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阿新 • • 發佈:2018-09-13
finish .sh nbsp 分享圖片 bubuko san load info 配置
一) 安裝流程軟件
下載軟件,配置環境變量,這裏不做介紹
二)下載原始數據
2.1)建SRR_Acc_List.txt文件放置將要下載的SRR號(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra?term=SRP033351)
#查看step1腳本的內容:cat step1_download_rawdata.sh echo start at time cat /home/jxdong/airway/doc/SRR_Acc_List.txt |while read id ;do (prefetch ${id} &);done echo finish at time ##投遞腳本 nohup bash step1_download_rawdata.sh & ##如果下載速度很慢的話,用下面的命令殺掉: #ps -ef |grep prefetch|awk ‘{print $2}‘|while read id ;do kill ${id};done
結果:該步驟會自動生成一個文件夾裏面放置的下載的數據:/home/jxdong/ncbi/public/sra
l -lh /home/jxdong/ncbi/public/sra
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