AI idt 相關性 XP 電腦 heatmap IE 兩位小數 AC

轉自：http://www.omicshare.com/forum/thread-741-1-1.html

範例文件（txt）是一個20個樣本，30個基因的表達量表格矩陣。每一行是1個基因，每一列對應1個樣本。

這是一個典型的數據框文件。現在我要計算兩兩樣本間的表達量的相關系數，並且對相關系數的結果繪制熱圖，該怎麽做呢？只要兩步：
（1）計算相關系數；
在R語言裏面，相關系數的命令是 cor。這個命令是可以計算兩個向量的相關系數。但你如果輸入數據是數據框的，而且cor命令自動計算所有列（向量）的兩兩相關系數（範例文件列方向正好是樣本）。
（2）繪制熱圖
繪制熱圖可以使用pheatmap這個命令。


代碼如下：
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library(pheatmap) #加載pheatmap 包；
data=read.table("exp_top30.original.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")
matrix=cor(data) #計算相關系數；
write.table(matrix,"coefficient_matrix.txt",sep="\t") #將相關系數計算結果輸出存儲到你的電腦裏，存儲為1個txt文件；
pheatmap(matrix,cluster_rows=F,cluster_cols=F,display_numbers=T) # 行和列都不聚類，並且在熱圖中顯示數值；
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效果圖：

如果要計算每一行的相關系數（這裏行方向是基因，即行間相關系數就是基因間的相關系數），則需要對矩陣做個轉置，即行列對調，使用t()命令即可，
代碼如下：
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library(pheatmap) #加載pheatmap 包；
data=read.table("exp_top30.original.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")
data=t(data) # 對數據做轉置；
matrix=cor(data) #計算相關系數；
write.table(matrix,"coefficient_matrix.txt",sep="\t") #將相關系數計算結果輸出存儲到你的電腦裏，存儲為1個txt文件；
pheatmap(matrix,cluster_rows=F,cluster_cols=F,display_numbers=T,fontsize_number=4,number_format = "%.2f"

) # 註意，由於格子比較多，所以用fontsize_number定義了格子中數字的字體大小, number_format 可以控制有效小數的位數，這裏是保留兩位小數；
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效果圖如下：

計算相關性系數