NetworkX學習筆記-3-Python中輸出Gephi檔案格式的方法
阿新 • • 發佈：2019-02-18
Gephi（http://gephi.org/）是一個常用的複雜網路分析和視覺化工具，可以生成些比較漂亮的網路圖。這裡總結一下Python中生成符合Gephi輸入檔案格式的方法。Gexf（http://www.gexf.net/format/）是一個Gephi相關開發者定義的開放檔案格式。其實我們也可以直接呼叫Gephi的API，但是由於很多網路分析是基於Python和NetworkX實現的，所以需要研究一下怎麼通過Python生成Gexf檔案。可以使用pygexf這個外掛。
pygexf使用lxml作為XML的解析引擎，所以我們需要首先安裝lxml，在其官網上http://lxml.de/ ，在Windows系統中的安裝方法非常繁瑣。但是實際上可以在python的官網中的PYPI（Python
Package Index）中找到其可執行程式安裝包： https://pypi.python.org/pypi/lxml ，在這個頁面中選擇對應的連結下載即可。
- easy_install.py pygexf-0.2.2
要執行上面的命令，需要首先安裝setuptools，具體安裝方法請參考我之前一篇日誌。
實際上在gexf的主頁上也給出了pygexf的Github連結：https://github.com/paulgirard/pygexf 順便介紹一下從Github上下載專案原始碼的方法，最簡單的方法是安裝Github Windows系統外掛後，在Git Shell中輸入：
-
git clone https://github.com/paulgirard/pygexf.git
下載下的專案原始碼目錄和解壓後類似，安裝方法也和上面相同。在安裝好pygexf之後，在Python IDLE中執行：
- >>> import gexf as gexf
- >>> print gexf
如果能正確列印pygexf的安裝位置，則說明可以已經成功安裝了。參考pygexf\test目錄下的test.py檔案，我們可以新建一個最簡單的檔案：
- from gexf import Gexf
- gexf = Gexf("Paul Girard","A hello world! file")
-
graph=gexf.addGraph("directed","static","a hello world graph")
- graph.addNode("0","hello")
- graph.addNode("1","World")
- graph.addEdge("0","0","1")
- output_file=open("helloworld.gexf","w")
- gexf.write(output_file)
生成的helloworld.gexf檔案就可以用Gephi直接匯入了。