VASP安裝與執行
VASP（Vienna Ab-initio Simulation Package）是進行電子結構計算以及分子動力學模擬等軟體包。
VASP安裝需要的軟體
- intel編譯器以及License檔案
- fftw
- vasp安裝包
本文未使用其他教程推薦的安裝openmpi，GotoBLAS2，ATLAS等數學庫，intel編譯器的MKL（核心數學庫）中均含有相關庫。因此，本文主要使用intel的核心數學庫，相應的編譯器配置選擇intel編譯器。數學庫以及對應的編譯器設定最好一致，不然安裝過程會報各種未知錯誤。
安裝intel編譯器
下載intel編譯器。從intel官網註冊帳號，使用郵箱申請序列號以及license檔案。在安裝之前必須準備好有效的License檔案，安裝過程需要用到。
解壓安裝包 -進入該資料夾–安裝
| tar -zxvf parallel_studio_xe_2015.tgz cd parallel_studio_xe_2015 ./install.sh |
接下來進入安裝，使用預設選項即可，中間會詢問你證書檔案在什麼位置
Please type the full path to your license file :
intel編譯器會預設安裝在/opt/intel/目錄下。安裝完成後需要新增PATH到環境變數中。
vim ～/.bashrc ，修改單個使用者，插入以下程式碼：
| source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/iccvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/bin/ifortvars.sh intel64 source /opt/intel/composer_xe_2015.0.090/mkl/bin/mklvars.sh intel64 source /opt/intel/impi/5.0.1.035/bin64/mpivars.sh |
要根據自己安裝的intel編譯器版本號和安裝目錄，找到上述四個檔案對應的位置，新增載~/.bashrc 檔案中。新增完成後，執行一遍該命令：
| source ~/.bashrc |
接下來使用如下命令檢查是否新增成功。
| which icc ifort icpc mpiifort |
fftw安裝
本教程沒有使用intel編譯器自帶的fftw，下載fftw軟體，官網下載http://www.fftw.org/。
同樣先進行解壓–進入該資料夾–編譯
| tar -xzvf fftw-3.3.7.tar.gz cd fftw-3.3.7 |
接下來需要配置-編譯。可以依據./configure -help檢視資訊，新增一些引數優化編譯的目錄。
所需要的優化有：安裝目錄的選擇，是否編譯mpi並行版本，以及指定何種編譯器。以下是通過./configure -help選項檢視的引數優化語法：
安裝目錄
–prefix=PREFIX install architecture-independent files in PREFIX
[/usr/local]
是否編譯mpi版本的fftw庫，本文使用編譯並行版本的fftw。
–enable-mpi compile FFTW MPI library
還有指定的編譯器以及部分編譯引數，如下：
CC C compiler command
CFLAGS C compiler flags
LIBS libraries to pass to the linker, e.g. -l
CPP C preprocessor
MPICC MPI C compiler command
F77 Fortran 77 compiler command
FFLAGS Fortran 77 compiler flags
預設是使用GNU編譯器。為了使用intel編譯器，我們需要指定：CC =icc F77=ifort。剩餘相關的引數通常保持預設即可。於是最終的配置可以寫成：
| ./configure –prefix=/opt/fftw/ CC=icc F77=ifort MPICC=mpiicc –enable-mpi make make install |
VASP安裝
下載並解壓VASP軟體，得到vasp.5.lib和vasp.5.4.1資料夾。不同版本的vasp名稱會有所不同。
vasp安裝的重點是makefile檔案的配置：
| cd vasp.5.4.1 cp arch/makefile.include.linux_intel makefile.include |
編譯器的配置，找到變數FC和FCL。為了保證數學庫跟呼叫的編譯器一致，我們在這裡需要設定fortran編譯器使用intel的編譯器mpiifort。
| FC = mpiifort FCL = mpiifort -mkl |
數學庫的配置。我們使用intel的mpi，所以在變數中設定了mkl_blacs_intelmpi_lp64。如果使用openmpi，則根據安裝設定相應的連結數學庫
| MKL_PATH = /opt/intel/mkl/lib/intel64 BLAS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_scalapack_lp64 LAPACK = BLACS = SCALAPACK = |
fftw的配置。根據自己安裝目錄找到對應的檔案位置。
| OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \ /opt/fftw/lib/libfftw3_mpi.a INCS =-I/opt/fftw/include |
編譯make all。成功編譯後會在bin資料夾中生成三個可執行檔案，對應gamma版本的vasp，標準版本的vasp和非線性版本的vasp。
| vasp_gam vasp_ncl vasp_std |
把VASP新增到環境變數中後，才可以直接通過命令vasp執行。接下來需要新增環境變數
| vim ~/.bashrc |
在該文加中新增如下命令：PATH根據自己的安裝情況填寫檔案目錄，以下是使用標準版本的vasp
| PATH=/home/xinming/vasp/vasp.5.4.1/build/std:$PATH |
新增完成後
| source ~/.bashrc |
特別感謝cndaqiang同學提供的幫助，以上的安裝步驟是在他探索的基礎上進行的總結。
vasp執行相關
使用vasp計算，首先準備好四個輸入檔案：POSCAR，POTCAR，KPOINTS，INCAR。將這四個輸入檔案放在一個資料夾中。在檔案目錄下使用命令：
vasp
這四個檔案已經告訴vasp如何去計算，新增完環境變數後使用vasp命令，直接運行了程式
由於一般研究中用到的計算體系都比較大，更傾向於使用平行計算。上述也是在個人筆記本中安裝了並行版本的vasp程式。同樣進入工作目錄，使用命令：
mpirun -np 4 vasp
命令引數-np表示使用四個節點。執行過程中是使用top命令檢查處理器程序狀態，看vasp是否成功執行。執行後的輸出檔案還在該工作目錄下。