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寫在前面

優秀的作品都有三部分曲，如駭客帝國、教父、指環王等。

擴增子系列課程也分為三部曲：

第三部《擴增子統計繪圖》：即是對結果進行可視和統計檢驗，達到出版級的圖表結果。

《擴增子統計繪圖》系列文章介紹

《擴增子統計繪圖》是之前釋出的《擴增子圖表解讀》和《擴增子分析解讀》的進階篇，是在大家可以看懂文獻圖表，並能開展標準擴增子分析的基礎上，進行結果的統計與視覺化。其章節設計與《擴增子圖表解讀》對應，為八節課八種常用圖形(箱線圖、散點圖、熱圖、曼哈頓圖、火山圖、維恩圖、三元圖和網路圖)，基本滿足文章常用的圖片種類需求。

也適合對公司標準化分析返回結果的進一步統計、視覺化及美化，達到出版級別，衝擊高分文章。

本節需要在”3熱圖：差異菌、OTU及功能”基礎上繼續執行

5火山圖：差異OTU數量及變化規律

# 繪製火山圖
if (max(x$logFC)>4){x[x$logFC>4,]$logFC = 4} # norm x axis
if (min(x$logFC)< -4){x[x$logFC< -4,]$logFC = -4} # norm x axis
x$level = as.factor(ifelse(x$sig==1, "enriched",ifelse(x$sig
 
==-1, "depleted","nosig")))

# Volcanol plot of fold change vs abundance plot
p = ggplot(x, aes(x=logFC, y=logCPM, color=level)) + geom_point()  + 
  scale_colour_manual(values=c("green","red","grey"))+ xlim(-4, 4)+
  labs(x="log2(fold change)",y="log2(count per million)", title=paste("OE vs WT", sep=" "
 
))
p
ggsave(file=paste("vol_otu.pdf", sep=""), p, width = 8, height = 5)
ggsave(file=paste("vol_otu.png", sep=""), p, width = 8, height = 5)

圖1. 火山圖展示差異OTU數量及變化規律；橫軸為相對丰度變化的差異倍數，縱軸為相對丰度取Log2對數值；紅色點為顯著上調的OTU，綠色為顯著下調的OTU，灰色為不顯著變化的OTU；

這也是目前認為公認的樣式，ggplot2允許新增更多資訊，如表達丰度和物種資訊；

物種資訊的處理，需要完成上一節4曼哈頓圖：差異OTU或Taxonomy 中的程式碼完成對物種資訊的格式處理。

# 繪製有物種資訊和相對丰度的火山圖
p = ggplot(x, aes(x=logFC, y=logCPM, color=level, size=logCPM, shape=tax)) + geom_point()  + 
  scale_colour_manual(values=c("red","green","grey"))+ xlim(-4, 4)+
  labs(x="log2(fold change)",y="log2(count per million)", title=paste("OE vs WT", sep=" "))
p

圖2. 火山圖展示差異OTU數量及變化規律，除上下調外，大小代表相對丰度的對數值，點的形狀代表物種的門分類資訊。

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