為什麽UCSC上的基因坐標和ncbi上下載的基因坐標不一樣?
剛剛從發ncbi的後臺下載了一套hg19的註釋文件gff格式的,和ucsc上下載的refseqgene註釋進行了對比,發現一個奇怪的問題: 同一個轉錄本的起始坐標相差10000.
花了一上午的時間對比了下才發現,原來ucsc上的基因組序列都在序列上前後各添加了10000個N.
然後又檢查了genecode的基因組,也是前後各添加了10000個N. ncbi提供的hg38也是如此。
原因找到了,不過用的時候確實需要註意。也就是說在整理註釋信息的時候,如果需要添加N則需要對坐標進行平移。
為什麽UCSC上的基因坐標和ncbi上下載的基因坐標不一樣?
相關推薦
為什麽UCSC上的基因坐標和ncbi上下載的基因坐標不一樣?
發現 原因 後臺 都在 對比 bsp 下載 fse 平移 剛剛從發ncbi的後臺下載了一套hg19的註釋文件gff格式的,和ucsc上下載的refseqgene註釋進行了對比,發現一個奇怪的問題: 同一個轉錄本的起始坐標相差10000. 花了一上午的時間對比了下才發現,原
為什麽養卡代還系統在市面上那麽招人稀罕!
資金 系統 提高 為什麽 有時 軟件 中國銀聯 我們 信用卡 用過信用卡的小夥伴都知道,信用卡是個好東西,沒錢的時候可以拿來應急,但是還款的時候也是頭大,小額還好,大額賬單還是有些麻煩的,要麽就是多張卡來還倒騰,要麽就是找朋友應急,找朋友肯定是會欠人情的。但是自己卡來回倒也
為什麽 c++中函數模板和類模板的 聲明與定義需要放到一起?
color code 我們 ack 二進制 通過 如果 之前 類型 將模板的聲明與定義寫在一起實在很不優雅。嘗試用“傳統”方法,及在.h文件裏聲明,在.cpp文件裏定義, 然後在main函數裏包含.h頭文件,這樣會報鏈接錯誤。why!!!!!!!!!!!!! 這是因為函數模
為什麽計算機網絡有七層和四層之說,有什麽相同點和不同點
鏈路 www. amp 鏈路層 hit space color ace 數據鏈路 “七層”是OSI參考模型,即物理層 、 數據鏈路層 、 網絡層、傳輸層、 會話層 、表示層、應用層 ; “四層”是TCP/IP參考模型,即物理鏈路層、 網絡層、傳輸層、應用層。 雖說有四層和七
拋開雙11不談,為什麽我現在購物對京東和天貓成兩極態度?
京東對我而言,這個雙11過得和往年一樣的同時,卻有多了很多變化。一樣的是依然“剁剁剁手”停不下來,照樣花了萬把塊;變化卻是原本我還只是天貓的鐵桿擁躉,但此次雙11卻進行了更多的選擇,天貓只是其中一個而已——在天貓花錢也並不算多。其實拋開雙11不談,從今年以來我在購物行為上就對京東和天貓成兩極態度。再延展開來的
為什麽TCP在高時延和丟包的網絡中傳輸效率差?
TCP 協議 丟包 說明:有同學私信問到,為什麽TCP在高時延和丟包的網絡中傳輸效率差? Google可以搜到很多的信息,這裏轉譯了部分IBM Aspera fasp技術白皮書的第一章節內容,作為參考。 -在這個數字世界中,數字數據的快速和可靠移動,包括全球範圍內的大規模數據傳送,對於幾乎所有行
計算機編碼--為什麽整數中負數的除法和右移不是一回事
什麽 lock 其中 img csdn leg tail 計算 的區別 緣起 最近在看卡耐基梅隆大學的【深入理解計算機系統實驗】之datalab時,遇到一個題目: 1 /* 2 * divpwr2 - Compute x/(2^n), for 0 <=
為什麽Github要把代碼合並請求稱為pull request而不是push request?
