利用Gephi軟體繪製網路圖
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作者:中國科學院天津工業生物技術研究所 王敬敬 博士
利用Gephi軟體繪製網路圖
1. 生成物種相關性矩陣
此步驟需要在R語言環境下執行,依賴psych包,輸入檔案為典型的OTU表或屬水平丰度矩陣,示例如下。
輸入檔案FH_CK.txt
# 安裝需要的包 install.packages("psych") # 載入包 library(psych) # 讀取otu-sample矩陣,行為sample,列為otu otu=read.table("FH_CK.txt", head=T, row.names=1) # 計算OTU間兩兩相關係數矩陣 # 資料量小時可以用psych包corr.test求相關性矩陣,資料量大時,可應用WGCNA中corAndPvalue, 但p值需要藉助其他函式矯正 occor = corr.test(otu,use="pairwise",method="spearman",adjust="fdr",alpha=0.05) occor.r = occor$r # 取相關性矩陣R值 occor.p = occor$p # 取相關性矩陣p值 # 確定物種間存在相互作用關係的閾值,將相關性R矩陣內不符合的資料轉換為0 occor.r[occor.p>0.05|abs(occor.r)<0.6] = 0 # 將occor.r儲存為csv檔案 write.csv(occor.r,file="FH_CK_0.05_occor.csv")
2. Gephi生成點、邊檔案
從官網https://gephi.org/下載安裝Gephi 0.9.2
開啟Gephi 0.9.2,點選“檔案-開啟”,選擇“FH_CK_0.05_occor.csv”檔案開啟。
點選“下一步”
圖的型別,選擇“無向的”
點選確定後,出現以下頁面:
點選“資料資料”,出現節點和邊的資訊,點選資料表格左上角“節點”,然後點選“輸出表格”,輸出點檔案。點選“邊”,然後點選“輸出表格”,輸出邊檔案。
3. 點、邊檔案註釋
開啟點檔案,可新增物種分類資訊等
開啟邊檔案,可新增正負屬性等:
4. 網路點、邊美化
開啟Gephi檔案,點選“檔案–匯入電子表格”,匯入結點檔案
圖的型別,選擇“無向的”
開啟Gephi檔案,點選“檔案–匯入電子表格”,匯入邊檔案
選擇“Append to existing workspace”
在“概覽”介面的“佈局”中,選擇“Fruchterman Reingold”,點選“執行”,待圖形穩定後,點選“停止”
在“外觀”中,點選“節點”,“顏色”,“Partition”,選擇"Phylum",點選應用。即以顏色區別不同節點的門分類
在“外觀”中,點選“節點”,“大小”,“Ranking”,選擇"度",點選應用。即以不同度區別不同節點的大小。如果看不到大小變化,調整最大尺寸,如4變為30
在“外觀”中,點選“邊”,“顏色”,“Partition”,,選擇"pn",點選應用。即以顏色區分邊的正負。
5. 網路屬性、預覽和標籤
在網路圖右側,統計選項卡中,點選“執行”,可計算網路和節點的引數:
在“預覽”介面,點選“重新整理”,可顯示最終的圖形
可在“預覽設定”中選擇“顯示標籤”,如下圖所示
參考文獻
- Gephi快速入門指南 https://wenku.baidu.com/view/29328a9f19e8b8f67d1cb92d.html
- Gephi 入門使用 https://blog.csdn.net/qq_35318838/article/details/79820923
- Gephi官方幫助 https://gephi.org/users/
- 一文學會網路分析——Co-occurrence網路圖在R中的實現 https://mp.weixin.qq.com/s/s-Si_s5pk7EF5gueqruBRQ
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