分析背景

    提到集合的視覺化，大家第一時間想到的是用Venn圖來展示，在前期的推文中，小編也給大家分享了venn圖的繪製方法。然而，值得一提的是，小編分享的方法是基於R語言，並將根據專案經驗，將常規的程式碼語句進行封裝，對於剛入門的小白來說，只需要整理好自己的資料，將資料傳入到函式中，即可得到高質量的Venn圖，方面快捷，省時省力。但是，當集合數多比如 7個以上的時候那就會看的眼花繚亂了。     針對上面這種情況，小編今天可大家編寫了一個用於多個集合資料視覺化小程式——集合圖，並且小編已經將其封裝成函式，小夥伴們只需將自己的資料傳入到函式中，即可做出高質量的圖片，儲存下來，AI編輯一下，就可以插入到自己的論文寫作中，話不多說，直接上指令碼！

分析方法

安裝R包

自定義函式

實戰演練

df = readFlie('./upset.txt',type = 'txt',row = F)
# 抽取資料，製造測試資料
set.seed(1234)
df_list = list('Symbol1'=sample(df$symbol,180),'Symbol2'=sample(df$symbol,200),
               'Symbol3'=sample(df$symbol,220),'Symbol4'=sample(df$symbol,240),
               'Symbol5'=sample(df$symbol,260
 
),'Symbol6'=sample(df$symbol,280),
               'Symbol7'=sample(df$symbol,300),'Symbol8'=sample(df$symbol,310),
               'Symbol9'=sample(df$symbol,150))
# 繪製集合圖
# 4維集合圖
wn_upset(df_list[1:4])
# 6維集合圖
wn_upset(df_list[1:6])
# 9維集合圖
wn_upset(df_list)
# 儲存圖片
pdf('./up_set.pdf',height = 9,width = 16
 
)
# 8維集合圖
wn_upset(df_list[1:8]) 
dev.off()

關注微信公眾號，回覆關鍵詞“upset”，獲取指令碼原始碼和測試資料。

參考文獻

• Lex, A., Gehlenborg, N. Sets and intersections. Nat Methods 11, 779 (2014).

• A. Lex, N. Gehlenborg, H. Strobelt, R. Vuillemot and H. Pfister, "UpSet: Visualization of Intersecting Sets," in IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, vol. 20, no. 12, pp. 1983-1992, 31 Dec. 2014.

• Conway J R, Lex A, Gehlenborg N. UpSetR: an R package for the visualization of intersecting sets and their properties[J]. Bioinformatics, 2017, 33(18): 2938-2940.