• （1）FreeSurfer5.3.0下載

下載網址

ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0-HCP

• （2）安裝

安裝說明網址：

http://freesurfer.net/fswiki/DownloadAndInstall

第一步：在終端裡輸入以下內容，把安裝包廂解壓到需要安裝的路徑去。

$sudo tar -C /usr/local –xzvf freesurfer-Linux-centos4_x86_64-stable-pub-v5.3.0-HCP.tar.gz

第二步：配置環境變數

在終端裡輸入以下內容：

## bash

$> export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

$> source$FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

第三步：註冊獲得許可

# register and get liceence

去安裝說明的網址，找到註冊的地方，填入資訊。

在郵箱裡收到了4行文字，是我們獲得的許可證。

第四步：應用許可證

建立一個license.txt，把那4行文字複製進去。

用管理員許可權，把license.txt複製到freesurfer的安裝路徑中去。

sudo cp 替換成你放置這個檔案的路徑/license.txt  $FREESURFER_HOME/

比如：sudo cp /home/license.txt  $FREESURFER_HOME/

• （3）測試是否安裝成功

1）複製一個檔案到一個指定的測試資料夾去

$ cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz /homefreesurfer_license

2）開啟這個測試的資料夾，即使的終端工作在這個資料夾下

$ cd/home/freesurfer_license

3）使用freesurfer的命令

$ mri_convertsample-001.mgz sample-001.nii.gz

4）結果顯示如下：

it showsthe following:

mri_convertsample-001.mgz sample-001.nii.gz

$Id:mri_convert.c,v 1.179.2.7 2012/09/05 21:55:16 mreuter Exp $

readingfrom sample-001.mgz...

TR=7.25,TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00

i_ras =(-0, -1, -0)

j_ras =(-0, 0, -1)

k_ras =(-1, 0, 0)

writingto sample-001.nii.gz...

但是每次都需要手動配置環境變數，如果希望可以開啟直接就能用，就需要自己把freesurfer的安裝路徑配置到系統環境變數檔案裡。