才會 控制 github 更改 fork 過程 answer 答復 而是 問題: 我的理解是:我做了一些修改,我請求把我的修改push到你的倉庫,然後你review一下我的代碼,如果沒問題就接受請求merge,這樣的話叫做push request豈不是更合適?因為這個操作
總結,為什麽要重寫hashset的hashcode()和equals()?
content 比對 不同 對象 對比 總結 text 一個 直接 看了非常多博客,怕自己忘記了,通俗易懂的總結如下 本人總結下: 重寫前,比較地址,hashcode方法如果相等不一定是同一個對象,所以再用equals再比內存地址 重寫後,比較值,重寫hashCo
解開一個疑惑,為什麽LVS開放的端口,使用netstat或ss命令,不能查找到其監聽的端口呢?
規則 用戶 sage www spa style 9.png 訪問 分享 RT, 這個疑問,本周一直在心裏,今天找到一個說法。 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 另外LVS規則算是內核方法,用netstat -ntul
分針網——每日分享:標簽為什麽要語義化?
標簽 1、手持移動設備的無障礙閱讀 手持移動設備如PDA、智能手機等可能對CSS的解析能力較弱,這時可能就需要更語義的標簽來體現一個頁面的易讀性 2、盲人等一些障礙人士的更好地閱讀 屏幕閱
[轉]byte為什麽要與上0xFF?
int 有意思 二進制 span args .com com ger 文件 無意間翻看之間的代碼,發現了一段難以理解的代碼。 byte[] bs = digest.digest(origin.getBytes(Charset.forName(charse
為什麽說上ERP找死?
發現 經歷 二進制 系統 諸多 又是 軟件開發 上線 認識 長期以來,管理軟件領域流行著這樣一句話“不上ERP等死,上了ERP找死”。根據為十九年管理軟件開發的經驗來看,“不上ERP等死”這句話不敢茍同,但“上了E
以+scheduledTimerWithTimeInterval...的方式觸發的timer,在滑動頁面上的列表時,timer會暫定回調,為什麽?如何解決?
指定 val timer 運行模式 sch 發的 滑動頁面 循環 oop 這裏強調一點:在主線程中以+scheduledTimerWithTimeInterval...的方式觸發的timer默認是運行在NSDefaultRunLoopMode模式下的,當滑動頁面上的列表時
<p></p>標簽為什麽不能包含塊級標簽?還有哪些特殊標簽?
rip ddr small 結果 html標簽 不支持 分隔線 query important 最近,在碼代碼的時候,就是下面的這段代碼,我犯了一個很不起眼,但犯了就致命的BUG。 <body> <p> <ol>
估值上百億的拼多多,為什麽被淘寶點名成新的假貨聚集地?
二線城市 基本上 原因 銷售 視頻 平衡 水平 移動互聯網 獨角獸 一個星期之前,阿裏巴巴對外發布了《2017年阿裏巴巴知識產權保護年度報告》,其中提及一批原淘寶網的制假售假商家已轉移至微信和拼多多。 事實真的如阿裏發布的報告所言嗎?下面何璽和大家一起來聊聊。 一、拼多多為
為什麽在密碼問題上char[]優先於String?(轉載自ImportNew)
參考 java ecc 使用 .html lang ash net 收集 本文由 ImportNew - 範琦琦 翻譯自 stackoverflow。歡迎加入翻譯小組。轉載請見文末要求。 問題 在Swing中,密碼域(JPasswordField)用getPassword(
MyBaits基本操作,為什麽session.commit()可以引起事物提交?ResultMap結果映射,執行添加後返回自增列的值,多條件查詢,智能標簽,工具類
info log list image mit fault 類型 工具類 自增列 1.為什麽session.commit()可以引起事務的提交? 首先打開commit()源碼,ctrl+H打開它的實現類DefaultSession,找到它的commit方法 ctrl+左鍵
總結之提交代碼並部署到服務器上,為什麽代碼卻沒有更新?
jenkins gitlab docker harbor 容器 問題描述: 遇到過幾次這種情況:開發將代碼提交之後,通過打包部署,發現部署到服務器上的代碼不是最新的,還是修改之前的老代碼。 打包部署流程背景說明: gitlab——》jenkins服務器打jar包——》將打好的jar包過濾並
[轉]為什麽股票投資是世界上最難成功的行業
試用 之間 靠譜 智商 產品 不想 辦理 打羽毛球 基本 我在二級市場摸滾打爬的時間已經十多年,接觸過的投資者起碼超過1000個,但真正成功實現財務自由的不足10人,即成功率不到1%。這裏把那些證券服務行業的人剔除,例如投行精英、券商老總。他們並不是靠炒股賺錢,而是靠提