Full Atom Representation vs Centroid Representation

Full Atom Representation即全原子標識，氨基酸殘基的所有相關原子，均原封不動的表示出來，比如主鏈即側鏈上的所有原子，N O S等，全原子表示的優勢在於計算準確，但是耗時較長；

Centroid Representation即質心標識，除了主鏈骨架用原子（主鏈氨基N，CA，羧基C，羧基O，氨基H）表示外，其余側鏈，均用質心（CB或者CEN）來表示，即忽略具體的側鏈構成，用相對簡單的表示方法降低計算時間。

簡而言之，此兩種原子表示方法可以用如下圖所示：

左圖為Full Atom Representation，右圖為Centroid Representation

同時，ROSETTA還給出了兩種格式相互轉換的方法，一種為使用打分函數score的輸出文件，即添加-out:output,，使程序輸出相應格式的pdb；另一種是使用XML文件的SwitchResidueTypeSetMover，用RosettaScript對格式進行轉換，詳細可見 https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/full_atom_vs_centroid/fullatom_centroid.

兩種格式相互轉化時，存在這樣一種關系：

Full Atom --> Centroid --> Full Atom 此種轉換最終得到的Full Atom Representation和最初始的Full Atom Representation可能會存在一些差別

Centroid --> Full Atom --> Centroid 相對與上一種轉換而言，這種轉換最初始的Centroid和最後得到的Centroid卻是卻是一樣的。

ROSETTA使用技巧隨筆--Full Atom Representation和Centroid Representation