正態分佈-置信區間計算
統計學有兩大主要分支,分別是描述性統計學和推斷統計學。描述性統計學用於描述和概括資料的特徵以及繪製各類統計圖表。總體資料,往往因為資料量太大而難以被獲取,所以就有了通過較小的樣本資料推測總體特性的推斷統計學。值得一提的是現今火熱的“大資料”一詞並不僅僅是指資料量大,在《大資料時代》一書中作者舍恩伯格強調“大資料”不是隨機樣本,而是所有資料,即總體,這與傳統的統計研究方法是有很大區別的。
推斷統計學的一個研究方向就是用樣本資料估算總體的未知引數,稱之為引數估計。如果是用一個數值進行估計,則稱為點估計;如果估計時給出的是一個很高可信度的區間範圍,則稱為區間估計
本文先介紹了抽樣分佈和中心極限定理,並用蒙特卡洛方法進行模擬;然後引入置信區間的概念,並將之用於分析BRFSS資料中的BMI指數上。
首先依舊是匯入相關Python模組和資料,其中brfss是專門用於讀取和清理美國行為風險因素監控BRFSS調研資料的模組。
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
import brfss # 該模組用於處理BRFSS資料
%config InlineBackend.figure_format = 'retina'
df = brfss.ReadBrfss() # 讀取BRFSS資料
這裡主要關注反應胖瘦程度的BMI指數,並將這一資料存入bmi變數中,其資料量有40萬之多。
bmi = df.bmi.dropna() # 取資料中的bmi列,並去除缺失值
len(bmi)
405058
中心極限定理
如果我們將上述40萬多份的BMI資料看成是總體,然後從中隨機抽取n個數據組成一份樣本,並計算該樣本的均值。重複這一過程1000次,我們就得到了1000個樣本的均值分佈,即抽樣分佈。
抽樣分佈滿足中心極限定理,即在樣本量n越來越大時,均值的抽樣分佈將越來越接近正態分佈,該分佈的均值等於總體的均值;標準差,在這裡也稱為標準誤差SE滿足公式:
這裡使用蒙特卡洛模擬的方法,在40萬BMI資料中隨機抽取n個數計算均值,並重復1000次,組成抽樣分佈。以下的
sampling_distribution()
def sampling_distribution(data, sample_size=20, bins=40):
'''抽樣分佈模擬,輸出均值、標準差以及直方圖、ECDF圖'''
# 隨機抽樣
sampling = [np.mean(np.random.choice(data, size=sample_size, replace=False)) for _ in range(1000)]
# 輸出總體和抽樣分佈的均值、標準差
mu = np.mean(data)
se = np.std(data) / np.sqrt(sample_size)
print('mean of sample means: %.2f' % np.mean(sampling))
print('population means: %.2f' % mu)
print('Standard deviation of sample means: %.2f' % np.std(sampling))
print('Standard Error: %.2f' % se)
# 繪製抽樣分佈的直方圖、ECDF圖
fig = plt.figure(figsize=(16,5))
p1 = fig.add_subplot(121)
plt.hist(sampling, bins=bins, rwidth=0.9)
plt.xlabel('sampling means')
plt.ylabel('counts')
p2 = fig.add_subplot(122)
plot_ecdf(sampling, xlabel='sampling means', label='sampling ')
sample = np.random.normal(mu, se, size=10000)
plot_ecdf(sample, xlabel='sampling means', label='normal distribution')
plt.show()
def ecdf(data):
'''計算ECDF'''
x = np.sort(data)
y = np.arange(1, len(x)+1) / len(x)
return (x,y)
def plot_ecdf(data, xlabel=None , ylabel='ECDF', label=None):
'''繪製ECDF圖'''
x, y = ecdf(data)
_ = plt.plot(x, y, marker='.', markersize=3, linestyle='none', label=label)
_ = plt.legend(markerscale=4)
_ = plt.xlabel(xlabel)
_ = plt.ylabel(ylabel)
plt.margins(0.02)
下面我們將樣本量n分別取為10、20、100,進行三次模擬。
sampling_distribution(bmi, sample_size=10)
mean of sample means: 27.95
population means: 28.04
Standard deviation of sample means: 2.04
Standard Error: 2.10
樣本量為10的抽樣分佈
