Galahad tutorial與虛擬篩選

來源：

Sybyl說明書

1 開啟 ：Sybyl-x2.0;

2 點選：“Options”----“Set”----“Default Directory”,設定儲存路徑；

3 點選：“Applications”----“Pharmacophore”----“GALAHAD”;

4 在GALAHAD表單裡進行以下操作：

4.1 Spreadsheet Source點選“…”，在Single Conformer Input 選擇“SLN File”，開啟“krystek.hits”,點選“Return”返回GALAHAD表單；

4.2 在krystek表單按住CTRL選擇1,3,5,7,9,11,13

4.3 在GALAHAD表單中間位置點選“Suggest from Data”，然後將Mols.Required ti Hit改為“6”；

4.4 在GALAHAD表單右上角Activity Col選擇“PIC50”；

4.5 檢查Align Molecules Using是否選擇“Features”；

4.6 在Run Name輸入檔名“krystek_align7”,然後點選“Compute”，執行大約需要15-20min，直到Command Console出現Done為止；

5 點選“File”----“Import File

5.1 在krystek_align7表單選單欄點選“PMA”----“Visualize Models” （如果是通過計算，則計算完成後自動開啟PMA模型介面，此步驟為手動開啟）

5.2 在PMA Visual Analysis表單中Model可選擇瀏覽並檢查不同的模型（如果視野沒有看到模型，點選General Structure Display(眼鏡圖示)，在Molecule Area Selection中選中模型，點選Center View即可）；

 5.2.1 cyan for hydrophobes;
  5.2.2 magenta for donor atoms;
  5.2.3 green for acceptor atoms;
  5.2.4 yellow for six-membered rings;
  5.2.5 red for positive nitrogens;
  5.2.6 blue for negative centers;

5.3 如果在檢查模型過程中看到配體為紫色，則說明該配體沒有很好匹配該藥效團模型；

5.4 關閉PMA介面，返回krystek_align7表單，在剛才計算完成後生成了20個MODEL和12列資料，前3列為後處理過程中生成的模型屬性，中間5列為來自遺傳演算法的模型得分元件，最後4列是每個模型中各個配體的得分，因此每個單元包含7個值。（一般較好的模型為MODEL_001，綜合引數較好）

 5.4.1 “SPECIFICITY”is a logarithmic indicator of the expected discrimination for each query;
5.4.2  The actual number hit is given in the N_HITS column. Note that several models hit all seven ligands in the dataset;
5.4.3  The values in the FEATS column indicate the total number of features in the model query;
5.4.4  PARETO = the Pareto rank of the each model (see Pareto Ranking). Here, all the models have a Pareto rank of 0. This means none of the models is superior to any other when using all four criteria in columns 5-8 (ENERGY, STERICS, HBOND, and MOL_QRY);
5.4.5  ENERGY = the total energy of the model;
5.4.6  STERICS = the steric overlap for the model;
5.4.7  HBOND = the pharmacophoric concordance;
5.4.8  MOL_QRY = the agreement between the query tuplet and the pharmacophoric tuplets for the ligands as a group;

5.5 觀察MODEL_11和MODEL_14的ENERGY，MODEL_11特別高,而MODEL_14也明顯比其他模型高（High energy is often due to steric clashes）;

5.6 按住CTRL鍵選擇MODEL_11和MODEL_14,然後點選選單欄“Invert Row Selection”進行反選；

5.7 點選“Scatter plot”開啟散點圖；

 5.7.1 X Axis 選擇“ENERGY”，Range改為10 to 50；
  5.7.2 Y Axis選擇“STERICS”；
  5.7.3 Color Axis選擇“MOL_QRY”；
  5.7.4 Title輸入“pareto”；
  5.7.5 點選“OK”；

5.8 較好的模型一般在左上角，ENERGY較小而STERICS較大；

5.9 可隨機挑選幾個點點選選單欄“3D”來檢視模型；
以下為GALAHAD與虛擬篩選連用

6 返回krystek_align7表單，選中“MODEL_001”，點選選單欄“PMA”----“Create UNITY Query from Model”,在Molecule Area選中M1行，點選“OK”，此時SYBYL介面會出現所生成的藥效團模型；

7 點選SYBYL介面選單欄“UNITY”----“Start UNITY Search”；

7.1 Query選擇“Flex Search”；

7.2 Option選擇“Specify”，點選旁邊的“Options”，把“Use Lipinski’s rule of 5”選擇“No”，點選“OK”；（初篩可關閉類藥5原則，否則可能得到hits）

7.3 Search Datasourse選擇“SLN File”，開啟需要篩選的數
據庫“VSdatabase”（共114個分子，其中包含krystek.hits中的36個化合物）

7.4 Job輸入名字“VSsearch”，點選“OK”；

7.5 點選Sybyl介面的“UNITY”----“Search Management”可檢視進度，點選“Refresh”重新整理進度條，當“%Complete”為100.00時則完成篩選，點選“Load into Spreadsheet”可檢視Hits的分子；

8 完畢。