轉錄組背景知識
文章目錄
- RNA-seq 相關概念
- RNA-Seq
- 轉錄組(transcriptome)
- RNA種類
- 可變剪下體(Alternative splicing isoform)
- junction reads
- Read count
- RPKM
- FPKM
- 安裝軟體
RNA-seq 相關概念
RNA-Seq
具體來說,首先對生物樣品中的RNA反轉錄為cDNA,而後,將這些cDNA打碎為較小片段後,上機進行測序
轉錄組(transcriptome)
是指特定型別細胞中全體轉錄本(transcript)的集合
RNA種類
RNA | explanation |
---|---|
coding RNA:mRNA | 信使RNA |
noncoding RNA:rRNA | 核糖體RNA(ribosomalRNA) |
noncoding RNA:tRNA | 轉移RNA(transferRNA) |
noncoding RNA:snRNA | 小核RNA(small nuclearRNA) |
noncoding RNA:snoRNA | 最早在核仁發現的小RNA,稱作小核仁RNA |
noncoding RNA:asRNA | 反義antisense RNA 是一類能夠與mRNA互補配對的單鏈RNA分子。細胞中引入反義RNA,可與mRNA發生互補配對,抑制mRNA的翻譯 |
noncoding RNA:lincRNA | 長鏈非編碼RNA,長度大於200個核苷酸的一類非蛋白質編碼轉錄物 |
noncoding RNA:miRNA | microRNA,長度小於50nt |
noncoding RNA:siRNA | Small interfering RNA,25nt左右的雙鏈RNA |
noncoding RNA:piRNA | 與Piwi蛋白相作用的RNA,長度小於50nt |
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