前言

本文主要演示GEO資料庫的一些工具，使用的資料是2015年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquitin-proteasome system by the FoxO transcriptional network during muscle atrophy.[pubmed:25858807]

作者通過將FoxO1-3-4-floxed小鼠（FoxO1,3,4 f / f）與表達Cre重組酶的轉基因系在MLC1f啟動子的控制下交叉，在肌肉中特異性地產生敲除的FoxO 1,3,4以產生肌肉特異性FoxO1,3,4三重敲除小鼠。這些小鼠要麼自由進食，要麼飢餓，隨後分別提取

GEO資料庫篩選差異基因

首先，開啟NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)，如下圖所示選擇GEO Datasets，輸入GDS5656，點選Search。

點選搜尋到的結果

點選樣品分類號，我們可以看到該研究的詳情，包括文章研究內容、實驗方案設計、樣本詳情等。

點選Analyze with GEO2R，利用線上工具進行資料分析。將4個樣本分成了兩組，分組完畢後，點選save all results，獲取兩組之間的差異表達基因。

 得到如下所示的文字內容，將其貼上到記事本（例如，儲存為result.txt），然後匯入到excel中（資料→自文字，選擇result.txt檔案匯入），準備進行篩選。

下一步，我們需要對差異表達基因的資料進行進一步的篩選。在這裡，我們將p.value（p值，象徵著差異的顯著性）和logFC（log2處理過的fold change值，象徵著差異的倍數）設定為： p.value<0.01, logFC<-2 or logFC>2。即差異表達非常顯著，並且差異表達在4倍或-4倍以上（原文使用的是1.5倍閾值）。具體做法參見下圖。

 最後我們可以在EXCEL左下角的狀態列看到，一共篩選出來738個條目。

使用BioDBnet將geneSybol轉換為Ensembl Gene ID

biodbnet（https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/） db2db工具支援多個數據庫gene id之間轉換

 使用BioDBnet將geneSybol轉換為Ensembl Gene ID，下載轉換完的結果

 使用KOBAS進行KEGG註釋分析

1. 輸入型別選擇：Ensembl Gene ID

2. 物種選擇：Mus musculus(mouse)

3. 貼上Ensembl Gene ID列表

4. 資料庫 Clear All取消Pathway、Disease、GO全部選項，只選擇KEGG Patway

點選RUN

分析結果連結：http://kobas.cbi.pku.edu.cn/result_kobas.php?taskid=181104291408457

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