sampling_distribution(bmi, sample_size=20)
mean of sample means: 28.11
population means: 28.04
Standard deviation of sample means: 1.50
Standard Error: 1.49
樣本量為20的抽樣分佈
sampling_distribution(bmi, sample_size=100)
mean of sample means: 28.05
population means: 28.04
Standard deviation of sample means: 0.69
Standard Error: 0.67
樣本量為100的抽樣分佈
觀察上面的輸出結果和圖形,我們發現隨著樣本量的遞增,抽樣分佈越來越靠近正態分佈,其均值和標準差也越來越符合中心極限定理中給出的關係。
一般當n大於等於30時,樣本均值的抽樣分佈近似為正態分佈。此時我們可以用樣本的均值來估計總體的均值,這就是點估計的一種最簡單的方式。但從上述分佈也可以看出,樣本均值其實是以一定概率在總體均值附近浮動的,所以這就有了後面將要講的置信區間。
關於中心極限定理,還有一點需要強調的是,無論變數原來的分佈是什麼樣的,其均值的抽樣分佈在n足夠大時都會接近正態分佈。比如我們研究BRFSS資料中人們每週運動的總時間(單位:分鐘),大部分人每週運動的時間少於500分鐘,而極少數人能達到3000分鐘,其直方圖反應資料大部分集中在左側,而右側有一條長長的尾巴。
exemin = df[df.exemin != 0].exemin.dropna() # 提取鍛鍊時間資料,丟棄0或者缺失值
plt.hist(exemin,bins=40, range=(0,3000), rwidth=0.9) # 繪製直方圖
plt.xlabel('exercise mins per week')
plt.ylabel('counts')
plt.show()
人們每週運動時間的分佈
顯然這一資料分佈並不滿足正態分佈,但是我們採用上述相同的方法模擬其樣本均值的抽樣分佈,在樣本量n為1000時,抽樣分佈與正態分佈符合的非常好。可見中心極限定理並不要求變數原來分佈的樣子,這也正是其魅力所在。
sampling_distribution(exemin, sample_size=1000)
mean of sample means: 499.54
population means: 499.37
Standard deviation of sample means: 23.60
Standard Error: 23.75
運動時間均值的抽樣分佈
正態分佈的特性
既然中心極限定理中涉及了正態分佈,我們就來看看其均值和標準差的一些性質。這裡匯入scipy的統計模組,使用scipy.stats.norm()
模擬標準正態分佈,即均值為0,標準差為1。使用norm.pdf()
計算概率密度,並繪製概率密度函式(PDF)圖。
import scipy.stats
norm = scipy.stats.norm() # 標準正態分佈
x = np.arange(-5, 5, 0.02)
y = norm.pdf(x) # 概率密度
plt.plot(x,y)
plt.axvline(x=0,ymax=0.95, linestyle='--', color='red', alpha=0.5)
plt.axvline(x=1,ymax=0.59, linestyle='--', color='green')
plt.axvline(x=-1,ymax=0.59, linestyle='--', color='green')
plt.axvline(x=2,ymax=0.16, linestyle='--', color='blue')
plt.axvline(x=-2,ymax=0.16, linestyle='--', color='blue')
plt.margins(0.02)
plt.show()
標準正態分佈
PDF圖中曲線下的面積代表了概率, 使用norm.cdf()
可計算這部分面積,即累積概率分佈。於是我們就可以得到變數距離均值在1個標準差範圍內的概率為0.68,2個標準差範圍內的概率是0.95,3個標準差範圍內的概率是0.997。可見在正態分佈中,資料主要集中在3個標準差之內。
print('1 sigma : %.3f' % (norm.cdf(1) - norm.cdf(-1)))
print('2 sigma : %.3f' % (norm.cdf(2) - norm.cdf(-2)))
print('3 sigma : %.3f' % (norm.cdf(3) - norm.cdf(-3)))
1 sigma : 0.683
2 sigma : 0.954
3 sigma : 0.997
反過來,我們也可以通過概率來求變數分佈的區間,這裡使用norm.interval()
,比如95%的情況下變數分佈在-1.96到1.96之間,99%的情況下分佈在-2.58到2.58之間。
norm.interval(0.95)
(-1.959963984540054, 1.959963984540054)
norm.interval(0.99)
(-2.5758293035489004, 2.5758293035489004)
置信區間
在能夠計算正態分佈中一定概率下對應的變數區間後,我們再回到之前用樣本均值估計總體均值時遺留的問題,即樣本的均值圍繞總體均值在一定範圍內浮動的。我們需要估算總體均值在多大的概率下落在抽樣的隨機區間內,這就是置信區間。
