illumina技術：

　　工具：flowcell(流動池)：8通道，每個通道都有 2種DNA引物 種在玻璃表面(用共價鍵連到Flowcell上)，這引物和文庫中的接頭互補

　　　　 Flowcell：8個line，，line：上下兩個表面，，面：3個掃描通道swath，，swath：16個方塊tile

　　文庫制作：超聲打斷DNA，用酶補平，用Klenow酶加堿基，用連接酶 在雙端 加特定接頭，形成DNA混合物 稱為DNA文庫。

　　　　特點1，中間為待測序列；

　　　　特點2，兩端接頭序列人工加上去，已知，大有文章可做。

　　橋式PCR：把文庫種到芯片上，擴增

　　　　種文庫：引物接頭互補，會互補雜交，完成種文庫。加入dNTP和酶 沿著作為模板的文庫 生成一條新DNA鏈，與要測的鏈完全互補。

　　　　　　　　加NaOH堿溶液，解鏈，沖走文庫模板鏈，留下剛生成的鏈(因為其長在芯片上)，加中和液，彎曲 接頭另一端與芯片上另一種引物互補雜交

　　　　擴增：加入dNTP和酶 ，合成出一條新鏈，加堿解鏈，加中和液中和，彎曲互補雜交，，，重復之。。

　　制備單鏈：通過把其中一個引物上一個特定集團切掉，加堿解鏈，水沖，只留一半的 某一種引物連接DNA鏈，

　　正式測序：加入兩種東西，一是帶熒光標記的dNTP，其3‘端堵住了；二是聚合酶。每次只能加上一個堿基，後停止。水沖。激光掃描 推斷堿基。這個推斷的與要測的片段完全一致，都是與芯片上的模板互補的。

　　　　　　 一個循環後，加入化學試劑，切掉3‘疊氮集團和熒光集團。。下一輪……

　　index (即barcode)：每個樣本有特定的接頭，每個接頭裏有一段特定序列——index。用於標記樣本的來源。

　　　　　　　先把測完序的Read1解鏈掉，加入中性液，，加入Read2引物 這個引物就在index序列旁，開始第二輪測序 讀取index，一般6-8bp

　　雙端測序：正向讀一遍，從另一個方向再讀一遍。方法：先用橋式合成一個互補鏈，後把自己切掉，沖走，讓互補鏈再測長度的另一半。

　　　　　　　解答：本鏈在芯片上，互補鏈是從上到下(3‘-->5‘)方向合成 測序，，，，橋式合成互補鏈後，互補鏈的上端種在芯片上 成了下端，

　　　　　　　　　　　　　　　　 互補鏈從下到上(3‘-->5‘)，那用它測序時 還是從上到下(3‘-->5‘)，與原來方向一致 3‘-->5‘也不違背。只是base calling時要取互補。

　　phasing 和 prephasing：每次反應，各種原因，總有少量分子沒有完成參加反應，下次反應時發的熒光就與大部隊不一樣，形成噪音；或遇到一個3‘沒有疊氮集團的堿基 一次加入了兩個堿基，就超前了，又是噪音。

　　chastity 和 Pass filter：對熒光純粹程度的描述。Chastity的定義，就是濃度最高的那個熒光素的量，除以濃度第二的熒光量，》=1.5，則為好堿基。

　　　　　　　　　　　　 對每個read的質量都要做一個叫“pass filter”的檢驗。看前25個堿基當中，如果只有一個、或者沒有壞堿基，則Pass filter就通過；如果有超過一個以上的壞堿基，Pass filter就不能通過。

學基因之illumina介紹