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Linux安裝HDF5及遇到的問題總結

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從HDF官網(https://support.hdfgroup.org/HDF5/)上下載hdf5-1.8.17.tar.gz

簡要安裝步驟如下:(詳細步驟:hdf5-1.8.17/release_docs/INSTALL)

            $ gunzip < hdf5-X.Y.Z.tar.gz | tar xf -   #解壓縮
            $ cd hdf5-X.Y.Z
            $ ./configure --prefix=/usr/local/hdf5  #安裝路徑
            $ make
            $ make check                # run test suite.
            $ make install
            $ make check-install        # verify installation.

注:X.Y.Z是HDF版本

安裝成功後,在安裝目錄/usr/local下出現hdf5資料夾,開啟後

在/share/hdf5_examples/下是示例程式。開啟c資料夾,下面我們來測試。該資料夾下有個名為run-c-ex.sh檔案,執行該檔案可以將c目錄下所有.c檔案執行。


執行命令  $ sudo ./run-c-ex.sh

即可得到所有檔案的執行結果。

開啟run-c-ex.sh檔案可檢視該檔案內容如下

下面我們來講怎麼執行單個.c檔案,以/usr/local/hdf5/share/hdf5_examples/c目錄下h5_extend.c為例

執行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c

可是卻報出錯誤:h5cc:command not found

我們在命令列輸入h5cc,可以看到


提示我們h5cc沒有安裝,按照指示,我們輸入sudo apt install hdf5-helpers


接下來再執行,卻報出hdf5.h: No such file or directory的錯誤


只要安裝libhdf5-serial-dev就可以了。

執行命令: $ sudo apt-get install libhdf5-serial-dev

再次執行 $ sudo h5cc -o h5_extend h5_extend.c

沒有問題,執行: $ ./h5_extend

在/share/hdf5_examples/c目錄下除了生成h5_extend和h5_extend.o兩個檔案,還有extend.h5檔案。

下面介紹一個視覺化工具HDFView,它可以用來檢視和編輯HDF檔案。(https://support.hdfgroup.org/products/java/hdfview/)

下載HDFView,即可檢視我們剛剛得到的extend.h5