我們仍然將40多萬的bmi資料當成是總體,然後從中隨機抽取樣本量為100的資料,根據中心極限定理繪製抽樣分佈圖如下。
sample_size = 100
# 計算總體的均值和標準差
mu = np.mean(bmi)
se = np.std(bmi) / np.sqrt(sample_size)
# 繪製正態分佈的PDF
norm = scipy.stats.norm(mu, se)
x = np.arange(26, 31, 0.01)
y = norm.pdf(x)
plt.plot(x,y)
# 繪製抽樣分佈的直方圖
sample_size = 100
sampling = [np.mean(np.random.choice(bmi, size=sample_size, replace=False)) for _ in range(1000)]
plt.hist(sampling, bins=40, rwidth=0.9, normed=True, alpha=0.7)
plt.show()
n=100抽樣分佈
根據正態分佈的性質,在95%的概率下,均值分佈區間是(26.74, 29.35)。也就是說,在樣本量為100時,我們有95%的信心相信總體均值落在26.74和29.35之間,這就是95%的置信區間。同理,99%的置信區間是(26.33, 29.76)。注意這是在大樣本量的情況下,我們才能使用正態分佈,而如果樣本量n小於30,則需要採用t分佈,此處就不展開了。
norm.interval(0.95)
(26.738141245959351, 29.346706751112283)
norm.interval(0.99)
(26.328305902131977, 29.756542094939658)
區間估計的應用
回到本系列文章一直在探索的一個問題,即比較富人和普通人的BMI指數。此時,bmi資料不再當做總體看待,而是作為調查的樣本,總體是BRFSS資料針對的全體美國人。首先將bmi資料按照收入等級分為兩組,即富人bmi資料和普通人bmi資料。
df2 = df[['bmi', 'income']].dropna() # 提取資料中bmi和收入水平income這兩列,並忽略缺失值
bmi_rich = df2[df2.income == 8].bmi # 收入水平為8級的,認為是富人
bmi_ord = df2[df2.income != 8].bmi # 收入水平為1-7級的,認為是普通人群
以下定義了mean_ci()
函式,根據置信區間的計算公式,計算95%置信度下均值所在的區間。
def mean_ci(data):
'''給定樣本資料,計算均值95%的置信區間'''
sample_size = len(data)
std = np.std(data, ddof=1) # 估算總體的標準差
se = std / np.sqrt(sample_size) # 計算標準誤差
point_estimate = np.mean(data)
z_score = scipy.stats.norm.isf(0.025) # 置信度95%
confidence_interval = (point_estimate - z_score * se, point_estimate + z_score * se)
return confidence_interval
於是得到富人bmi95%的置信區間為(27.42, 27.49), 普通人bmi95%的置信區間為(28.51, 28.57)。這兩個區間間隔的還比較遠,數值上差不多有1這麼多。所以我們可以比較有信心的得出富人更瘦的結論。
mean_ci(bmi_rich)
(27.415906122294761, 27.485560606043915)
mean_ci(bmi_ord)
(28.509003170593907, 28.565637279855423)
但要注意了,以上之所以能得到這麼肯定的結論,源於使用的樣本資料量非常大,這大大縮小了置信區間的範圍(這可以從中心極限定理中標準誤差的公式看出)。現在讓我們使用前500個數據,看看在樣本較少時會發生什麼情況。
mean_ci(bmi_rich[:500])
(27.849838839563304, 28.791561160436636)
mean_ci(bmi_ord[:500])
(28.200546441671069, 29.303493558328935)
此時富人bmi95%的置信區間為(27.85, 28.79),而普通人bmi95%的置信區間為(28.20, 29.30),很明顯這兩個區間都變大了。儘管富人的bmi指數仍有相對較小的趨勢,但是這兩個區間有部分重合,這時我們就無法得出非常肯定的結論了。可見樣本量在做判斷時起著非常重要的作用,樣本越大,判斷越準確,這也是與我們常識相符的。
小結
在這一篇中,我們瞭解了抽樣分佈的概念,中心極限定理的含義,正態分佈的概率分佈,最重要的是使用置信區間的計算方法,通過樣本資料估算總體的均值範圍,至此我們進入了推斷統計學的領域。
針對富人是否更瘦這個問題上,雖然使用了置信區間得出了較肯定的結論,但是仍然沒有對富人更瘦這個假設做出明確的判斷。在下一篇中我們將會講到推斷統計學的另一個領域:假設檢驗,即對引數的假設值進行決策,屆時我們將和上述問題來個了斷。
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