yum或者apt-get進行安裝；
eg: apt install R
這種方法的弊端是安裝的R程式太old或缺失額依賴包太多，做好折騰安裝依賴包的準備；
值得注意安裝依賴包後寫入環境；
安裝curl包：
cd ~/src wget --no-check-certificate https://curl.haxx.se/download/curl-7.61.0.tar.gz tar xzvf curl-7.61.0.tar.gz cd curl-7.61.0 ./configure --prefix=/HOME/packages make -j3 make install
設定安裝好的包的環境變數（重要）：
export PATH=/HOME/packages/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$LD_LIBRARY_PATH
export CFLAGS="-I/HOME/packages/include"
export LDFLAGS="-L/HOME/packages/lib"方法三：推薦用Conda
（簡單、方便，可選擇版本）
簡要說明
##linux系統，下載 https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh $ wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh $ bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh $ source ~/.bashrc ## 檢視可用的軟體包 $conda search <軟體包> ## 安裝軟體包 $conda install <軟體包> ## 安裝指定版本的R $ conda search R Loading channels: done # Name Version Build Channel r 3.1.2 0 pkgs/r r 3.1.2 1 pkgs/r r 3.1.2 2 pkgs/r r 3.1.2 3 pkgs/r r 3.1.3 0 pkgs/r r 3.2.0 0 pkgs/r r 3.2.1 0 pkgs/r r 3.2.2 0 pkgs/r r 3.3.1 r3.3.1_0 pkgs/r r 3.3.1 r3.3.1_1 pkgs/r r 3.3.2 r3.3.2_0 pkgs/r r 3.4.1 r3.4.1_0 pkgs/r r 3.4.2 h65d9972_0 pkgs/r r 3.4.3 mro343_0 pkgs/r r 3.4.3 r343_0 pkgs/r $ conda install r=3.4.2
R包安裝
通過R進入命令列
# 1
>options(CRAN="http://cran.r-project.org")
> install.packages("R包")
# 2
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("R包")
# 3
install.packages("下載到本地R包的全路徑",contriburl=NULL)